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培養技術とゲノム解析で紐解く硝化界のダークマター「完全アンモニア酸化細菌」

研究課題

研究課題/領域番号 19K16218
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分45030:多様性生物学および分類学関連
研究機関中央大学 (2020-2021)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 (2019)

研究代表者

藤谷 拓嗣  中央大学, 理工学部, 助教 (50708617)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード硝化 / comammox / 土壌 / 培養 / ゲノム / 酸性 / アンモニア / 亜硝酸 / 浄水
研究開始時の研究の概要

環境中の99%以上の微生物は分離培養されていない。地球の窒素循環を駆動させる硝化菌も,未培養微生物として認識されている。従来,硝化はアンモニア酸化と亜硝酸酸化から成り,それぞれ異なる微生物が独立して反応を担っていると認識されてきた。しかしながら,近年アンモニア酸化と亜硝酸酸化を一つの微生物が担う,完全アンモニア酸化(Comammox)細菌の存在が明らかとなった。そこで本研究では,培養技術とゲノム解析によって,Comammox細菌の性状を明らかにし,環境中における生存戦略や進化系譜を紐解くことを目的とする。

研究成果の概要

本研究では,1菌体で硝化を行う完全アンモニア酸化(comammox)細菌の培養と性状解析を目指した。酸性土壌の細菌集団で相対量1%を占めるNitrospiraを長期培養し,最大92%まで集積した。集積したNitrospiraはpH 4以下の酸性で生存可能な酸耐性菌であり,硝化に必要な全遺伝子を備えるcomammox Nitrospiraであった。さらに既往研究で報告されている4種と別種相当の新規性をもち,生理学・ゲノム科学の両面で新規な細菌であることが判明した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

培養の播種源に用いた茶園土壌は,多量の窒素肥料が投入され,活発に硝化が起こる酸性土壌である。硝化を人為的に制御することは,窒素負荷を低減し,温室効果ガスである亜酸化窒素の削減にも貢献する。しかしながら,こうした環境への負荷を及ぼす要因となる,微生物の学術的知見は乏しい。本研究で得られた comammox細菌の知見は,窒素循環に関連する環境負荷を削減するための方策や人為的に硝化を制御するための技術開発の一助となる。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] デンマーク工科大学(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] デンマーク工科大学(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] 未培養硝化菌の分離戦略と特徴づけ2021

    • 著者名/発表者名
      藤谷拓嗣
    • 雑誌名

      環境バイオテクノロジー学会誌

      巻: 21 ページ: 53-58

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Enrichment of Comammox and Nitrite-Oxidizing Nitrospira From Acidic Soils2020

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Yu、Fujitani Hirotsugu、Hirono Yuhei、Tago Kanako、Wang Yong、Hayatsu Masahito、Tsuneda Satoshi
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 11 ページ: 1737-1737

    • DOI

      10.3389/fmicb.2020.01737

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genomic and Physiological Characteristics of a Novel Nitrite-Oxidizing Nitrospira Strain Isolated From a Drinking Water Treatment Plant2020

    • 著者名/発表者名
      Fujitani Hirotsugu、Momiuchi Kengo、Ishii Kento、Nomachi Manami、Kikuchi Shuta、Ushiki Norisuke、Sekiguchi Yuji、Tsuneda Satoshi
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 11 ページ: 545190-545190

    • DOI

      10.3389/fmicb.2020.545190

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 地球の窒素循環を駆動する未培養微生物の実態に迫る2021

    • 著者名/発表者名
      藤谷拓嗣
    • 学会等名
      第15回細菌学若手コロッセウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 弱酸性硝化リアクターで集積培養された新規なcomammox Nitrospiraのコンプリートゲノムの構築2021

    • 著者名/発表者名
      髙橋 悠,藤谷 拓嗣,谷口 愛樹,林 哲也,多胡 香奈子,早津 雅仁,常田 聡
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第34回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 茶園の酸性土壌に生息する硝化菌Nitrospiraの集積培養2021

    • 著者名/発表者名
      髙橋 悠,藤谷 拓嗣,廣野 祐平,多胡 香奈子,早津 雅仁,常田 聡
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 培養技術とゲノム解析で紐解く硝化菌の生理生態2019

    • 著者名/発表者名
      藤谷拓嗣
    • 学会等名
      日本水環境学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 未培養硝化菌を対象とした新規分離培養技術の開発2019

    • 著者名/発表者名
      藤谷拓嗣,常田 聡
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2019年度大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Enrichment of comammox and canonical Nitrospira from acidic soil: Insights into niche differentiation and adaptation to low pH2019

    • 著者名/発表者名
      Yu Takahashi, Hirotsugu Fujitani, Yuhei Hirono, Kanako Tago, Yong Wang, Masahito Hayatsu, Satoshi Tsuneda
    • 学会等名
      6th International Conference on Nitrification and Related Processes
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Enrichment of Complete Ammonia Oxidizer and Nitrite Oxidizer of genus Nitrospira from Acidic Soil2019

    • 著者名/発表者名
      Yu Takahashi, Hirotsugu Fujitani, Kanako Tago, Yong Wang, Yuhei Hirono, Masahito Hayatsu, Satoshi Tsuneda
    • 学会等名
      Asian Symposium on Microbial Ecology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-12-25  

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