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PBP type-TEのペプチド環化触媒能の解明と環状ペプチドの多様性拡張

研究課題

研究課題/領域番号 19K16390
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分47050:環境および天然医薬資源学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

松田 研一  北海道大学, 薬学研究院, 講師 (50812301)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード環状ペプチド / 生合成 / 非リボソームペプチド / 環化酵素 / 生体触媒 / 酵素工学 / 放線菌 / ペプチド環化酵素 / 非リボソームペプチド合成酵素 / ペプチド
研究開始時の研究の概要

酵素を用いたペプチド環化反応は、環状ペプチドの新たな合成供給法として期待されている。PBP type-TEは放線菌のもつ新しいタイプのペプチド環化酵素であり、既存の酵素とは異なる特異性を示す。本酵素ファミリーはバクテリアに広く分布しており、様々な基質特異性を有することがゲノム情報より示唆されるが、ほとんどが機能未解明である。本研究では、各環化酵素により生合成される環状ペプチドの構造多様性と各酵素の基質特異性を明らかにする。また一次配列や三次元構造の比較により、基質特異性発現の仕組みを明らかにする。これにより本酵素ファミリーのペプチド環化触媒能の全容を明らかにする。

研究成果の概要

放線菌の産生する非リボソームマクロラクタムの生合成に関わる新規環化酵素SurEを解析し、基質選択性を明らかにするとともにその構造基盤を解明した。SurEと2つのホモログ酵素との生化学的・構造的に比較し、基質選択性の違いを生み出す構造を明らかにした。得られた知見に基づき酵素の基質選択性の論理的な改変に成功した。さらに、酵素基質の合成スキームを検討し、高効率な合成法を確立した。本手法と酵素的環化反応を連続的に行うことで、環状ペプチドのシームレスな化学酵素合成が可能になった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ペプチドの環化反応は、代謝安定性や標的特異性が向上する創薬上重要な修飾反応である。一方で、有機合成的な環化反応は、多量の廃棄物や分離困難な副生成物を生じる問題を抱えている。本研究では、独自に発見した新規ペプチド環化酵素の触媒利用を目指し、この有用酵素ファミリーに関する基礎的知見を数多く獲得した。得られた知見は、有機合成的手法の課題を克服した環境調和性の高いペプチド環化反応の実現に向けた基盤となると考えられる。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 2件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 5件、 招待講演 10件) 備考 (1件) 産業財産権 (4件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Argicyclamides A?C Unveil Enzymatic Basis for Guanidine Bis-prenylation2021

    • 著者名/発表者名
      Phan Chin-Soon、Matsuda Kenichi、Balloo Nandani、Fujita Kei、Wakimoto Toshiyuki、Okino Tatsufumi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 27 ページ: 10083-10087

    • DOI

      10.1021/jacs.1c05732

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Insights into phosphatase-activated chemical defense in a marine sponge holobiont2021

    • 著者名/発表者名
      Jomori Takahiro、Matsuda Kenichi、Egami Yoko、Abe Ikuro、Takai Akira、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      RSC Chemical Biology

      巻: 2 号: 6 ページ: 1600-1607

    • DOI

      10.1039/d1cb00163a

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 新規ペプチド環化酵素PBP-type TEの発見と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一, 脇本敏幸
    • 雑誌名

      ファインケミカル

      巻: 4月号 ページ: 19-24

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] PenA, a penicillin-binding protein-type thioesterase specialized for small peptide cyclization2021

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Fujita Kei、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

      巻: kuab023 号: 3-4

    • DOI

      10.1093/jimb/kuab023

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Heterochiral coupling in non-ribosomal peptide macrolactamization2020

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Zhai Rui、Mori Takahiro、Kobayashi Masakazu、Sano Ayae、Abe Ikuro、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      Nature Catalysis

      巻: 3 号: 6 ページ: 507-515

    • DOI

      10.1038/s41929-020-0456-7

    • NAID

      120006941707

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Total Synthesis and Structural Revision of Kasumigamide, and Identification of a New Analogue2020

    • 著者名/発表者名
      Kuranaga Takefumi、Matsuda Kenichi、Takaoka Masachika、Tachikawa Chisato、Sano Ayae、Itoh Kosei、Enomoto Ayumu、Fujita Kei、Abe Ikuro、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 21 号: 23 ページ: 3329-3332

    • DOI

      10.1002/cbic.202000409

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent Advance in the Biosynthesis of Nitrogen-Nitrogen Bond-Containing Natural Products2020

    • 著者名/発表者名
      Yohei Katsuyama, Kenichi Matsuda
    • 雑誌名

      Current opinion in Chemical Biology

      巻: 59 ページ: 62-68

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2020.05.002

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A New Cyclase Family Catalyzing Head-to-Tail Macrolactamization of Non-ribosomal Peptides2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Kuranaga Takefumi、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      有機合成化学協会誌

      巻: 77 号: 11 ページ: 1106-1115

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.77.1106

    • NAID

      130007742538

    • ISSN
      0037-9980, 1883-6526
    • 年月日
      2019-11-01
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Revised Structure of the Cyclic Octapeptide Surugamide A2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kenichi、Kuranaga Takefumi、Sano Ayae、Ninomiya Akihiro、Takada Kentaro、Wakimoto Toshiyuki
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 67 号: 5 ページ: 476-480

    • DOI

      10.1248/cpb.c19-00002

    • NAID

      130007641158

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2019-05-01
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SurE is a trans-acting thioesterase cyclizing two distinct non-ribosomal peptides2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, K., Kobayashi, M., Kuranaga, T., Takagda, K., Ikeda, H., Matsunaga, S., Wakimoto, T.,
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 17 号: 5 ページ: 1058-1061

    • DOI

      10.1039/c8ob02867b

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] バクテリアが有する新たな非リボソームペプチド環化酵素2019

    • 著者名/発表者名
      松田研一, 脇本敏幸
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: 77 ページ: 306-307

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] ペニシリン結合タンパク質によるペプチド環化2019

    • 著者名/発表者名
      松田 研一、倉永 健史、脇本 敏幸
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 55 号: 7 ページ: 650-654

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.55.7_650

    • NAID

      130007671605

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ペプチド環化酵素ファミリーPBP-type TEの発見・機能解析・応用2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会 一般シンポジウム「[S08] タンパク質工学による創薬化学の新展開」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Enzymatic basis of guanidine bis-prenylation in argicyclamide biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Matsuda, Chin-Soon Phan, Nandani Balloo, Kei Fujita, Okino Tatsufumi, and Toshiyuki Wakimoto
    • 学会等名
      第58回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 非リボソームペプチド生合成における新規ペプチド環化酵素の発見と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム情報と比色法を利用した稀少天然物の開拓2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      日本生薬学会第67回年会 若手シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 窒素-窒素結合含有天然物のゲノムマイニング2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一, 有馬陸, 秋山智子, 阿部葉, 城内航, 新家一男, 脇本敏幸
    • 学会等名
      第63回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Argicyclamide revealed enzymatic basis for guanidine bis-prenylation2021

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, K., Phan, C.-S., Balloo, N., Fujita, K., Okino, T., Wakimoto, T
    • 学会等名
      第53回若手ペプチド夏の勉強会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] A marine-derived biocatalyst for cyclic peptide production2021

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, K
    • 学会等名
      The 4th international symposium on marine and fisheries research
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 海洋放線菌に見出した新規ペプチド環化酵素ファミリーの機能解析と応用可能性2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      第21回マリンバイオテクノロジー学会ミニシンポジウム(若手の会)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新規ペプチド環化酵素の発見と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      第3回「生体適合化学の進歩」インタラクティブフォーラム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムマイニングによるactinopyridazinoneの発見とその生合成に関する研究2021

    • 著者名/発表者名
      松田研一, 秋山智子, 有馬陸, 脇本敏幸
    • 学会等名
      第141回日本薬学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] PBP型チオエステラーゼNsm16によるペプチドライゲーション反応2021

    • 著者名/発表者名
      小林雅和, 山田惟人, 田地川千里, 松田研一, 脇本敏幸
    • 学会等名
      第141回日本薬学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌が放出する細胞外小胞を利用した休眠遺伝子活性化と新規天然物探索2021

    • 著者名/発表者名
      佐伯梨緒, 吉村彩, 松田研一, 脇本敏幸
    • 学会等名
      第141回日本薬学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 環状ペプチド類の生合成を担う環化酵素PenAの機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      藤田慧, 松田研一, 脇本敏幸
    • 学会等名
      第141回日本薬学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] A new off-loading cyclase in non-ribosomal peptide biosynthesis.2020

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, K., Wakimoto.
    • 学会等名
      2nd German-Japanese Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 非リボソームペプチド環化酵素 PBP-type TE の機能解析と応用2020

    • 著者名/発表者名
      2.松田研一, Rui Zhai, 森貴裕, 小林雅和, 田地川千里, 藤田慧, 佐野文映, 阿部郁朗, 脇本敏幸
    • 学会等名
      第62回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Identification and characterization of a new family of offloading cyclase in biosynthesis of non-ribosomal macrolactams.2020

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, K., Kobayashi, M., Sano, A., Wakimoto, T.
    • 学会等名
      Gordon Research Conference Marine Natural Products
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Identification of a new family of offloading cyclase in biosynthesis of non-ribosomal peptide2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuda K.
    • 学会等名
      7th Modern Solid Phase Peptide Synthesis & Its Application Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Penicillin-binding protein-type thioesterases; scope, limitation and its application2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuda K.
    • 学会等名
      13th Australian Peptide Conference
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] trans-TE NRPS の発見と機能改変2019

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 学会等名
      若手研究者のための有機化学札幌セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 環状ペプチドの抗菌性を高める新規酵素を発見~中分子ペプチド医薬品創製への貢献に期待~

    • URL

      https://www.hokudai.ac.jp/news/2021/07/post-876.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] 環状ペプチドの効率的な化学-酵素合成方法2022

    • 発明者名
      脇本敏幸、松田研一、小林雅和
    • 権利者名
      脇本敏幸、松田研一、小林雅和
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] 新規プレニル化酵素2021

    • 発明者名
      脇本敏幸、沖野龍文、松田研一、パンチンスン
    • 権利者名
      脇本敏幸、沖野龍文、松田研一、パンチンスン
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] 新規プレニル化酵素2021

    • 発明者名
      脇本敏幸、沖野龍文、松田研一、パンチンスン
    • 権利者名
      脇本敏幸、沖野龍文、松田研一、パンチンスン
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] 酵素を用いたペプチドライゲーション2021

    • 発明者名
      脇本敏幸、松田研一、小林雅和
    • 権利者名
      脇本敏幸、松田研一、小林雅和
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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