| 研究課題/領域番号 |
19K20395
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
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| 研究機関 | 早稲田大学 (2021-2022)
東京大学 (2019-2020) |
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研究代表者 |
福永 津嵩 早稲田大学, 高等研究所, 講師(任期付) (80791433)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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| キーワード | 遺伝子機能推定 / 確率モデル / ゲノム解析 / 多重検定補正 / 機能未知遺伝子 / アルゴリズム / 論理関係 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
ゲノムに含まれる遺伝子の大半は未だ機能未知であり、その遺伝子機能を情報科学的に推定することは重要な研究課題である。本研究では、申請者が近年開発した、統計的論理関係解析法という枠組みにおいて高精度で遺伝子機能を推定する事を目的とする。具体的には、統計的論理関係解析法を様々な生物学的なデータセットに適用するための技術的な拡張や、開発した技術の実データセットへの適用による生物学的な知識発見を行う。
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| 研究成果の概要 |
本研究は、統計的論理関係解析法という新しいデータマイニング手法を用いて、ゲノム中の機能未知遺伝子の機能を推定する新しいソフトウェアを開発する事を研究目的とした。結果、統計的論理関係解析法を実装したオミクスデータ解析ソフトウェアであるLogicome Profilerに加えて、統計的に有意な配列モチーフを列挙する手法であるMotiMul、高精度進化系統樹推定ソフトウェアであるMirage、偽陽性を排除した系統プロファイル解析法IPMなど、多くの遺伝子機能推定ソフトウェアを開発することに成功した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ゲノム決定技術の進歩により多様な生物のゲノムが決定されてきている一方で、ゲノムに含まれる遺伝子の多くは機能未知である。これら機能未知遺伝子の中には創薬・医療・カーボンニュートラルなどに関係する重要な遺伝子も多く含まれていると考えられるため、その遺伝子機能を推定するソフトウェア開発は生物学全般において重要な課題であるといえる。本研究は、統計的論理関係解析法と呼ばれるデータマイニング手法をベースに、さまざまな遺伝子機能推定ソフトウェアを開発した。本研究で開発したソフトウェアを広く活用することで、多くの機能未知遺伝子の機能が解明されることが期待される。
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