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がん代謝パスウェイにおける発現変化に基づいたドライバー変異遺伝子の同定解析

研究課題

研究課題/領域番号 19K20397
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関新潟大学

研究代表者

凌 一葦  新潟大学, 医歯学総合研究科, 特任助教 (70804540)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードがんゲノム / がん変異 / 代謝パスウェイ / 変異遺伝子 / ドライバー遺伝子
研究開始時の研究の概要

遺伝子変異とそれが起きるシグナル伝達系などの代謝パスウェイの発現変化の解明により、がん発症の決定的なメカニズムの理解に繋がる。異常代謝パスウェイの原因としての遺伝子変異を理解できれば、クリニカルシーケンスによる遺伝子変異診断から、実際に細胞中で何が起きているかを理解することが可能になる。本研究はがん細胞のクリニカルシーケンスの結果に基いて、がん細胞内で実際に起きている代謝パスウェイの異常がどの変異が原因で起きているかを明確化し、 がん代謝パスウェイネットワークの構築に基づいたドライバー遺伝子同定の研究を実施する。がん患者の変異パターンに基づいて最適な治療を選択することが可能になる。

研究成果の概要

がん細胞内の代謝パスウェイの発現変化は遺伝子変異に依る発がんの結果と言え、がん細胞のクリニカルシーケンスの結果に基いて、がん細胞内で実際に起きている代謝パスウェイの異常がどの変異が原因で起きているかを明確化し、がん代謝パスウェイネットワークの構築に基づいたドライバー遺伝子同定の研究を実施した。変異の特徴の層別化、代謝ネットワークの破綻経路の明確化、ドライバー変異モジュールの同定、及び発がんメカニズムと治療ターゲットの考察を順次解析してきた。
また、胃がん症例が重複する2つの異なるサブタイプの類似点と相違点について、がん変異とパスウェイとの関連性を探索する研究との関連で明確化し研究論文を発表した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、特定の変異を持つこととそれが原因で生じる代謝パウスェイの異常を繋げることで、がんの発生メカニズムやがん細胞内の相互制御メカニズムを明らかにすることを目指す。実際にクリニカルシーケンスを臨床現場で利用することを想定した場合、このような各種変異によって何が起きているかを明確化しておくことは、治療方針を決定する段階において非常に意義がある。将来的には、より精確な治療と薬剤感受性の予測を通し、患者に対する無用な投薬や副作用を減らす効果が期待できる。また、不適切な投薬による医療費の無駄遣いを削減することも期待されることから、個別化医療を実現するための必須の非常に独創的な研究と言える。

報告書

(3件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件)

  • [雑誌論文] Gallincin ameliorates colitis-associated inflammation and barrier function in mice based on network pharmacology prediction2020

    • 著者名/発表者名
      Cui De-jun、Yang Xiao-lan、Okuda Shujiro、Ling Yi-wei、Zhang Zhu-xue、Liu Qi、Yuan Wen-qiang、Yan Fang
    • 雑誌名

      Journal of International Medical Research

      巻: 48 号: 12 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1177/0300060520951023

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic profiling for diffuse type and genomically stable subtypes in gastric cancer2020

    • 著者名/発表者名
      Ling Yiwei、Watanabe Yu、Nagahashi Masayuki、Shimada Yoshifumi、Ichikawa Hiroshi、Wakai Toshifumi、Okuda Shujiro
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 18 ページ: 3301-3308

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2020.10.021

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Verification of the Japanese staging system for rectal cancer, focusing on differences with the TNM classification2020

    • 著者名/発表者名
      Arabiki Michiru、Shimada Yoshifumi、Nakano Mae、Tanaka Kana、Oyanagi Hidehito、Nakano Masato、Ling Yiwei、Okuda Shujiro、Takii Yasumasa、Wakai Toshifumi
    • 雑誌名

      Surgery Today

      巻: 50 号: 11 ページ: 1443-1451

    • DOI

      10.1007/s00595-020-02024-4

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNF43 mutation is associated with aggressive tumor biology along with BRAF V600E mutation in right-sided colorectal cancer2020

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto A, Shimada Y, Nakano M, Oyanagi H, Tajima Y, Nakano M, Kameyama H, Hirose Y, Ichikawa H, Nagahashi M, Nogami H, Maruyama S, Takii Y, Ling Y, Okuda S, Wakai T.
    • 雑誌名

      Oncology Reports

      巻: 43 ページ: 1853-1862

    • DOI

      10.3892/or.2020.7561

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Network analysis of proteogenomics data in lung cancer cell lines.2019

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Y., Ling Y., Uemura H., Yoshizawa A.C., Ishihama Y., Okuda S.
    • 学会等名
      HUPO2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Genome-wide analysis of mutational impact on post translational modification.2019

    • 著者名/発表者名
      Ling Y., Yoshizaki H., Okuda S.
    • 学会等名
      ISMB2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mutational signatures and clinicopathological relationship extracted from clinical sequence data of 201 cases with colorectal cancer.2019

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi S., Ling Y., Watanabe Y., Shimada Y., Wakai T., Okuda S.
    • 学会等名
      ASHG2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2022-01-27  

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