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微生物エピゲノム変化の解明に向けたPacBioメチル化データ解析技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19K20409
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

齋藤 裕  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 主任研究員 (60721496)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードエピゲノム / DNAメチル化 / PacBio / 微生物 / バイオインフォマティクス / 機械学習
研究開始時の研究の概要

細菌や真核微生物のエピゲノム研究では、様々な種類のDNAメチル化(5mC、6mA、
4mC)を検出可能なPacBioシーケンサーが、Illuminaシーケンサーよりも広く使用されている。本研究では、PacBioデータからメチル化変化を高精度に検出する新しい解析技術を開発する。また、この手法を公開されている様々な微生物のPacBioデータに適用して、これまで見過ごされていた生育条件や発生段階によるメチル化変化の新たな発見を目指す。

研究成果の概要

細菌や真核微生物のエピゲノム研究では、6mAを含む様々な種類のDNAメチル化を検出可能なPacBioシーケンサーが広く使用されている。PacBioによる配列決定では、ポリメラーゼがメチル化部位に遭遇すると、その塩基を取り込むために長い時間を費やし、その時間はinter pulse duration(IPD)と呼ばれる値として測定される。PacBioメチル化解析のためのバイオインフォマティクス手法では、メチル化検出やメチル化率推定などの様々な下流タスクにIPDを用いるための機械学習モデルがいくつか開発されてきた。本研究では、これらの機械学習モデルの改良を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で開発した微生物エピゲノムデータ解析技術により、病原菌や環境細菌叢におけるエピゲノム研究を加速できる。これにより、人類の健康や環境問題の解決などに貢献できると期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (74件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 2件、 査読あり 15件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (58件) (うち国際学会 22件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Machine-Learning-Guided Library Design Cycle for Directed Evolution of Enzymes: The Effects of Training Data Composition on Sequence Space Exploration2021

    • 著者名/発表者名
      Saito Yutaka、Oikawa Misaki、Sato Takumi、Nakazawa Hikaru、Ito Tomoyuki、Kameda Tomoshi、Tsuda Koji、Umetsu Mitsuo
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 11 号: 23 ページ: 14615-14624

    • DOI

      10.1021/acscatal.1c03753

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Machine learning approach for discrimination of genotypes based on bright-field cellular images2021

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Godai、Saito Yutaka、Seki Motoaki、Evans-Yamamoto Daniel、Negishi Mikiko、Kakoi Kentaro、Kawai Hiroki、Landry Christian R.、Yachie Nozomu、Mitsuyama Toutai
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 7 号: 1 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1038/s41540-021-00190-w

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Hideki、Saito Yutaka
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 号: 6

    • DOI

      10.1093/bib/bbab234

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comparative analysis of the relationship between translation efficiency and sequence features of endogenous proteins in multiple organisms2021

    • 著者名/発表者名
      Tajima Naoyuki、Kumagai Toshitaka、Saito Yutaka、Kameda Tomoshi
    • 雑誌名

      Genomics

      巻: 113 号: 4 ページ: 2675-2682

    • DOI

      10.1016/j.ygeno.2021.05.037

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rational thermostabilisation of four-helix bundle dimeric de novo proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Irumagawa Shin、Kobayashi Kaito、Saito Yutaka、Miyata Takeshi、Umetsu Mitsuo、Kameda Tomoshi、Arai Ryoichi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 7526-7526

    • DOI

      10.1038/s41598-021-86952-2

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 機械学習を用いたタンパク質デザイン2021

    • 著者名/発表者名
      UMETSU Mitsuo、SAITO Yutaka、KAMEDA Tomoshi、TSUDA Koji
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 61 号: 3 ページ: 177-179

    • DOI

      10.2142/biophys.61.177

    • NAID

      130008045202

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Adipose-derived mesenchymal stem cells differentiate into heterogeneous cancer-associated fibroblasts in a stroma-rich xenograft model2021

    • 著者名/発表者名
      Miyazaki Yoshihiro、Oda Tatsuya、Inagaki Yuki、Kushige Hiroko、Saito Yutaka、Mori Nobuhito、Takayama Yuzo、Kumagai Yutaro、Mitsuyama Toutai、Kida Yasuyuki S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 4690-4690

    • DOI

      10.1038/s41598-021-84058-3

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ゲノムは遺伝子を単語とする文章である(か?)2021

    • 著者名/発表者名
      齋藤 裕
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: 79 ページ: 49-49

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 機械学習による生体分子の機能改良2020

    • 著者名/発表者名
      齋藤 裕
    • 雑誌名

      JSBi Bioinformatics Review

      巻: 1 号: 1 ページ: 12-17

    • DOI

      10.11234/jsbibr.2020.2

    • NAID

      130007923103

    • ISSN
      2435-7022
    • 年月日
      2020-09-30
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Predicting antibody affinity changes upon mutations by combining multiple predictors2020

    • 著者名/発表者名
      Kurumida Yoichi、Saito Yutaka、Kameda Tomoshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 19533-19533

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76369-8

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Existence and possible roles of independent non-CpG methylation in the mammalian brain2020

    • 著者名/発表者名
      Lee Jong-Hun、Saito Yutaka、Park Sung-Joon、Nakai Kenta
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 27 号: 4

    • DOI

      10.1093/dnares/dsaa020

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CodonAdjust: a software for in silico design of a mutagenesis library with specific amino acid profiles2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong、Saito Yutaka、Kameda Tomoshi
    • 雑誌名

      Protein Engineering, Design and Selection

      巻: 32 号: 11 ページ: 503-511

    • DOI

      10.1093/protein/gzaa013

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 放線菌におけるタンパク質生産量向上のための新規コドン最適化技術.2020

    • 著者名/発表者名
      齋藤 裕, 北川 航, 亀田 倫史.
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: 78 ページ: 412-413

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells2019

    • 著者名/発表者名
      Nakato R, Wada Y, Nakaki R, Nagae G, Katou Y, Tsutsumi S, Nakajima N, Fukuhara H, Iguchi A, Kohro T, Kanki Y, Saito Y, Kobayashi M, Izumi-Taguchi A, Osato N, Tatsuno K, Kamio A, Hayashi-Takanaka Y, Wada H, Ohta S, Aikawa M, Nakajima H, Nakamura M, McGee RC, Heppner KW, Kawakatsu T, Genno M, Yanase H, Kume H, et al.
    • 雑誌名

      Epigenetics & Chromatin

      巻: 12 号: 1 ページ: 77-77

    • DOI

      10.1186/s13072-019-0319-0

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Developing a codon optimization method for improved expression of recombinant proteins in actinobacteria2019

    • 著者名/発表者名
      Saito Yutaka、Kitagawa Wataru、Kumagai Toshitaka、Tajima Naoyuki、Nishimiya Yoshiyuki、Tamano Koichi、Yasutake Yoshiaki、Tamura Tomohiro、Kameda Tomoshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 8338-8338

    • DOI

      10.1038/s41598-019-44500-z

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 機械学習が道先案内するタンパク質の進化分子工学.2019

    • 著者名/発表者名
      梅津 光央, 齋藤 裕, 亀田 倫史, 津田 宏治.
    • 雑誌名

      BIO INDUSTRY

      巻: 36 ページ: 55-63

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Deep sequencing analysis in the directed evolution of antibody mimics.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Ito, Hafumi Nishi, Thuy Duong Nguyen, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Hikaru Nakazawa, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Deep sequencing analysis in the directed evolution of antibodies.2021

    • 著者名/発表者名
      Sakiya Kawada, Yoichi Kurumida, Tomoyuki Ito, Hikaru Nakazawa, Hafumi Nishi, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Evaluating self-assembly propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.2021

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Keisuke Ikeda, Yusuke Nakamichi, Atsushi Hirano, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      Evaluating self-assembly propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins.2021

    • 著者名/発表者名
      Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito.
    • 学会等名
      The 29th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and The 20th European Conference on Computational Biology (ISMB / ECCB 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Discovery of functional proteins by next-generation sequencing analysis in directed evolution.2021

    • 著者名/発表者名
      Sakiya Kawada, Tomoyuki Ito, Hafumi Nishi, Yoichi Kurumida, Thuy Duong Nguyen, Hikaru Nakazawa, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 26th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community (YABEC 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Directed evolution of non-immunoglobulin scaffold proteins against a cancer marker.2021

    • 著者名/発表者名
      Thuy Duong Nguyen, Tomoyuki Ito, Hafumi Nishi, Hikaru Nakazawa, Yutaka Saito, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      PEGS Boston Virtual 2021.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Machine learning approach for discrimination of genotypes based on bright-field cellular images.2021

    • 著者名/発表者名
      Godai Suzuki, Yutaka Saito, Motoaki Seki, Daniel Evans-Yamamoto, Mikiko Negishi, Kentaro Kakoi, Hiroki Kawai, Christian R Landry, Nozomu Yachie, Toutai Mitsuyama.
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会 (MBSJ 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins.2021

    • 著者名/発表者名
      Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子設計のインフォマティクス.2021

    • 著者名/発表者名
      齋藤 裕.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 機械学習によって明視野細胞画像から遺伝子型の違いを判別できるか.2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木 吾大, 齋藤 裕, 光山統泰.
    • 学会等名
      第30回 日本バイオイメージング学会学術集会 シンポジウム「様々な手法で見る生体試料」.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 機械学習支援なタンパク質進化における学習データが影響を与える指向性.2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤 智之, 齋藤 裕, 及川 未早来, 亀田 倫史, 中澤 光, 津田 宏治, 梅津 光央.
    • 学会等名
      日本生物工学会北日本支部 2021年度第1回若手シンポジウム.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of peptide aggregation tendency by combination MD simulation and machine learning.2021

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Yutaka Saito, Yusuke Nakamichi, Keisuke Ikeda, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会 シンポジウム「タンパク質の液液相分離―計測、制御、応用―」.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 抗体医薬品の多要素の最適化にむけたマルチタスク学習手法の開発.2021

    • 著者名/発表者名
      鬼塚 智大, 山口 秀輝, 齋藤 裕.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 配列空間における適応度地形のトランスロケーションを用いた変異効果予測の精度向上.2021

    • 著者名/発表者名
      福永 秀蔵, 山口 秀輝, 齋藤 裕.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Protein language modelsによるzero-shot機能予測および配列探索.2021

    • 著者名/発表者名
      山口 秀輝, 齋藤 裕.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021).
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Accurate prediction of variant effects by efficient incorporation of evolutionary information into Transformer-based deep learning.2021

    • 著者名/発表者名
      Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito.
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Application of next-generation sequencing analysis in the molecular evolution of antibody mimics.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Ito, Hafumi Nishi, Thuy Duong Nguyen, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Hikaru Nakazawa, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] A novel computational method to assess mechanical stability of proteins with high accuracy.2021

    • 著者名/発表者名
      Thuy Duong Nguyen, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 機械学習を用いたタンパク質改良法の高速化.2021

    • 著者名/発表者名
      来見田 遥一, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Application of next-generation sequencing analysis in the directed evolution for creating antibody mimic.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Ito, Hafumi Nishi, Thuy Duong Nguyen, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Hikaru Nakazawa, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 65th Annual Meeting of the Biophysical Society (BPS 2021).
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 進化分子工学における大規模遺伝子配列解析を利用した機能タンパク質の探索.2021

    • 著者名/発表者名
      河田 早矢, 伊藤 智之, 西 羽美, 来見田 遥一, Nguyen Thuy Duong, 中澤 光, 齋藤 裕, 亀田 倫史, 津田 宏治, 梅津 光央.
    • 学会等名
      日本化学会 第101春季年会2021.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] CodonAdjust: a software for in silico design of a mutagenesis library with specific amino acid profiles.2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      PEGS Boston Virtual 2020.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CodonAdjust: a software for in silico design of a mutagenesis library with specific amino acid profiles.2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      Antibody Engineering & Therapeutics Europe 2020.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Developing a codon optimization method for improved expression of recombinant proteins in actinobacteria.2020

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Saito, Wataru Kitagawa, Toshitaka Kumagai, Naoyuki Tajima, Yoshiyuki Nishimiya, Koichi Tamano, Yoshiaki Yasutake, Tomohiro Tamura, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2020年年会, 第9回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2020).
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Evolutionary training protocols for deep representation learning of multi-domain proteins.2020

    • 著者名/発表者名
      Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2020年年会, 第9回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2020).
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 深層表現学習によるタンパク質の指向性進化と自然進化の関連解析.2020

    • 著者名/発表者名
      Shuzo Fukunaga, Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2020年年会, 第9回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2020).
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 深層表現学習によるタンパク質の指向性進化と自然進化の関連解析.2020

    • 著者名/発表者名
      Shuzo Fukunaga, Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito.
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会 第12回研究会.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] CodonAdjust: a software for in silico design of a mutagenesis library with specific amino acid profiles.2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      第20回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Evaluating self-assembly propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.2020

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Keisuke Ikeda, Yusuke Nakamichi, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      第20回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Evaluation of the protein stability by molecular dynamics simulation.2020

    • 著者名/発表者名
      Kaito Kobayashi, Tomoshi Kameda, Shin Irumagawa, Ryoichi Arai, Yutaka Saito, Takeshi Miyata, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      第20回 日本蛋白質科学会年会.
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Predicting antibody affinity changes upon mutations by combining multiple predictors.2020

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      The 19th Annual PepTalk.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Can machine learning guide directed evolution of functional proteins?2020

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Takumi Sato, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, and Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 64th Annual Meeting of the Biophysical Society (BPS 2020).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Evaluation of the protein stability by molecular dynamics simulation.2020

    • 著者名/発表者名
      Tomoshi Kameda, Kaito Kobayashi, Shin Irumagawa, Ryoichi Arai, Yutaka Saito, Takeshi Miyata, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 64th Annual Meeting of the Biophysical Society (BPS 2020).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Evaluating self-assembly propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.2020

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Keisuke Ikeda, Yusuke Nakamichi, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      The 64th Annual Meeting of the Biophysical Society (BPS 2020).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Evaluation of the protein thermal stability by molecular dynamics simulation.2020

    • 著者名/発表者名
      Kaito Kobayashi, Tomoshi Kameda, Shin Irumagawa, Yutaka Saito, Takeshi Miyata, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 19th Annual PepTalk.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Developing a sequence design method for increasing the expression of recombinant proteins in actinobacteria.2020

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Tajima, Wataru Kitagawa, Yutaka Saito, Yoshiyuki Nishimiya, Koichi Tamano, Yoshiaki Yasutake, Tomohiro Tamura, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      The 19th Annual PepTalk.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 機械学習支援によるタンパク質の効率的進化工学.2020

    • 著者名/発表者名
      中澤 光, 及川 未早来, 齋藤 裕, 亀田 倫史, 津田 宏治, 梅津 光央.
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2020年度大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Predicting antibody affinity changes upon mutations with machine learning.2019

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      Antibody Engineering & Therapeutics.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Machine-learning application for directed evolution of functional proteins2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Takumi Sato, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, and Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 11th Protein & Antibody Engineering Summit (PEGS Europe 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CodonAdjust: a software for in silico design of a mutagenesis library with specific amino acid profiles.2019

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      The 11th Protein & Antibody Engineering Summit (PEGS Europe 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Machine-Learning-Guided Mutagenesis for Directed Evolution of Recombinant Proteins.2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The American Institute of Chemical Engineers Annual Meeting 2019 (AIChE 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CodonAdjust: a software to design codon nucleotide compositions for generating mutagenesis libraries.2019

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Machine-learning-guided mutagenesis platform for evolution: from GFP to YFP.2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 18th Asian Pacific Confederation of Chemical Engineering Congress (APCChE 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Machine-learning-guided mutagenesis for directed evolution of fluorescent proteins.2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoshi Kameda, Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      The 33rd Annual Symposium of the Protein Society.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 放線菌における遺伝子配列改変による発現調節の解析.2019

    • 著者名/発表者名
      田島 直幸, 北川 航, 齋藤 裕, 西宮 佳志, 玉野 孝一, 安武 義晃, 田村 具博, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第34回 日本放線菌学会大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 機械学習と実験の融合によるタンパク質の高機能化.2019

    • 著者名/発表者名
      齋藤 裕, 及川 未早来, 中澤 光, 亀田 倫史, 津田 宏治, 梅津 光央.
    • 学会等名
      第71回 日本生物工学会大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 放線菌における遺伝子配列改変による発現調節の解析.2019

    • 著者名/発表者名
      田島 直幸, 北川 航, 齋藤 裕, 西宮 佳志, 玉野 孝一, 安武 義晃, 田村 具博, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第71回 日本生物工学会大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Machine-learning-guided mutagenesis for directed evolution of fluorescent proteins.2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2019年年会, 第8回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Comparative analysis of the relationship between translational efficiency and sequence features of endogenous proteins of multiple organisms using ribosomal profiling data.2019

    • 著者名/発表者名
      田島 直幸, 熊谷 俊高, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      日本進化学会 第21回大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 人工知能と実験の融合による生物工学研究.2019

    • 著者名/発表者名
      齋藤 裕.
    • 学会等名
      公益社団法人日本技術士会神奈川県支部 第80回CPD講座「ここまで進んだ医療・生命科学へのAIの活用」
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Evaluating self-assembly propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.2019

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Kurumida, Keisuke Ikeda, Yusuke Nakamichi, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda.
    • 学会等名
      第4回LLPS研究会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] CodonAdjust: a software to design codon nucleotide compositions for generating mutagenesis libraries.2019

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第42回 日本分子生物学会年会 (MBSJ 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Evaluating aggregation propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.2019

    • 著者名/発表者名
      来見田 遥一, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第57回 日本生物物理学会年会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 複数の予測器の組み合わせによる抗体変異体の結合力変化の予測.2019

    • 著者名/発表者名
      来見田 遥一, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2019年年会, 第8回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] CodonAdjustment: an algorithm to optimize codon nucleotide compositions for mutagenesis library by using non-linear optimization.2019

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thuy Duong, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2019年年会, 第8回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2019).
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] AIが導くタンパク質の進化:指向性が強い変異体は必要か?2019

    • 著者名/発表者名
      及川 未早来, 齋藤 裕, 亀田 倫史, 中澤 光, 二井手 哲平, 津田 宏治, 梅津 光央.
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] リボソームプロファイリングを用いた複数生物の内在性タンパク質の翻訳効率に関係する配列特徴量の解析.2019

    • 著者名/発表者名
      田島 直幸, 熊谷 俊高, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 機械学習を用いた抗体変異体の結合力変化の予測.2019

    • 著者名/発表者名
      来見田 遥一, 齋藤 裕, 亀田 倫史.
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会.
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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