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全ゲノム解析による河川水中の薬剤耐性腸内細菌科細菌の実態解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K20461
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分63040:環境影響評価関連
研究機関京都大学

研究代表者

五味 良太  京都大学, 工学研究科, 助教 (30794284)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2019年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード薬剤耐性菌 / 腸内細菌科細菌 / ゲノム解析 / 河川 / 腸内細菌科
研究開始時の研究の概要

近年、抗生物質が効かない細菌 (薬剤耐性菌)が世界規模で増加している。河川水といった環境水は、薬剤耐性菌や薬剤耐性遺伝子の拡散に寄与していると言われているが、その詳細はわかっていない。本研究では、河川水から単離した薬剤耐性腸内細菌科細菌の全ゲノム配列を決定して、保菌株や臨床分離株と比較することで、河川水が保菌や感染の原因となる薬剤耐性菌や薬剤耐性遺伝子の拡散に寄与している、という仮説を検証する。

研究成果の概要

近年、抗生物質が効かない細菌 (薬剤耐性菌)が世界規模で増加し、問題となっている。本研究では、河川水及び湖水といった環境水から単離したカルバペネム耐性腸内細菌科細菌 (CRE)の全ゲノム配列を決定して、解析を行った。本研究の結果、環境水中のCREは、今まで報告例の少ない様々なカルバペネマーゼ遺伝子 (FRI、GES-5、IMI、SFC、SFH-1)を保有することがわかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により、環境水中の薬剤耐性菌は、臨床現場では珍しい薬剤耐性遺伝子を保有することが判明した。これらの薬剤耐性遺伝子を保有した薬剤耐性菌が実際に人々に取り込まれ、アウトブレイクを引き起こすかは、今のところわかっておらず、今後の研究で明らかにしていく必要がある。しかし、本研究では臨床現場でも報告例のあるカルバペネマーゼと菌種の組み合わせが検出されたことから、今後注意して環境由来の薬剤耐性菌をモニタリングしていく必要があることが示唆された。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2022 2021 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件)

  • [国際共同研究] Monash University(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Emergence of rare carbapenemases (FRI, GES-5, IMI, SFC and SFH-1) in Enterobacterales isolated from surface waters in Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Ryota Gomi, Yasufumi Matsumura, Michio Tanaka, Masaru Ihara, Yoshinori Sugie, Tomonari Matsuda, Masaki Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Antimicrobial Chemotherapy

      巻: - 号: 5 ページ: 1237-1246

    • DOI

      10.1093/jac/dkac029

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Occurrence of class 1 integrons carrying two copies of the blaGES-5 gene in carbapenem-non-susceptible Citrobacter freundii and Raoultella ornithinolytica isolated from wastewater2021

    • 著者名/発表者名
      Ryota Gomi, Tomonari Matsuda, Masaki Yamamoto, Michio Tanaka, Thomas Jove, Pei-Hsin Chou, Yasufumi Matsumura
    • 雑誌名

      Journal of Global Antimicrobial Resistance

      巻: 26 ページ: 230-232

    • DOI

      10.1016/j.jgar.2021.06.014

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Detection of plasmid contigs in draft genome assemblies using customized Kraken databases2021

    • 著者名/発表者名
      Ryota Gomi, Kelly L. Wyres, Kathryn E. Holt
    • 雑誌名

      Microbial Genomics

      巻: 7 号: 4

    • DOI

      10.1099/mgen.0.000550

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular Characterization of a Multidrug-Resistant IncF Plasmid Carrying mcr-3.1 in an Escherichia coli Sequence Type 393 Strain of Wastewater Origin.2019

    • 著者名/発表者名
      Gomi R, Matsuda T, Yamamoto M, Tanaka M, Ichiyama S, Yoneda M, Matsumura Y.
    • 雑誌名

      International Journal of Antimicrobial Agents

      巻: 54 号: 4 ページ: 524-526

    • DOI

      10.1016/j.ijantimicag.2019.06.024

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 環境水中に潜む耐性菌のモニタリング2021

    • 著者名/発表者名
      五味良太
    • 学会等名
      第95回日本感染症学会・学術講演会 第69回日本化学療法学会総会 合同学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Genomic characteristics of carbapenemase producing Enterobacteriaceae in hospital and municipal wastewater2019

    • 著者名/発表者名
      Ryota Gomi, Tomonari Matsuda, Masaki Yamamoto, Pei Hsin Chou, Michio Tanaka, Satoshi Ichiyama, Minoru Yoneda, Yasufumi Matsumura
    • 学会等名
      20th Symposium on Health-Related Water Microbiology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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