| 研究課題/領域番号 |
19K21320
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| 補助金の研究課題番号 |
18H06218 (2018)
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| 研究種目 |
研究活動スタート支援
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| 配分区分 | 基金 (2019)
補助金 (2018) |
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| 審査区分 |
0902:内科学一般およびその関連分野
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| 研究機関 | 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所) |
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研究代表者 |
黒田 友紀子 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所), 臨床研究所, 医長 (40823589)
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| 研究期間 (年度) |
2018-08-24 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
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| キーワード | ロングリード / ゲノム構造異常 / 先天異常症候群 / 均衡型相互転座 / ロングリードシークエンサー / 先天異常 / 遺伝子 / 次世代シークエンサー |
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| 研究開始時の研究の概要 |
臨床診断確定例にも依然としてエクソーム・全ゲノム解析後も変異未検出例が存在する。未検出例では従来の短いシークエンスリードでは検出困難なゲノム構造異常が存在している可能性があり、ロングリードシークエンサーは現行のショートリード解析では検出不可能なゲノム構造を検出できる。未検出例の遺伝学的診断と発症メカニズムの解明を目的として、ロングリード解析による全ゲノム解析の臨床的有用性を検証することとした。変異未検出の臨床診断確定例に対するロングリード解析により診断アルゴリズムを構築し、臨床診断未確定例の探索的診断と疾患候補遺伝子の同定、疾患概念を確立する。
(前年度より継続課題）
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| 研究成果の概要 |
先天異常症候群に対して、既存のエクソーム解析で変異未検出例の中には、欠失・挿入、均衡型転座、逆位などのゲノム構造異常が一定数存在する。本研究で、コピー数異常を認めない染色体均衡型相互転座を例に、ロングリードシークエンスによりゲノム構造異常を同定した。転座切断点には日本人に多く見られる構造多型があり、従来の参照配列ではなく日本人の参照ゲノム配列を用いて解析を行い同定することができた。本研究を通して、ゲノム構造異常同定のためにロングリードシークエンスが有用な手法であることを実証した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ロングリードシークエンスにより、既存の方法では同定困難であったゲノム構造異常を同定することができた。コピー数異常を伴わないゲノム構造異常は、マイクロアレイ染色体検査、ショートリードシークエンサーによる構造異常解析でも検出が困難である。構造異常によりそこに存在する遺伝子の機能が失われて遺伝性疾患を発症することが予想された。未診断例の中に一定数このようなゲノム構造異常を原因とした例が存在しており、本研究によりゲノム構造異常を診断できたことで、ロングリードシークエンスの有用性を実証することができた。
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