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日本人のゲノムデータを活用した正則化回帰モデルによる慢性腎臓病の予測モデル構築

研究課題

研究課題/領域番号 19K21461
補助金の研究課題番号 18H06380 (2018)
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金 (2019)
補助金 (2018)
審査区分 0908:社会医学、看護学およびその関連分野
研究機関藤田医科大学

研究代表者

藤井 亮輔  藤田医科大学, 医療科学部, 助教 (60823846)

研究期間 (年度) 2018-08-24 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2019年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードゲノム疫学 / 機械学習 / 正則化回帰モデル / 慢性腎臓病 / 遺伝的多型 / 社会医学 / 正則化回帰
研究開始時の研究の概要

慢性腎臓病(CKD)の患者数は日本で約1,330万人に達していると推定されています。特にCKDを経て末期腎不全(ESRD) を発症した場合、日本の医療経済だけでなく、個人の生活の質にも大きな影響を与えることが想定されます。そのため、CKDの高リスク者を早期に発見し、進行を妨げることは、予防医学的な観点からも重要だと考えています。本研究では、日本人集団の遺伝子情報、血液検査値、アンケート調査などから、特殊な解析手法を適用することにより「解釈が容易かつ精度の高い」CKDの発症予測モデルを構築することを目的としております。

研究成果の概要

近年は、検査値や生活習慣に加えて、個人のゲノム情報を組み込んだ疾患の予測が注目を集めている。そこで我々は日本人集団約14,000名を対象として、ゲノム情報や基本特性(年齢、性別)などの背景情報をもとに、「解釈が容易かつ精度の高い」を目指し、正則化回帰でモデルと呼ばれる解析手法を用いた腎機能の予測モデルを構築した。これらの手法を使用した場合と従来の解析法である線形回帰モデルとの性能の比較を行った結果、Lasso回帰およびelastic netと呼ばれる手法において、少ない変数でより誤差の少ないモデルを構築できることが推察されたが、性能の向上はわずかであり今後の検討が必要である。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、慢性腎臓病(CKD)をアウトカムとして予測モデルの構築に取り組んだが、他の人種もしくは疾患にも応用可能であり、個人のゲノム情報を使用したリスク予測モデル構築において、大きな可能性を秘めている研究と考えている。また、CKDを経て末期腎不全を発症すると人工透析を要することから、縦断的な検討をさらに実施することで、個人のQOLや社会生産性の向上に貢献しうると考えている。

報告書

(3件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2020 2019

すべて 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件)

  • [学会発表] 日本人集団におけるメンデルランダム化解析による高感度CRPとeGFRとの関連:J-MICC STUDY2020

    • 著者名/発表者名
      藤井亮輔
    • 学会等名
      令和元年度 コホート・生体試料支援プラットフォーム 若手支援研究成果発表会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] High-sensitivity C-reactive protein and estimated glomerular filtration rate: a two-sample mendelian randomization2019

    • 著者名/発表者名
      Ryosuke Fujii, Asahi Hishida, Takeshi Nishiyama, Masahiro Nakatochi, Takaaki Kondo, Kenji Wakai, J-MICC Study group
    • 学会等名
      The 69th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 飲料品の摂取量と腎機能低下との関連:J-MICC Study大幸地区2019

    • 著者名/発表者名
      藤井亮輔, 近藤高明, 菱田朝陽, 大西丈二, 内藤真理子, 浜島信之, 若井建志
    • 学会等名
      第78回日本公衆衛生学会総会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2018-08-27   更新日: 2024-03-26  

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