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貝殻のミューゼオミクス:博物館の収蔵標本を活かすための実験的研究

研究課題

研究課題/領域番号 19K21646
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分3:歴史学、考古学、博物館学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

佐々木 猛智  東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

研究分担者 スティアマルガ デフィン  和歌山工業高等専門学校, 生物応用化学科, 准教授 (50625259)
川島 武士  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (10378531)
藤田 敏彦  独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 部長 (70222263)
西秋 良宏  東京大学, 総合研究博物館, 教授 (70256197)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2019年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード博物館 / 貝殻 / DNA / 博物館標本 / DNA抽出 / ミューゼオミクス / 博物館学 / 分類学
研究開始時の研究の概要

本研究の目的は、実験的研究を通じて、博物館に収蔵された標本の新しい活用法を模索するものである。具体的には、(1)貝殻からDNAを抽出する実験、(2)次世代シーケンサを用いて博物館の標本からDNA抽出を効率的に行うための実験、(3)様々な年代、保存状態の標本を対象としたDNAの適正な保存条件の検討を行う。本研究では、微細構造、殻層ごとに実験を行う点が特に重要である。そして、以上の結果をもとに、標本を大規模に破壊することなく博物館の古い標本からDNA情報を取得するための技術を高める。

研究成果の概要

本研究の目的は、博物館に収蔵されている貝殻標本からDNAを抽出することにより、古典的な博物館標本の新しい活用法を検討することである。貝類は種多様性・形態学的多様性が高く、しばしば収集の対象とされるため、各地の博物館に大量の標本が収蔵されている。それらを分子系統解析に用いることを想定して様々な分類群で実験を行った。本研究の結果から言えることは、どのような種でも貝殻からDNA抽出をすることは可能であるが、抽出効率は手法によって異なる。目的とする種以外の種のDNAが増幅されることもあり、データの信頼性について検証作業が必要である。DNAが貝殻中になぜ保存され得るかという点は今後の課題である。

研究成果の学術的意義や社会的意義

DNA用のサンプルの保存には冷凍が理想的であるが、大量の標本を非常に長期に亘って博物館で冷凍収蔵することは現実的ではない。もし乾燥標本もDNA研究に使用することができれば、幅広い分野で博物館標本を活用できるものと期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Molecular phylogeny of Nipponacmea (Patellogastropoda: Lottiidae) from Japan: Reevaluation of species taxonomy and morphological diagnosis.2022

    • 著者名/発表者名
      Teruya, S., Setiamarga, D. H. E., Nakano, T., and Sasaki, T.
    • 雑誌名

      ZooKeys

      巻: 1087 ページ: 163-198

    • DOI

      10.3897/zookeys.1087.78193

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete mitochondrial genome of the Pacific limpet Cellana nigrolineata (Gastropoda: Patellogastropoda) determined by shotgun sequencing using the Illumina NGS platform.2021

    • 著者名/発表者名
      Nakashima, S., Shimizu, M., Hirota, K., Hiruta, S. F., Nakaji, N., Fujita, T., Sasaki, T. and Setiamarga, D. H. E.
    • 雑誌名

      Mitochondrial DNA Part B

      巻: 6 号: 7 ページ: 1857-1859

    • DOI

      10.1080/23802359.2021.1934579

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A new species of the intertidal limpet Eoacmaea (Patellogastropoda: Eoacmaeidae) from Yonaguni Island, Japan and Taiwan2021

    • 著者名/発表者名
      Nakano, T., Sasaki, T., Kosuge, T. and Chan, B. K.K.
    • 雑誌名

      Zoological Studies

      巻: 80: 68 ページ: 1-12

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrophilic shell matrix proteins of Nautilus pompilius and the identification of a core set of conchiferan domains2021

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga, D. H. E., Hirota, K., Yoshida, M., Takeda, Y., Kito, K., Shimizu, K., Isowa, Y., Ikeo, K., Sasaki, T. and Endo, K.
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 12:1925 号: 12 ページ: 1-16

    • DOI

      10.3390/genes12121925

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Population genetic structure of the pen shell Atrina pectinata sensu lato (Bivalvia: Pinnidae) throughout East Asia2021

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, K., Yamada K., Sekino, M., Kobayashi, M., Sasaki, T., Fujinami, Y., Yamamoto, M., Choi, K. and Henmi, Y.
    • 雑誌名

      Regional Studies in Marine Science

      巻: 48: 102024 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1016/j.rsma.2021.102024

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phylogeography and shell morphology of the pelagic snail Limacina helicina in the Okhotsk Sea and western North Pacific2021

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, K., K. Noshita, K. Kimoto & T. Sasaki
    • 雑誌名

      Marine Biodiversity

      巻: 51 号: 2 ページ: 22-22

    • DOI

      10.1007/s12526-021-01166-z

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The full mitochondrial genome sequence of the greater argonaut Argonauta argo (Cephalopoda, Argonautoidea) and its phylogenetic position in Octopodiformes2021

    • 著者名/発表者名
      Hirota Kazuki、Yoshida Masa-aki、Itoh Takehiko、Toyoda Atsushi、Setiamarga Davin H. E.
    • 雑誌名

      Mitochondrial DNA Part B

      巻: 6 号: 4 ページ: 1451-1453

    • DOI

      10.1080/23802359.2021.1911710

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The first complete mitochondrial genome of the Northern Pacific deep-sea goniasterid sea star Ceramaster japonicus (Sladen, 1889) determined using NGS-based shotgun sequencing2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Masaki、Hiruta Shimpei F.、Arai Mikihito、Shimizu Moe、Mah Christopher L.、Fujita Toshihiko、Setiamarga Davin H. E.
    • 雑誌名

      Mitochondrial DNA Part B

      巻: 6 号: 4 ページ: 1406-1408

    • DOI

      10.1080/23802359.2021.1911706

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Full genome sequence of a Bacillus safensis strain IDN1 isolated from commercially available natto in Indonesia2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshida MA, Uomi M, Ikai T, Ilado T, Waturangi D, Ekaputri JJ, Setiamarga DHE
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 10 号: 15

    • DOI

      10.1128/mra.00180-21

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular Species Delimitation of the Genus Reishia (Mollusca: Gastropoda) along the Coasts of China and Korea2020

    • 著者名/発表者名
      Zhao Dan、Kong Ling-feng、Sasaki Takenori、Li Qi
    • 雑誌名

      Zoological Science

      巻: 37 号: 4 ページ: 382-382

    • DOI

      10.2108/zs190153

    • NAID

      40022331101

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA Barcoding study of shelled Gastropods in the intertidal rocky coasts of Central Wakayama Prefecture, Japan, using two gene markers2019

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga DHE, Nakaji N, Iwamoto S, Teruya S, Sasaki T
    • 雑誌名

      International Journal of GEOMATE

      巻: 17 号: 62 ページ: 9-16

    • DOI

      10.21660/2019.62.4521

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] カサガイ類のタイプ標本2021

    • 著者名/発表者名
      佐々木猛智・中野智之
    • 学会等名
      日本貝類学会令和3 年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 海棲動物液浸標本の博物館保存科学:アサリの液浸標本の生 化学的組成変化を例に2020

    • 著者名/発表者名
      西本真琴,大原珠海,山本真生,佐々木猛智,Davin H. E. SETIAMARGA
    • 学会等名
      第28回 海洋工学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 中島理子,中路 渚,Do Van Tu,佐々木猛智,Davin H. E. SETIAMARGA2020

    • 著者名/発表者名
      ミトコンドリア由来12S-rRNA遺伝子を用いた有殻腹足類の博物館標本のDNAバーコーディング
    • 学会等名
      第28回 海洋工学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-07-04   更新日: 2023-01-30  

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