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簡便なタンパク質構造解析に向けた規則配列化のためのDNA規則的多孔構造創製

研究課題

研究課題/領域番号 19K22103
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分28:ナノマイクロ科学およびその関連分野
研究機関名古屋大学

研究代表者

田川 美穂  名古屋大学, 未来材料・システム研究所, 教授 (40512330)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2021年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードDNA / ナノ粒子 / 結晶成長 / X線小角散乱 / 自己集合 / コロイド結晶成長 / 自己組織化 / 多孔構造 / コロイド結晶 / 結晶 / 構造解析
研究開始時の研究の概要

本研究は、タンパク質立体構造解析の簡便化に向けたタンパク分子規則配列化のためのDNA規則的多孔構造(DNA結晶スポンジ)の創製を目的とする。これにより、従来のタンパク質立体構造解析においてボトルネックとなっている網羅的実験が必要な「タンパク結晶化」を介することなく立体構造解析を可能にするための新手法の開発を目指す。従来のDNAナノ構造体設計法(DNAタイル、DNAオリガミ)とは異なる「DNA修飾ナノ粒子超格子(DNA-NP)の結晶化機構を模した設計法」でDNA結晶スポンジを実現する狙いである。

研究成果の概要

DNA修飾ナノ粒子超格子の結晶を用いて、スポンジ機能を持つ結晶作製に取り組んだ。タンパク分子などのゲスト分子の取り込み効率を向上させるため、格子定数がナノ粒子粒径よりも大きい結晶作製に取り組み、SAXS構造解析により、結晶性の良いbcc構造であることを確認した。また、封入したいタンパク分子と相互作用を持つ部位を予め結晶内に導入しておくことで、溶液内で混合するだけでタンパク分子を取り込めることを示した。ストレプトアビジン及びRNPの封入に成功し、共焦点レーザ走査型顕微鏡による結晶断面観察により、内部までタンパク分子が取り込まれていることを確認した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

DNA修飾ナノ粒子の結晶が、規則的な空孔にタンパク分子のような大きな分子も取り込めることを確認したことで、今後は規則配列化による構造解析のみならず、結晶内での反応制御等、様々な応用が考えられる。DNA修飾ナノ粒子の結晶が持つ光電場の増強効果を利用し、ラマン散乱等の手法を用いて封入分子の反応課程を観察する手法としても有効であると期待できる。

報告書

(5件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 9件、 招待講演 4件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] DNA-functionalized colloidal crystals for macromolecular encapsulation2022

    • 著者名/発表者名
      Maasa Yokomori, Hayato Suzuki, Akiyoshi Nakamura, Shigeo S. Sugano, Miho Tagawa
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 18 号: 36 ページ: 6954-6964

    • DOI

      10.1039/d2sm00949h

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Two-step nanoparticle crystallization via DNA-guided self-assembly and non-equilibrium dehydration process2021

    • 著者名/発表者名
      Hayato Sumi, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara, Katsuo Tsukamoto, Miho Tagawa
    • 雑誌名

      Crystal Growth & Design

      巻: 21 号: 8 ページ: 4506-4515

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.1c00398

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Protein crystallization in microdroplets with the aid of electrically induced microbubbles2021

    • 著者名/発表者名
      A. Hirao, N. Tottori, M. Yokomori, M.Tagawa, S. S. Sugano, S. Sakuma, Y. Yamanishi
    • 雑誌名

      Proc. of the IEEE International Conference on Micro Electro Mechanical Systems (MEMS)

      巻: 未定

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] DNA-Programmable Nanoparticle Crystallization and Structural Analysis by Small-angle X-ray Scattering2022

    • 著者名/発表者名
      Miho Tagawa, Maasa Yokomori, Hayato Sumi, LiDong Zhang, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara
    • 学会等名
      The 17th Conference of the Asian Crystallographic Association (AsCA2022)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA自己集合を利用したナノ粒子の コロイド結晶成長とX線小角散乱による構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      田川美穂
    • 学会等名
      第2回マテリアル・計測ハイブリッド研究センター 若手フォーラム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA修飾ナノ粒子の結晶成長における重水の影響2022

    • 著者名/発表者名
      張力東, 横森真麻, 鷲見隼人, 小島憧子, 太田昇, 関口博史, 原田俊太, 宇治原徹, 田川美穂
    • 学会等名
      第51回結晶成長国内会議
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] DNA-functionalized colloidal crystals for encapsulating macromolecules2021

    • 著者名/発表者名
      Maasa Yokomori, Shigeo S. Sugano, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara, Miho Tagawa
    • 学会等名
      ICMaSS2021(International Conference on Materials and Systems for Sustainability)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA-guided crystallization of nanoparticles: the effect of solvent composition on crystal structure2021

    • 著者名/発表者名
      Miho Tagawa, Maasa Yokomori, Yuji Maeda, Hayato Sumi, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara
    • 学会等名
      ICMaSS2021(International Conference on Materials and Systems for Sustainability)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Controlling Protein Crystallization in Nanoliter Droplets Treated by Electrically Induced Microbubbles2021

    • 著者名/発表者名
      Naotomo Tottori, Azusa Takao, Akiho Hirao, Akira Shinod, Akiyoshi Nakamura,Yusuke Yamada, Maasa Yokomori, Miho Tagawa, Shigeo S. Sugano, Shinya Sakuma, Yoko Yamanishi
    • 学会等名
      MicroTAS2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA self-assembly によるナノ粒子の結晶化:構造デザインとSAXS 解析2021

    • 著者名/発表者名
      田川美穂,横森真麻
    • 学会等名
      化学工学会第87年会 シンポジウム HC-12 「ダイバーシティフォーラム」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAガイドのナノ粒子結晶化:構造制御と結晶対称性を維持した収縮制御2021

    • 著者名/発表者名
      田川美穂, 鷲見隼人, 横森真麻,  前田勇士, 太田昇, 関口博史, 原田俊太, 宇治原徹
    • 学会等名
      日本物理学会第76回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein crystallization in microdroplets with the aid of electrically induced microbubbles2021

    • 著者名/発表者名
      A. Hirao, N. Tottori, M. Yokomori, M.Tagawa, S. S. Sugano, S. Sakuma, Y. Yamanishi
    • 学会等名
      The 34th IEEE Int. Conf. on Micro Electro Mechanical Systems (IEEE MEMS 2021)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAコロイド結晶を反応場として活用する試み2021

    • 著者名/発表者名
      横森 真麻,菅野 茂夫,中村 彰良,田川 美穂
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子捕捉能を有するDNA修飾金ナノ粒子結晶の開発2021

    • 著者名/発表者名
      横森真麻,菅野茂夫,中村彰良,原田俊太,宇治原徹,田川美穂
    • 学会等名
      化学工学会第86年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] THE OPTIMUM DESIGN OF DNA-GUIDED NANOPARTICLE SUPERLATTICES FOR DIRECT DEHYDRATION2019

    • 著者名/発表者名
      H. Sumi, T. Isogai, S. Kojima, N. Ohta, H. Sekiguchi, S. Harada, T. Ujihara, M. Tagawa
    • 学会等名
      the 19th International Conference on Crystal Growth and Epitaxy (ICCGE-19)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA-guided crystallization of nanoparticles: optimization of crystallization conditions and structure analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Miho Tagawa, Shoko Kojima, Hayato Sumi, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara
    • 学会等名
      International Conference on Materials and Systems for Sustainability (ICMaSS) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural stability analysis of DNA-guided nanoparticle superlattice by direct dehydration2019

    • 著者名/発表者名
      Hayato Sumi, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara, Miho Tagawa
    • 学会等名
      International Conference on Materials and Systems for Sustainability (ICMaSS) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of polyethylene glycol induced depletionattraction on DNA-functionalized nanoparticle crystalization2019

    • 著者名/発表者名
      Shoko Kojima, Hayato Sumi, Noboru Ohta, Hiroshi Sekiguchi, Shunta Harada, Toru Ujihara, Miho Tagawa
    • 学会等名
      Okinawa Colloids 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAガイドのナノ粒子結晶化:結晶化条件の最適化と構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      田川 美穂、小島 憧子、鷲見 隼人、西部 愛里紗、磯貝 卓巳、横森 真麻、原田 俊太、宇治原 徹、塚本 勝男
    • 学会等名
      日本地球惑星科学連合(JpGU2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [産業財産権] 導入装置、高分子の細胞導入方法、DNAナノ粒子結晶及びDNAナノ粒子結晶封入体の製造方法2020

    • 発明者名
      山西陽子、田川美穂、菅野茂夫、黄文敬、横森真麻
    • 権利者名
      山西陽子、田川美穂、菅野茂夫、黄文敬、横森真麻
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 外国
  • [産業財産権] ナノ粒子結晶及びその製造方法2019

    • 発明者名
      田川美穂、横森真麻
    • 権利者名
      名古屋大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2019-169737
    • 出願年月日
      2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-07-04   更新日: 2025-01-30  

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