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核酸のオメガ型構造形成を利用した可逆的スプライシング技術による遺伝子発現制御

研究課題

研究課題/領域番号 19K22259
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関熊本大学

研究代表者

井原 敏博  熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 教授 (40253489)

研究分担者 勝田 陽介  熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 助教 (50632460)
北村 裕介  熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 助教 (80433019)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2021年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2019年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードDNA / mRNA / 遺伝子発現制御 / バイオ分析 / 核酸医薬 / グアニン4重鎖構造 / 光二量化 / アントラセン / オメガ型構造 / 可逆的スプライシング / 4重鎖構造 / ステープル核酸 / オメガ構造 / 光制御 / G4構造誘導 / 人工的スプライシング / 刺激応答 / 光応答性 / 金属イオン / G4構造 / 錯生成 / グローバル構造
研究開始時の研究の概要

化学合成DNA、内在性RNAの構造を操ってその塩基配列を可逆的に編集する。DNAやRNAの配列の一部をつまみ出し、一次構造においては互いに離れた二箇所を直接繋ぎ留めてΩ型の構造を形成することで一部の配列を バイパスした状態をつくる。DNAにおいては、その骨格上の特定の2箇所に刺激応答部位を挿入し、光や金属イオンなどの外部刺激によるΩ構造形成により標的とするmRNA等に相補的な新しい塩基配列を与えるような分子設計をする。RNAにおいては、トランスフェクションした修飾DNA、内在性、あるいは細胞内で過剰発現させた短いRNA等を用いて、mRNAの狙った箇所にΩ構造を誘起して翻訳等をブロックする。

研究成果の概要

外部からの刺激により、DNAやRNAのグローバルな構造をコントロールすることで関連する生命現象を制御した。具体的には、修飾DNAや mRNAの配列の一部をつまみ出し、一次構造においては互いに離れた二箇所を繋ぎ留めてΩ型構造を形成させる。DNA骨格中、互いに離れた二箇所にアントラセンを組込んだDNAは、テンプレート存在下、光照射により新しい塩基配列をもつΩ型構造を形成した。mRNAの5'UTRの連続グアニン配列同士を互いに接近させることのできるstaple核酸により当該遺伝子の発現を制御することに成功した。動物実験において、核酸医薬を用いた心臓疾患の治療法としての可能性を示すことができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

外部刺激により人工DNAやmRNAの主鎖骨格の互いに離れた箇所を繋ぎ止めることで高次構造を変化させ、結果としてその機能を制御できることを示した。利用した外部刺激は光と短鎖核酸(staple DNAまたはRNA)である。特に後者の系においては、同じ原理を利用して分析と制御、例えばそれぞれmiRNAの検出、遺伝子発現制御等に応用することができる。本遺伝子制御技術は、原理的に完全に新しいものであり、アンチセンス、RNAiに続く核酸医薬における第三のモダリティーとなる。医薬品としての代謝安定性を考えたとき、多くの優れた人工核酸をstapleとして利用できる点は非常に好都合な特徴である。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 5件、 招待講演 6件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Catalytic Amplification of Electrochemical Signal in Homogeneous Solution Using an Entropy-driven DNA Circuit2021

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Keisuke Yoshimura, Ryo Kuramoto, Yousuke Katsuda, Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 37 号: 3 ページ: 533-537

    • DOI

      10.2116/analsci.20SCN04

    • NAID

      130007996267

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2021-03-10
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of cancer cells in whole blood using a dynamic deformable microfilter and a nucleic acid aptamer2021

    • 著者名/発表者名
      Fukuyama Soichiro、Kumamoto Seitaro、Nagano Seiya、Hitotsuya Shoma、Yasuda Keiichiro、Kitamura Yusuke、Iwatsuki Masaaki、Baba Hideo、Ihara Toshihiro、Nakanishi Yoshitaka、Nakashima Yuta
    • 雑誌名

      Talanta

      巻: 228 ページ: 122239-122239

    • DOI

      10.1016/j.talanta.2021.122239

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cysteine hydropersulfide inactivates β-lactam antibiotics to form ring opened carbothioic S-acids in bacteria.2021

    • 著者名/発表者名
      Ono, K., Kitamura, Y., Zhang, T., Tsutsuki, H., Rahman, A., Akaike, T., Ihara, T., Sawa, T.
    • 雑誌名

      ACS Chem Biol.

      巻: 16 号: 4 ページ: 731-739

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00027

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Electrochemical Molecular Beacon for Nucleic Acid Sensing in a Homogeneous Solution2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke KITAMURA, Kotaro MISHIO, Pelin ARSLAN, Boui IKEDA, Chiharu IMOTO, Yousuke KATSUDA, Toshihiro IHARA
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 号: 8 ページ: 959-964

    • DOI

      10.2116/analsci.19P456

    • NAID

      130007886432

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2020-08-10
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Xylitol Separation from a Polyol Mixture Using Lanthanide Ion-loaded Resins2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Rika Shobu, Hirotaka Matsuura, Akinori Jyo, Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 号: 6 ページ: 769-773

    • DOI

      10.2116/analsci.19N032

    • NAID

      130007853445

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2020-06-10
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A RuO<sub>2</sub> Nanosheet as a Novel Quencher-free Platform for the Detection of Nucleic Acids in a Homogeneous Solution2020

    • 著者名/発表者名
      KITAMURA Yusuke、TANIGUCHI Takaaki、TSUTSUMI Miwako、NURDIWIJAYANTO Leanddas、MATSUO Tomoya、KATSUDA Yousuke、IHARA Toshihiro
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 号: 4 ページ: 397-400

    • DOI

      10.2116/analsci.20C004

    • NAID

      130007830180

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2020-04-10
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catalytic formation of luminescent lanthanide complexes using an entropy-driven DNA circuit2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Yukina Azuma, Yousuke Katsuda, Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Chemical communications

      巻: 56 号: 27 ページ: 3863-3863

    • DOI

      10.1039/d0cc00602e

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of prostate-specific antigen in semen using DNA aptamers: an application of nucleic acid aptamers in forensic body fluid identification2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Satoh, Seiya Kouroki, Yusuke Kitamura, Toshihiro Ihara, Kazutoshi Matsumura, Susumu Iwase
    • 雑誌名

      Analytical methods

      巻: 12 号: 21 ページ: 2703-2703

    • DOI

      10.1039/d0ay00371a

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A dynamically deformable microfilter for selective separation of specific substances in microfluidics2020

    • 著者名/発表者名
      Seitaro Kumamoto, Kenshiro Nakatake, Souichiro Fukuyama, Keiichiro Yasuda, Yusuke Kitamura, Masaaki Iwatsuki, Hideo Baba, Toshihiro Ihara, Yoshitaka Nakanishi, Yuta Nakashima
    • 雑誌名

      Biomicrofluidics

      巻: 14 号: 6 ページ: 064113-064113

    • DOI

      10.1063/5.0025927

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] G-quadruplexes in mRNA: A key structure for biological function2020

    • 著者名/発表者名
      Kamura Takuto、Katsuda Yousuke、Kitamura Yusuke、Ihara Toshihiro
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 526 号: 1 ページ: 261-266

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.02.168

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書 2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cooperative recognition of a repetitive sequence through consecutive formation of triplex and duplex structures2019

    • 著者名/発表者名
      Kitamura Yusuke、Nagai Koki、Furuzono Tomohiro、Katsuda Yousuke、Ihara Toshihiro
    • 雑誌名

      Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids

      巻: 39 号: 1-3 ページ: 97-108

    • DOI

      10.1080/15257770.2019.1679833

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書 2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catalytic Formation of Luminescent Complex Clusters Based on Autonomous Strand Exchange Reaction of DNA2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Kitamura, A. Nozaki, R. Ozaki, Y. Katsuda, T. Ihara
    • 雑誌名

      ACS Appl. Bio. Mater.

      巻: 2 号: 7 ページ: 2988-2933

    • DOI

      10.1021/acsabm.9b00326

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel cholinesterase assay for the evaluation of neurotoxin poisoning based on the electron-transfer promotion effect of thiocholine on an Au electrode2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Shimada, Yuki Kiyozumi, Yuki Koga, Yoko Ogata, Yousuke Katsuda, Yusuke Kitamura, Masaaki Iwatsuki, Katsuhiko Nishiyama, Hideo Baba, and Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Sens. Actuators B Chem.,

      巻: 298 ページ: 126893-126893

    • DOI

      10.1016/j.snb.2019.126893

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 核酸医薬への応用を目指したStaple XNAsによる標的遺伝子発現制御2021

    • 著者名/発表者名
      木田朋耀、勝田陽介、嘉村匠人、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第15回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Development of a nucleic acid medicine based on the formation of RNA G-quadruplex structure2021

    • 著者名/発表者名
      T. Kamura, Y. Katsuda, T. Nakamura, K. Tsujita, Y. Kitamura, M. Hagihara, S. Sato, T. Ihara
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第6回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用した腫瘍細胞の高感度検出2021

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元峻平、中島雄太、岩槻政晃、安田敬一郎、熊本清太郎、勝田陽介、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      第70回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 核酸医薬への応用を指向したStaple XNAsによる標的遺伝子発現抑制2021

    • 著者名/発表者名
      木田朋輝、勝田陽介、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用した血中循環腫瘍細胞の検出2021

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元峻平、中島雄太、岩槻政晃、安田敬一郎、熊本清太郎、勝田陽介、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DNAコンジュゲートの光二量化を利用した二本鎖DNAの特異的認識2021

    • 著者名/発表者名
      西村健人、北村裕介、勝田陽介、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Non-canonical ruleにより形成されたNon-canonical structureの発見2021

    • 著者名/発表者名
      松本理緒、勝田陽介、佐藤慎一、北村裕介、萩原正規、上杉志成、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用した発光シグナルの増幅と血中循環腫瘍細胞の検出2021

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元峻平、勝田陽介、中島雄太、安田敬一郎、岩槻正晃、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第70年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of DNAzyme Activity and Gene Expression by Structure Control of Relevant DNA/RNA2021

    • 著者名/発表者名
      T. Ihara, T. Kamura, H. Ohura, Y. Kitamura, S. Sato, M. Hagihara, Y. Katsuda
    • 学会等名
      Asian Conference on Analytical Sciences 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Next generation nucleic-acid medicine that suppresses gene expression by the induction of RNA structure2021

    • 著者名/発表者名
      T. Kida, Y. Katsuda, T. Kamura, Y. Kitamura, M. Hagihara, S. Sato, T. Ihara
    • 学会等名
      The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 核酸化学に基づいて生命現象を診る・制御する2020

    • 著者名/発表者名
      井原敏博
    • 学会等名
      2020年 日本化学会九州支部秋期研究発表会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内microRNAの高感度検出を目的とした新規リボスイッチの開発2020

    • 著者名/発表者名
      吉田 翔;勝田 陽介;北村 裕介;佐藤 慎一;井原 敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第69年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] ルテニウム-白金複合錯体を鋳型特異的に放出するDNAプローブの合成とその遺伝子解析への応用2020

    • 著者名/発表者名
      小嶋 美鈴;北村 裕介;勝田 陽介;井原 敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第69年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用したシグナル増幅型腫瘍細胞検出法の開発2020

    • 著者名/発表者名
      北村 裕介;工藤 悠暉;勝田 陽介;中島 雄太;安田 敬一郎;熊本 清太郎;岩槻 政晃;馬場 秀夫;中西 義孝;井原 敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第69年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] アントラセン光二量化反応を利用した鎖乗り換え型三本鎖核酸の形成2020

    • 著者名/発表者名
      小嶋 美鈴;西村 健人;北村 裕介;勝田 陽介;井原 敏博
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] RNA 高次構造の分割と再構成による新規リボスイッチの設計2020

    • 著者名/発表者名
      吉田 翔;勝田 陽介;佐藤 慎一;北村 裕介;井原 敏博
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Control of the global structures of DNA/RNA for regulation of gene expression2019

    • 著者名/発表者名
      T. Ihara
    • 学会等名
      The 12th JKBT
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of a novel technology for suppression of gene expression based on specific secondary structure induction in RNA by staple oligomer2019

    • 著者名/発表者名
      Takuto Kamura, Yousuke Katsuda, Yusuke Kitamura, Masaki Hagihara, Shinichi Sato, Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      The 14th International Student Conference on Advanced Science and Technology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 核酸の高次構造形成に基づく機能創出2019

    • 著者名/発表者名
      井原敏博
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulation of DNAzyme Activity and Gene Expression by Structure Control of Relevant DNA/RNA2019

    • 著者名/発表者名
      T. Ihara, T. Kamura, H. Ohura, Y. Kitamura, S. Sato, M. Hagihara, Y. Katsuda
    • 学会等名
      The 24th Joint Seminar of the Kyushu Branch of the CSJ and the Busan Branch of KCS
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids2022

    • 著者名/発表者名
      T. Ihara, Y. Kitamura, Y. Katsuda
    • 総ページ数
      15
    • 出版者
      Springer Nature
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 核酸科学ハンドブック2020

    • 著者名/発表者名
      日本核酸化学会、共同執筆
    • 総ページ数
      576
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2019-07-04   更新日: 2023-01-30  

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