| 研究課題/領域番号 |
19K22398
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
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| 研究機関 | 京都大学 (2020)
九州大学 (2019) |
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研究代表者 |
本田 瑞季 京都大学, 医学研究科, 特定助教 (50828978)
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| 研究期間 (年度) |
2019-06-28 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2020年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2019年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
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| キーワード | RNA-seq / 光学技術 / トランスクリプトーム / 遺伝子発現解析 / 空間トランスクリプトミクス / ゲノム解析技術 / 光工学技術 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
生体組織には様々な細胞種が混在し、組織や細胞タイプごとに固有の遺伝子発現プロファイルをもつため、特定の細胞タイプを高純度に「分取」することが求められる。しかし、Laser microdissection法では微小な細胞集団の分離が難しく、cell sortingでは酵素処理によるダメージは避けられない。本研究ではこのような「分取」に依存しない、非侵襲、簡便性、空間分解能に優れた、レーザー顕微鏡で光照射された関心領域に限定したRNA-seq法の開発を目指す。
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| 研究成果の概要 |
遺伝子発現情報を調べるためには空間位置情報と対応づける必要がある。そこで、本研究課題において高解像度かつ高感度にに遺伝子発現情報と空間位置情報の対応づけが可能な新たな空間トランスクリプトーム法、Photo-Isolation Chemistry (PIC) を開発した。これは、組織切片に光開裂型の化学修飾を施したcagedオリゴDNAをアニールさせ、逆転写反応後に切片上の関心領域に特定波長の光を照射すると、その領域だけの遺伝子発現情報が取得できるといった手法である。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究課題で開発した PIC 法は、組織切片上の光照射した関心領域から遺伝子発現情報を高感度に取得できる技術である。また、光照射は光学限界のサブミクロンオーダーにまで絞り込むことが可能であるため、従来は解析困難であった複雑な構造の組織にも適応できる。したがって、汎用性の高い技術として幅広く利用されることが期待される。
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