• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

ロングリードシーケンスを基盤とした高解像度口腔マイクロバイオーム解析系の構築

研究課題

研究課題/領域番号 19K22722
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分57:口腔科学およびその関連分野
研究機関九州大学

研究代表者

竹下 徹  九州大学, 歯学研究院, 准教授 (50546471)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2020年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2019年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワード常在微生物叢 / rRNA / ロングリードシーケンサー / rrnaオペロン / 口腔常在微生物叢 / 16S rRNA / 口腔 / 口腔マイクロバイオーム / 細菌群集解析
研究開始時の研究の概要

次世代シーケンサーの登場により網羅的細菌群集解析法の多検体への応用が可能になり、健康と関連する口腔マイクロバイオームの特徴が徐々に明らかになってきている。一方で従来の手法では近縁種の多くは識別できておらず、健康維持に決定的な役割を果たす菌種やその組み合わせが見落とされている可能性がある。本研究ではロングリードシーケンサーを用いて日本人の口腔常在細菌を網羅したrrnaオペロン領域塩基配列データベースを構築し、高度な菌種識別が可能な新たな口腔マイクロバイオーム解析系を確立する。さらに過去に採取した口腔検体の再解析により口腔の健康に寄与する細菌種ないし菌種群を見出し本解析系の有用性を示す。

研究成果の概要

本研究では第三世代ロングリードシーケンサーを用いて細菌rrnaオペロン領域全体を解読する簡便ながら高度な菌種識別が可能な新たな口腔微生物群集解析系の確立を目指した。細菌rrnaオペロン領域の網羅的増幅に適したプライマー配列を選択したのち、既知の細菌種のゲノムDNAおよび口腔細菌群集由来のDNA検体を用いて本領域の増幅が可能なことを確認した。さらに実際にロングリードシーケンサーを用いて細菌群集検体の解析を行い本領域の高い塩基配列多様性を確認した。これらの結果からロングリードシーケンサーとrrnaオペロン領域を利用した本解析系が高精度かつ高解像度な細菌群集解析法として有用であることが示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により第三世代ロングリードシーケンサーを用いてrrnaオペロン全体を解析する新たな細菌群集解析系の有用性が明らかとなった。本解析系の使用により細菌群集を構成する菌種の高精度な識別はもちろん、ある部位から別の部位、あるいは別の個体への細菌の移行などを正確かつ簡便に追跡することも可能になる。本解析系は口腔常在微生物叢研究においてこれまでの手法では見えてこなかった発見をもたらし新たな切り口をもたらすことが期待できる。

報告書

(3件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Airflow limitation and tongue microbiota in community-dwelling elderly individuals2021

    • 著者名/発表者名
      Takeshita Toru、Matsumoto Koichiro、Furuta Michiko、Fukuyama Satoru、Takeuchi Kenji、Ogata Hiroaki、Asakawa Mikari、Kageyama Shinya、Hata Jun、Ninomiya Toshiharu、Inoue Hiromasa、Yamashita Yoshihisa
    • 雑誌名

      ERJ Open Research

      巻: - 号: 2 ページ: 00616-2020

    • DOI

      10.1183/23120541.00616-2020

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Compositional Shift of Oral Microbiota Following Surgical Resection of Tongue Cancer2020

    • 著者名/発表者名
      Kageyama Shinya、Nagao Yuka、Ma Jiale、Asakawa Mikari、Yoshida Ryoji、Takeshita Toru、Hirosue Akiyuki、Yamashita Yoshihisa、Nakayama Hideki
    • 雑誌名

      Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

      巻: 10 ページ: 60084-60084

    • DOI

      10.3389/fcimb.2020.600884

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Disrupted tongue microbiota and detection of nonindigenous bacteria on the day of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation2020

    • 著者名/発表者名
      Oku Saori、Takeshita Toru、Futatsuki Toshiko、Kageyama Shinya、Asakawa Mikari、Mori Yasuo、Miyamoto Toshihiro、Hata Jun、Ninomiya Toshiharu、Kashiwazaki Haruhiko、Yamashita Yoshihisa
    • 雑誌名

      PLOS Pathogens

      巻: 16 号: 3 ページ: e1008348-e1008348

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1008348

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ロングリードシーケンサーを用いた初期付着プラークの構成細菌の同定2020

    • 著者名/発表者名
      竹下徹、影山伸哉、朝川美加李、柴田幸江、山下喜久
    • 学会等名
      第61回歯科基礎医学会総会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2019-07-04   更新日: 2022-01-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi