• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

微生物生態系のシステム崩壊と再安定化機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K22927
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分64:環境保全対策およびその関連分野
研究機関静岡大学

研究代表者

二又 裕之  静岡大学, グリーン科学技術研究所, 教授 (50335105)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2020年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2019年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワード微生物生態系 / 合成微生物群集 / 代謝ネットワーク / 微生物間相互作用 / 共存 / 揺らぎ / 制御 / 代謝 / システム制御 / ネットワーク / リデザイン / 恒常性 / 不安定性
研究開始時の研究の概要

地球生態系の機能維持に微生物は集団として深く関与し好適制御が希求されていることから、安定的機能維持機構の理解が必要不可欠である。
実際の微生物生態系は複雑過ぎて解析困難である為、分離菌株を用いた合成微生物生態系を構築し解析してきた。その結果、純粋培養系では活性が維持されるにも関わらず、集団では系そのものが破綻した。これまでの研究から、機能維持された系では微生物間代謝ネットワークの重要性を示唆する結果が得られている。そこで本研究では、微生物間代謝ネットワークを切り口に、モデル微生物生態系の破綻機構の解明とその再生機構の糸口を得る為の研究を実施する。

研究成果の概要

微生物生態系は深海底土圏からヒトの腸内とあらゆる場所で形成され、場の様々な機能を担っており、好適な制御が希求されています。しかし、制御に関する知見はまだまだ十分と言えず経験則に依存しているのが実情です。本研究では、微生物生態系の形成メカニズムの解明に向けて、異なる3種の微生物を用いてモデル微生物生態系を構築し、その形成機構に関する解析を実施しました。その結果、安定した微生物生態系の構築は、微生物間の代謝ネットワークとそのネットワークを変化させ得る微生物間の相互作用の変化が重要であることが示唆されました。

研究成果の学術的意義や社会的意義

微生物生態系の形成原理の理解は、微生物生態学における非常に大きな課題の1つでもあります。本研究では、代謝ネットワークが微生物生態系の安定形成因子であることを見出し、さらに微生物間相互作用の揺らぎが代謝ネットワークを固定せず異種微生物の安定共存に重要であることを実験的に示唆しています。分離株を用いた本研究から、相互作用の揺らぎを見出せたことは、細胞レベルでの代謝活性や遺伝子発現の差異といったこれまで実態としては捉え難かった課題に、今後直接的に解析可能であることを示唆し学術的意義が非常に高いと判断されます。また、より適切に制御する上でも重要な知見を得る可能性があり社会的意義も深いと考えられます。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 4件、 招待講演 3件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] 複合微生物系の好適制御に向けた共存機構の理解2021

    • 著者名/発表者名
      二又裕之
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 99 号: 12 ページ: 617-620

    • DOI

      10.34565/seibutsukogaku.99.12_617

    • NAID

      130008132421

    • ISSN
      0919-3758, 2435-8630
    • 年月日
      2021-12-25
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Imbalance in Carbon and Nitrogen Metabolism in <i>Comamonas testosteroni</i> R2 Is Caused by Negative Feedback and Rescued by L-arginine2021

    • 著者名/発表者名
      Abd Rahman Jabir Mohd Din, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Koki Amano, Tomoka Nishimura, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Hidehiro Ishizawa, Motohiko Kimura, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 36 号: 4 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME21050

    • NAID

      130008103594

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Coexisting mechanisms of bacterial community are changeable even under similar stable conditions in a chemostat culture2021

    • 著者名/発表者名
      Fatma Azwani Abdul Aziz, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Koki Amano, Abd Rahman Jabir Bin Mohd Din, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 131 号: 1 ページ: 7783-7783

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.09.009

    • NAID

      40022457739

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Draft genome sequence of phenol-degrading Variovorax boronicumulans strain HAB-302020

    • 著者名/発表者名
      Fatma Azwani, Kenshi Suzuki, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 9 号: 7

    • DOI

      10.1128/mra.01478-19

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] The fluctuation of microbial interactions is key factor for the coexistence of three-strains in the chemostat culture2022

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Honjo*, Kenshi Suzuki, Koki Amano, Yasuhisa Saito, Kazuhiro Takeda, Motohoko Kimura, Hidehiro Ishizawa, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      1st Shizuoka Univ. and Chugnaum National Univ. Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 複合微生物系の形成機構の理解に向けて2021

    • 著者名/発表者名
      二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mechanism of Functional Homeostasis in Bacterial Complex System2021

    • 著者名/発表者名
      Fatam Azwani Abdul Aziz, Kenshi Suzuki, Abd Rahaman Jabir Mohd Din, Masanori Honjo, Koki Amano, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      4th International conference on Molecular Biology and Biotechnology 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ケモスタット培養系における微生物間相互作用の揺らぎが生み出す異属三菌株の共存機構2021

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、天野光喜、斎藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 複合微生物系の機能安定性に寄与する因子の探索2021

    • 著者名/発表者名
      天野光喜、本荘雅宏、池田麗、石澤秀紘、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Mutualistic Relationship through Negative Feedback is Capable of Bacterial Coexistence in Microbial Ecosystem2021

    • 著者名/発表者名
      Abd Rahman Jabir Mohd Din, and Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      International Conference for Green Science and Technology
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 微生物群集の創造に向けた共存系における微生物間相互作用の理解2021

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、天野光喜、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] The fluctuation of microbial interactions is one of key factors for stable function of microbial community2021

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Honjo, Kenshi Suzuki, Koki Amano, Yasuhisa Saito, Kazuhiro Takeda, Motohiko Kimura, Hidehiro Ishizawa, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      2021 Sakaura-Bio Meeting 生物工学会中部支部会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Mutualistic relationship is a critical factor for microbial coexistence2021

    • 著者名/発表者名
      Abd Rahman Jabir Mohd Din, Masahiro Honjo, Koki Amano, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      2021 Sakaura-Bio Meeting 生物工学会中部支部会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] haracterization of inhibitory compound from Comamonas testosteroni strain R2 that induces cooperation and create metabolic dependency with Stenotrophomonas sp. strain Y2020

    • 著者名/発表者名
      Abd Rahman Jabir Mohd Din, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      ISFAR-SU2020
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] How Does Pseudomonas sp. strain LAB-08 Repress the Growth of Other Microbes?2020

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Honjo, Kenshi Suzuki, Koki Amano, Ryoya Hayashi, Yosuke Tashiro and Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      SFAR-SU2020
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Crossfeeding network is capable of coexistence and functional stability in a synthetic microbial ecosystem2019

    • 著者名/発表者名
      Kenshi Suzuki, Fatma Azwani Abdul Aziz, Masahiro Honjo, Abd Rahman Jabir Mohd Bin, Kensei Masuda, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      ASM2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Mechanism of Bacterial Coexistence: How is a metabolic network formed?2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      11.Research meeting “Principle of Microbial Ecosystems -how interactions interactions shape community assembly-”
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Metabolite-based coexistence enhances functional stability in a two species microbial population2019

    • 著者名/発表者名
      Jabir Mohd Din, Tomoka Nishimura, Ayaka Minoura, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      微生物生態学会第33回大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 資源競合条件下における異属三菌株共存を可能とする菌株間相互作用の数理学的解析2019

    • 著者名/発表者名
      天野光喜、鈴木研志、本荘雅宏、Azwani Fatma、齋藤保久、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      微生物生態学会第33回大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] he microbial coexistence and functional stability corresponding to flexible metabolic network in a synthetic microbial ecosystem2019

    • 著者名/発表者名
      Kenshi Suzuki, Azwani Fatma, Masahiro Honjo, Kensei Masuda, Koki Amamo, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      微生物生態学会第33回大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Pseudomonas sp. LAB-08株由来増殖抑制物質に対する大腸菌の代謝スイッチングによる適応機構2019

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、天野光喜、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      微生物生態学会第33回大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] esource-competitive microbes can stably coexist by flexible metabolic network in a synthetic microbial ecosystem2019

    • 著者名/発表者名
      Fatma Azwani, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Kensei Masuda, Yasuhisa Saito, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Self-Growth Inhibiting Mechanism of Comamonas testosteroni R2 grown on phenol2019

    • 著者名/発表者名
      Jabir Mohd Din, Tomoka Nishimura, Ayaka Minoura, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Kensei Masuda, Yosuke Tashiro, Hiroyuki Futamata
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Pseudomonas sp. LAB-08株由来増殖抑制物質による解糖系抑制の可能性2019

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] モデル微生物生態系における時空間的不均一性と生態系機能維持機構2019

    • 著者名/発表者名
      鈴木研志、本荘雅広、ファテイマアズワニ、増田健誠、ジャビエルモハマド、天野光喜、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] Green Science and Technology2019

    • 著者名/発表者名
      K. Suzuki, R. Owen, A. Yui, S. Ando, Y. Kudo, K. Yasuike, Y. Tashiro, and H. Futamata
    • 総ページ数
      168
    • 出版者
      Tayler & Francis Group
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [備考] 静岡大学工学部 環境微生物生態工学研究室

    • URL

      http://cheme.eng.shizuoka.ac.jp/wordpress/futamatalab/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 環境微生物生態工学研究室

    • URL

      http://cheme.eng.shizuoka.ac.jp/wordpress/futamatalab/

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2019-07-04   更新日: 2023-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi