| 研究課題/領域番号 |
19K23687
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| 研究種目 |
研究活動スタート支援
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
0603:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 日本大学 |
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研究代表者 |
澤山 英太郎 日本大学, 生物資源科学部, 講師 (70846071)
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| 研究期間 (年度) |
2019-08-30 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | 一塩基多型 / マダイ / 個体識別 / 次世代シーケンス / マルチプレックス / 次世代シーケンサー / ハイスループット |
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| 研究開始時の研究の概要 |
マダイの養殖現場では高成長かつ耐病性形質を有した系統の開発が求められる一方で、養殖が盛んな海域では養殖魚の逸出が確認されていることから、育種から天然資源の管理・保全にまで利用できる個体識別方法の開発が求められている。申請者は、次世代シーケンサーを用いた一塩基多型（SNP）検出系を開発することで、多検体同時平行処理が可能な個体識別システムの開発ができると考えた。そこで、本研究では、個体識別や多様性解析に最適なSNPマーカーセットを開発し、次世代シーケンサーによる多検体同時並行解析システムを構築することで、今後の研究を加速度的に進める基盤整備を行う。
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| 研究成果の概要 |
本研究では、養殖マダイ5系統からGRAS-Di解析により一塩基多型（SNP）を取得した。各集団98,047から187,568個のSNPが得られ、欠損率やマイナーアリル頻度、ハーディーワインベルグの法則からの逸脱などを指標としたフィルタリングを行い、各集団に共通したSNPを選択したところ、全集団に共通した2,536個のSNPを得ることができた。また、これらの中から、1Mbp以上の間隔をとっているSNPのみを選び、連鎖不平衡の影響が少ない255個のSNPを選び出した。それらSNPについてプライマーを設計し、マルチプレックスPCR系を開発した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究によりマダイの個体識別に用いるSNPパネルを開発することができたが、これにより、従来のマイクロサテライトDNA解析よりも安価かつ迅速に多数のマーカーによる遺伝子型判別が可能になると考えられる。本技術は、親子鑑定や系統識別に用いることが期待される。そのため、養殖現場では有用形質を持った親魚の選抜に威力を発揮することが期待されるとともに、養殖場から逸出した養殖マダイ個体の識別にも利用可能である。
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