| 研究課題/領域番号 |
19K23721
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| 研究種目 |
研究活動スタート支援
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
0701:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京工業大学 |
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研究代表者 |
TRAN PHUOC・DUY 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50848546)
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| 研究期間 (年度) |
2019-08-30 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | a/dPaCS-MD / p53 / IDP / docking / koff / p53 protein / A2a receptor / eePaCS-MD / PaCS-MD / kinetic rate calculation / association simulation / dissociation simulation / DNA scanning / MD simulation / Markov State Model |
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| 研究開始時の研究の概要 |
The oligomerization of p53 with itself (homo-) and other proteins (hetero-) determines whether it trigger the biological process or not. Specifically, we focus on three questions related to the oligomerization of p53 whether the oligomerization taking place on DNA from p53 monomers or not; whether the hetero-oligomer of p53 can still scanning the DNA; and is the DNA scanning style of p53 “spider-walk-on-the-roop” or “sliding-on-the-track”?
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| 研究成果の概要 |
我々は、タンパク質の天然変性領域（IDR）と標的タンパク質との結合および解離の経路を調べる方法を開発し、この方法をp53標的に適用した。その結果、IDRはまず正しい結合ポケットを見つけるために構造選択を行い、次に正しいネイティブな結合構造に入るために誘導されたフィッティングメカニズムを行うという複数の状態を経て、結合・解離経路の詳細な原子メカニズムを発見しました。最終的には、結合界面の脱水と二次構造の形成が、ネイティブな結合構造の形成に大きく貢献します。さらに、今回開発した手法は、実験データと一致した滞留時間の推定が可能です。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
This research results provide detailed atomic structures of TAD-p53 bound to MDM2 which can potentially treat as drug target to help to prevent the p53 related diseases such as cancer and neurodegenerative diseases.
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