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機械学習を活用した血管免疫芽球性T細胞リンパ腫と類縁疾患の予後予測モデルの構築

研究課題

研究課題/領域番号 19K23879
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0901:腫瘍学およびその関連分野
研究機関筑波大学

研究代表者

末原 泰人  筑波大学, 附属病院, 病院助教 (90844811)

研究期間 (年度) 2019-08-30 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード血管免疫芽球性T細胞リンパ腫 / 末梢性T細胞リンパ腫, 非特定型 / 全エクソームシーケンス解析 / IDH2変異 / 5番染色体増幅 / TET2複数変異 / 血管免疫芽球性T細胞性リンパ腫 / 機械学習 / T 細胞リンパ腫 / トランスクリプトーム解析
研究開始時の研究の概要

血管免疫芽球性T細胞リンパ腫、末梢性T細胞リンパ腫, 非特定型、その他の濾胞性ヘルパーT細胞性腫瘍症例を対象に全エクソームシーケンス解析を行う。腫瘍検体と正常対照検体のペアがある解析データについて、一部を訓練データ・残りをテストデータとして、正常対照検体を欠く腫瘍検体の体細胞変異を予測するための機械学習モデルを構築する。構築したモデルを利用して、体細胞変異を予測する。得られたゲノム異常のデータについてクラスター化を行い、クラスター毎の臨床像の違いを検討する。

研究成果の概要

計145例の血管免疫芽球性T細胞リンパ腫(AITL)と末梢性T細胞リンパ腫, 非特定型(PTCL-NOS)の症例に対して全エクソームシーケンス解析を行い、ゲノム異常と臨床情報を統合して解析した。ゲノム異常として5番染色体増幅、IDH2変異は共在して起こりやすく、AITLの予後不良因子であることを明らかにした。また複数のTET2変異の存在が予後不良因子であることを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

血管免疫芽球性T細胞リンパ腫は一般に予後不良の疾患であるが、長期生存が得られる例もあり、異質性のある疾患である。今回同定した亜分類に基づく標的治療の開発や、予後因子の有無に応じた治療戦略の層別化に繋がっていくと考えられる。

報告書

(2件)
  • 2020 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Molecular pathogenesis of progression to myeloid leukemia from TET-insufficient status.2020

    • 著者名/発表者名
      Shrestha R, Sakata-Yanagimoto M, Maie K, Oshima M, Ishihara M, Suehara Y, Fukumoto K,1 Nakajima-Takagi Y, Matsui H, Kato T, Muto H, Sakamoto T, Kusakabe M, Nannya Y, Makishima H, Ueno H, Saiki R, Ogawa S, Chiba K, Shiraishi Y, Miyano S, Mouly E, Bernard OA, Inaba T, Koseki H, Iwama A, Chiba S
    • 雑誌名

      Blood Adv.

      巻: 4(5) 号: 5 ページ: 845-854

    • DOI

      10.1182/bloodadvances.2019001324

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mutations found in cell-free DNAs of patients with malignant lymphoma at remission can derive from clonal hematopoiesis2019

    • 著者名/発表者名
      Suehara Y, Sakata-Yanagimoto M, Hattori K, Kusakabe M, Nanmoku T, Sato T, Noguchi M, Chiba S
    • 雑誌名

      Cancer Sci

      巻: 110(10) 号: 10 ページ: 3375-3381

    • DOI

      10.1111/cas.14176

    • NAID

      120007133006

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 血管免疫芽球性T細胞リンパ腫および類縁疾患のゲノム解析2019

    • 著者名/発表者名
      末原泰人, 坂田(柳元)麻実子, 服部圭一朗, 日下部学, 福本浩太, 藤澤 学, 千葉健一, 白石友一, 宮野 悟, 小川誠司, 末永孝生, 千葉 滋
    • 学会等名
      第78回 日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 血管免疫芽球性T細胞リンパ腫および類縁疾患のゲノム解析2019

    • 著者名/発表者名
      末原泰人, 坂田(柳元)麻実子, 服部圭一朗, 日下部学, 福本浩太, 藤澤 学, 千葉健一, 白石友一, 宮野 悟, 小川誠司, 末永孝生, 千葉 滋
    • 学会等名
      第81回 日本血液学会学術集会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] がんゲノム医療 結果報告書の読み方と患者への伝え方 エキスパートパネルの実際2020

    • 著者名/発表者名
      関根郁夫、村谷匡史、千葉滋、野口恵美子 (編集)、末原泰人 ,他16名
    • 総ページ数
      104
    • 出版者
      医学と看護社
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-09-03   更新日: 2023-01-30  

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