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イトヨの季節性繁殖の緯度適応とその遺伝基盤

研究課題

研究課題/領域番号 19KK0187
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

配分区分基金
審査区分 中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
研究機関東京大学 (2021-2022)
国立遺伝学研究所 (2019-2020)

研究代表者

石川 麻乃  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (20722101)

研究分担者 北野 潤  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (80346105)
山崎 曜  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 助教 (40816021)
研究期間 (年度) 2019-10-07 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
2021年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2020年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2019年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード緯度適応 / 季節性繁殖 / 日長応答性
研究開始時の研究の概要

本研究では、イトヨが広緯度に連続的に分布するヨーロッパ大陸をフィールドに(1)北極圏と南欧の繁殖「期間」と「時期」の違いを生み出す遺伝的変異をQTL解析と全ゲノム解析によって同定する。また(2)ヨーロッパ大西洋側に連続的に分布するイトヨ集団で緯度勾配ゲノムスキャンを行い、(1)の中で緯度勾配に応じてアリル頻度が変化する遺伝的変異を得る。これが、ヨーロッパ全土の広い緯度で繁殖期の多様性をもたらす有力な候補遺伝的変異である。この変異の起源や進化的動態、各地域で受けた自然選択も検証する。更に(3)同定した変異をイトヨに導入し、異なる日長や温度条件下での生理的機能や適応度に対する効果を解析する。

研究成果の概要

緯度勾配への適応は生物に見られる普遍的な現象である。特に繁殖期の長さや時期は緯度勾配によって大きく異なる。しかしどのような遺伝子がこの緯度勾配による繁殖期の適応進化を実現してきたのかはほとんど分かっていない。本課題では、広域な緯度に生息するヨーロッパのイトヨを解析し、緯度適応による繁殖期の進化が、淡水進出に伴う繁殖期の進化とは別の機構で生じていることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生物の形質は、しばしば緯度と相関する。これは緯度の違いが、日長や温度などの非生物的環境、あるいはそれによって生まれる生物的環境の勾配を作り、異なる選択圧をもたらすからである。特に繁殖期の変化は、種分化の引き金となり、集団の更なる多様化を引き起こす。このため、繁殖期の緯度勾配は、種分化速度を介して、地球上の種多様性の緯度勾配を作り出す重要な要素になりうる。本研究の今後の解析により、繁殖期の長さや時期を決定する新たな遺伝子を見出すことで、種多様性を生む機構を理解することができる。また、これらを他種に応用することで、水産・畜産利用価値の高い生物の効率的な育種システムを確立できる。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 2件、 招待講演 9件)

  • [国際共同研究] ノルウェー生命科学大学(ノルウェー)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ヴィーゴ大学(スペイン)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ノルウェー生命科学大学(ノルウェー)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ヴィーゴ大学(スペイン)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ヴィーゴ大学(スペイン)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ノルウェー生命科学大学(ノルウェー)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Convergent copy number increase of genes associated with freshwater colonization in fishes2022

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Asano、Yamanouchi Shun、Iwasaki Wataru、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences

      巻: 377 号: 1855 ページ: 1855-1855

    • DOI

      10.1098/rstb.2020.0509

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of a chromosome-level Japanese stickleback species genome using ultra-dense linkage analysis with single-cell sperm sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshitake Kazutoshi、Ishikawa Asano、Yonezawa Ryo、Kinoshita Shigeharu、Kitano Jun、Asakawa Shuichi
    • 雑誌名

      NAR Genomics and Bioinformatics

      巻: 4 号: 2

    • DOI

      10.1093/nargab/lqac026

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Construction of a chromosome-level Japanese stickleback species genome using ultra-dense linkage analysis with single-cell sperm sequencing.2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshitake K, Ishikawa A, Yonezawa R, Kinoshita S, Kitano J, and Asakawa S.
    • 雑誌名

      NAR Genomics and Bioinformatics

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Convergent copy number increase of genes associated with freshwater colonisation in fishes2022

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A, Yamanouchi S, Iwasaki W, and Kitano J.
    • 雑誌名

      Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic basis for variation in the number of cephalic pores in a hybrid zone between closely related species of goby, Gymnogobius breunigii and Gymnogobius castaneus2021

    • 著者名/発表者名
      Kakioka Ryo、Kume Manabu、Ishikawa Asano、Ansai Satoshi、Hosoki Takuya K、Yamasaki Yo Y、Nagano Atsushi J、Toyoda Atsushi、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society

      巻: - 号: 1 ページ: 143-154

    • DOI

      10.1093/biolinnean/blab033

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The evolutionary ecology of fatty‐acid variation: Implications for consumer adaptation and diversification2021

    • 著者名/発表者名
      Twining Cornelia W.、Bernhardt Joey R.、Derry Alison M.、Hudson Cameron M.、Ishikawa Asano、Kabeya Naoki、Kainz Martin J.、Kitano Jun、Kowarik Carmen、Ladd Sarah Nemiah、Leal Miguel C.、Scharnweber Kristin、Shipley Jeremy R.、Matthews Blake
    • 雑誌名

      Ecology Letters

      巻: 24 号: 8 ページ: 1709-1731

    • DOI

      10.1111/ele.13771

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Copy number variation of a fatty acid desaturase gene <i>Fads2</i> associated with ecological divergence in freshwater stickleback populations2021

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Asano、Stuart Yoel E.、Bolnick Daniel I.、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Biology Letters

      巻: 17 号: 8 ページ: 20210204-20210204

    • DOI

      10.1098/rsbl.2021.0204

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Patterns of genomic divergence and introgression between Japanese stickleback species with overlapping breeding habitats2020

    • 著者名/発表者名
      Ravinet Mark、Kume Manabu、Ishikawa Asano、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Journal of Evolutionary Biology

      巻: 34 号: 1 ページ: 114-127

    • DOI

      10.1111/jeb.13664

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multiple waves of freshwater colonization of the three-spined stickleback in the Japanese Archipelago2020

    • 著者名/発表者名
      Kakioka Ryo、Mori Seiichi、Kokita Tomoyuki、Hosoki Takuya K.、Nagano Atsushi J.、Ishikawa Asano、Kume Manabu、Toyoda Atsushi、Kitano Jun
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 20 号: 1 ページ: 143-143

    • DOI

      10.1186/s12862-020-01713-5

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Differences in the contributions of sex linkage and androgen regulation to sex-biased gene expression in juvenile and adult sticklebacks.2020

    • 著者名/発表者名
      Kitano J, Kakioka R, Ishikawa A, Toyoda A Kusakabe M.
    • 雑誌名

      Journal of Evolutionary Biology

      巻: 33 号: 8 ページ: 1129-1138

    • DOI

      10.1111/jeb.13662

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diversity in reproductive seasonality in the three-spined stickleback, Gasterosteus aculeatus2020

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Asano、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Journal of Experimental Biology

      巻: 223 号: Suppl_1

    • DOI

      10.1242/jeb.208975

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書 2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ゲノム編集から多機能性遺伝子が持つ間接効果を検証する2023

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第70回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Single cell Multiome reveals genetic mechanism of reproductive seasonality in sticklebacks.2023

    • 著者名/発表者名
      Liu L, Ishikawa A.
    • 学会等名
      第70回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Genome editing reveals a role of a pleiotropic gene on prey preference and its effect on ecosystems(イトヨの餌生物の嗜好性におけるハブ遺伝子の役割と生態系への影響)2023

    • 著者名/発表者名
      Sutrisno A, Ishikawa A.
    • 学会等名
      第70回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] イトヨ近縁種における環境ストレス耐性の違いとその分子機構2023

    • 著者名/発表者名
      原田 慧、石川 麻乃
    • 学会等名
      第70回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 網羅的発現解析とゲノム編集から見えた季節性繁殖の収斂進化を担う鍵遺伝子とその進化2022

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      2022年度日本魚類学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A key gene important for freshwater colonization and radiation2022

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      日本生態学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A key metabolic gene important for freshwater colonization and adaptation2021

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      ICZ Virtual Conference 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Genetic molecular mechanisms underlying life-history evolution in sticklebacks2021

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      NIBB-Academia Sinica International Webinar of Aquatic Model Organisms for Basic Biology to Human Disease Models
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヒトと魚をつなぐ脂肪酸代謝の進化機構2021

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第75回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トゲウオから探る季節性生活史の収斂進化の分子遺伝基盤2021

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トゲウオから探る生活史の収斂進化の分子遺伝機構2021

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第66回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トゲウオから探る生活史の収斂進化の鍵遺伝子2020

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第52回種生物学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular genetic mechanisms underlying convergent evolution of life-history traits in sticklebacks2020

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa A
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生活史の適応進化を生む分子遺伝機構 ー変異/遺伝子、生理、適応度を繋ぐー2020

    • 著者名/発表者名
      石川 麻乃
    • 学会等名
      第67回日本生態学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2019-10-10   更新日: 2024-01-30  

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