• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

線虫の網羅的な温度感受性変異株ライブラリーによる生命システムの理解

研究課題

研究課題/領域番号 20016014
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

中村 邦明  大阪大学, 微生物病研究所, 特任研究員 (70311305)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
8,200千円 (直接経費: 8,200千円)
2009年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
2008年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
キーワード線虫 / 変異株 / データベース / ゲノム / 胚発生 / 生命システム
研究概要

多細胞生物体が構築されるためには受精卵がプログラム通りの細胞分裂、細胞分化、形態形成等を行なう必要があるが、プログラムを構成する遺伝子ネットワークは複雑なため、単純な遺伝子破壊法による解析だけでは発生プログラムの理解はむずかしい。温度感受性変異株は、多細胞体の構築という複雑な生命現象における遺伝子ネットワークの解明に取り組む良い方法論となる。そこで本研究は、線虫の温度感受性胚発生変異株を網羅的に取得し、この温度感受性変異株ライブラリーのデータペースを構築し、有用な研究基盤を創出することを目標としている。
本研究はこれまでに変異株のデータペース:WorTS (Worm TS mutant database)を構築し、公開している。しかし、変異株の原因遺伝子を同定する遺伝子クローニングに数ヶ月を要するため、この遺伝子クローニング過程が網羅的な変異株ライブラリーのアーカイブ化の律速段階となっている。そこで、当研究課題では次世代シーケンサーを用いて変異株の遺伝子変異をゲノムレベルで直接的に同定するという方法で、ハイスループットの遺伝子クローニング法の開発に取り組んだ。
初めに予備実験として、線虫の標準株(N2)の亜種であるCB4856株(Hw)ゲノムの合計約2MBの領域を20kBのフラグメント100本に分けてPCR増幅し、次世代シーケンサーSolexaで解析した。N2株ゲノムの参照配列とSolexaで得られたHw株のゲノム情報をMapVeiw上で比較することで、このシステムで検出できたSNPを抽出した。その結果、Solexaで充分に一塩基置換の変異を解析可能であることが分かった。
これらの結果から、当研究課題で取り組んだ次世代シーケンサーを用いたハイスループット遺伝子クローニング法は、網羅的な温度感受性変異株のデータペース化のための有効な方法論となることが示唆された。

報告書

(2件)
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2009 その他

すべて 学会発表 (2件) 備考 (2件)

  • [学会発表] The analysis of cell-polarizing mechanism in early C.elegans embryos2009

    • 著者名/発表者名
      中村邦明
    • 学会等名
      日本細胞生物学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-06-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] The analysis of cell-polarizing mechanism in early C.elegans embryo2009

    • 著者名/発表者名
      中村邦明
    • 学会等名
      日本細胞生物学会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2009-06-30
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考] 温度感受性変異株のデータベース(WorTS : Worm TS mutant Database)

    • URL

      http://worts.biken.osaka-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] 温度感受性変異株のデータベース(WorTS : Worm TS mutant Detabase)

    • URL

      http://cell-biology.biken.osaka-u.ac.jp/MekadaLabHP/Home.html

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

URL: 

公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi