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全長cDNAライブラリを用いたアピコンプレクサ原虫の比較ゲノム解析

研究課題

研究課題/領域番号 20017012
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

渡邊 純一  東大, 医科学研究所, 助教 (20201189)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
7,800千円 (直接経費: 7,800千円)
2009年度: 3,900千円 (直接経費: 3,900千円)
2008年度: 3,900千円 (直接経費: 3,900千円)
キーワードマラリア / アピコンプレクサ / 全長cDNA / データベース / 比較ゲノム
研究概要

1) 6種のアピコンプレクサ原虫(plasmodium falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、toxoplasma gondii、Cryptosporidium parvum)の全長cDNAライブラリのクローン14,818個(10,501領域)についてソレクサでショットガンシークエンスを行ない、ゲノム参照によるアセンブルの結果、3,959クローン(3,320領域)で全長を決定、6,651クローン(5.222領域)で100アミノ酸以上のORFを同定した。
2) ハマダラカ(Anopheles stephensi)の幼虫と成虫から全長cDNAライブラリを作製し、幼虫ライブラリについてABI3730で両端の塩基配列を決定した。
3) ツエツエハエ(Glossina morsitaqns morsitans)の幼虫と踊からoligo-cap法で作製した全長cDNAライブラリについてソレクサでショットガンシークエンスを行ないab initioのアセンブルを行った。
4) 東京大学の鈴木穣らが開発したoligo-cap法とソレクサを用いて発現遺伝子の5'端を超大量解読する方法を利用してトキソプラズマ原虫の発現解析を行った。
5) 以上の成果をデータベース化し公開した(論文1.データベース1.)。
6) 熱帯熱マラリア原虫の転写開始点をゲノムの物理化学的性質から予測するプログラムMAPP(Malaria promoter predictor : )を開発し、公開した(http://www.mapppredictor.info/cgi-bin/lndex.cgi)(論文3.)。
7) トキソプラズマ原虫の原虫による宿主細胞(非寄生細胞)のアポトーシスに関与すると考えられる遺伝子の局在と機能解析を行った。

報告書

(1件)
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Full-Malaria/Parasites and Full-Arthropods : Databases of Full-length cDNAs of Parasites and Arthropods, update 20092009

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Wakaguri, Yutaka Suzuki, T oshiaki Katayama, Shuichi Kawashima Eri Kibukawa, Kazushi Hiranuka, M asahide Sasaki, Sumio Sugano, Junichi Watanabe
    • 雑誌名

      Nucleic. Acids. Res 37

      ページ: 520-525

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Programmed Cell Death 5 from Toxoplasma gondii : A secreted molecule that exeris a pro-apoptotic effect on host cells2008

    • 著者名/発表者名
      Bannai H, Nishikawa Y, Matsuo T, Kawase O, Watanabe J, Sugimoto C, Xuan X
    • 雑誌名

      Mol. Biochem. Parasitol 159

      ページ: 112-120

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Core promoters are predicted by their distinct physicochemical properties in the genome of Plasmodium falciparum2008

    • 著者名/発表者名
      Brick K, Watanabe J, Pizzi E
    • 雑誌名

      Genome Biology 9

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [備考]

    • URL

      http://fullmal.hgc.it/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

URL: 

公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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