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比較ゲノム解析に基づくヒトMHC領域の進化形成過程の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20017023
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東海大学

研究代表者

椎名 隆  東海大学, 医学部, 講師 (00317744)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
8,800千円 (直接経費: 8,800千円)
2009年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
2008年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
キーワードMHC / 比較ゲノム解析 / 進化 / シークエンシング / ゲノム多様性
研究概要

本研究課題では上記の研究背景をさらに発展させると同時にこれまでおこなってきたMHC領域における比較ゲノム解析を完結させることを目的として、(1)ヒトと比較的近縁である霊長類サル(マーモセット)ならびに海棲ほ乳類(オキゴンドウ)のMHC領域のゲノム配列を決定し、(2)得られたゲノム配列とヒト、アカゲザル、ラットなどの既知のゲノム配列情報を含めて、比較ゲノム解析に必要な情報を抽出した。その結果より、ほ乳類祖先MHC領域の推定ならびにその祖先領域から現在のヒトのMHC領域に至るまでの進化形成の過程、MHC領域のゲノム進化と疾患感受性遺伝子生成との関連性や生活環境がゲノム構造に及ぼす影響を明確にした。また比較ゲノム解析の先には、ゲノム多様性解析が必要であると考えられることから、ヒトMHC領域3.8MbにおけるHLA領域ゲノム配列決定法の開発を進めた。具体的には、MOG遺伝子~KIFC1遺伝子の約3.8Mbを網羅する403カ所のプライマーセットをヨーロッパ人に頻度の高いゲノム配列に基づいて設定した。日本人に頻度の高いヒトMHCホモ接合DNAを用いたPCR増幅の結果、403カ所のうち400カ所のプライマーセットに明瞭なPCR産物が確認され、ヒトMHC領域の約99.2%を存網羅することに成功した。したがって、本PCR増幅システムと次世代シーケンサーの組み合わせは、各生物種におけるゲノム多様性解析に有効なゲノム配列決定法であると考えられた。

報告書

(2件)
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2010 2009 2008

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 12件) 学会発表 (21件)

  • [雑誌論文] Study of Cynomolgus monkey (Macaca fascicularis) DRA polymorphism in four populations2010

    • 著者名/発表者名
      Aarnink A, et al
    • 雑誌名

      Immunogenetics 62

      ページ: 123-136

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The HLA genomic loci map : expression,interaction, diversity and disease2009

    • 著者名/発表者名
      Kulski JK, et al
    • 雑誌名

      Immunogenetics 61

      ページ: 257-270

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MHC class I A loci polymorphism and diversity in three Southeast Asian populations of cynomolgus macaque.2009

    • 著者名/発表者名
      Kita YF, et al
    • 雑誌名

      Immunogenetics 61

      ページ: 635-648

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel system of diverse NK cell receptors in primates2009

    • 著者名/発表者名
      Averdam A, et al
    • 雑誌名

      Plos Genetics 10

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] BG1 has a major role in MHC-linked resistance to malignant lymphoma in the chicken2009

    • 著者名/発表者名
      Goto RM, et al
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 106

      ページ: 16740-16745

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The HLA genomic loci map: expression, interaction, diversity and disease2009

    • 著者名/発表者名
      Shiina T
    • 雑誌名

      J Hum Genet 54

      ページ: 15-39

    • NAID

      10030728683

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HLA-A allele associations with viral MER9-LTR nucleotide sequences at two distinct loci within the MHC alpha block2009

    • 著者名/発表者名
      Kulski JK
    • 雑誌名

      Immunogenetics (In press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] バンドウイルカMHC遺伝子の多型解析と他鯨類への応用2008

    • 著者名/発表者名
      北夕紀
    • 雑誌名

      月間海洋 40

      ページ: 613-617

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of heat shock protein 70 genes HSPA2, HSPA5 and HSPA8 from the Japanese quail, Coturnix japonica2008

    • 著者名/発表者名
      Iwamoto S
    • 雑誌名

      Animal Sci. J 79

      ページ: 171-181

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The amphioxus genome illuminates vertebrate origins and cephalochordate biology2008

    • 著者名/発表者名
      Holland LZ
    • 雑誌名

      Genome Res 18

      ページ: 1100-1111

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Contribution of mutation, recombination, and gene conversion to chicken MHC-B haplotype diversity2008

    • 著者名/発表者名
      Hosomichi K
    • 雑誌名

      J. Immunol 181

      ページ: 3393-3399

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human Endogenous Retrovirus (HERVK9) Structural Polymorr hism with Haplotypic HLA-A Allelic Associations2008

    • 著者名/発表者名
      Kulski JK
    • 雑誌名

      Genetics 180

      ページ: 445-457

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ニホンウズラTRIM領域の塩基配列の決定2010

    • 著者名/発表者名
      鈴木進悟, ら
    • 学会等名
      日本畜産学会第112回大会
    • 発表場所
      明治大学リバティタワー
    • 年月日
      2010-03-29
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Comparative genome analysis of the major histocompatibility complex regions elucidated by genomic sequencing of the false killer whale2009

    • 著者名/発表者名
      Shiina T
    • 学会等名
      International Symposium Marine Genomics
    • 発表場所
      サザンプラザ海邦
    • 年月日
      2009-12-17
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Haplotype analysis that added new genetic polymorphic marker of the Japanese Quail Mhc region2009

    • 著者名/発表者名
      Suzuki S, et al
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-12
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Development of new genetic markers for rheumatism model cynomolgus macaques (Macaca fascicularis)2009

    • 著者名/発表者名
      Kohara S, et al
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-12
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Polymorphism analysis of major histocompatibiiity complex (MHC) region using captive bottlenose dolphin (Tursiops truncatus)2009

    • 著者名/発表者名
      Kita Y, et al
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-12
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Development of personal genome analysis method on the entire HLA region2009

    • 著者名/発表者名
      Hosomichi K, et al
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-09
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] SNP association study of Behcet' s disease to unravel the genetic sus-ceptibility and pathoetiology.2009

    • 著者名/発表者名
      R.Kurata, et al
    • 学会等名
      The American Society of Human Genetics 59th Annual Meeting
    • 発表場所
      Hawaii Convention Center, Honolulu.
    • 年月日
      2009-10-22
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ニホンウズラMHCクラスI領域に座位するTAP1遺伝子の多様性解析2009

    • 著者名/発表者名
      池田正規, ら
    • 学会等名
      日本畜産学会第111回大会
    • 発表場所
      琉球大学千原キャンパス
    • 年月日
      2009-09-28
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] カニクイザル3集団におけるMHCクラスI遺伝子(Mafa-A)の多型性の比較2009

    • 著者名/発表者名
      北夕紀, ら
    • 学会等名
      第18回日本組織適合性学会大会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2009-09-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] HLA領域のパーソナルゲノム解析法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      細道一善, ら
    • 学会等名
      第18回日本組織適合性学会大会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2009-09-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] HLA領域のパーソナルゲノム解析法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      細道一善, ら
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • 発表場所
      グランドプリンスホテル高輪
    • 年月日
      2009-09-25
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ベーチェット病感受性領域のSNP関連解析から病態解明2009

    • 著者名/発表者名
      倉田里穂, ら
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • 発表場所
      グランドプリンスホテル高輪
    • 年月日
      2009-09-25
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] オキゴンドウMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析2009

    • 著者名/発表者名
      椎名隆, ら
    • 学会等名
      第11回日本進化学会大会
    • 発表場所
      北海道大学高等教育機能開発総合センター
    • 年月日
      2009-09-03
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ラブカ(Chlamydoselachus anguineus)ミトコンドリアDNA全長の塩基配列決定による他種との系統解析2009

    • 著者名/発表者名
      田中景子, ら
    • 学会等名
      第11回日本進化学会大会
    • 発表場所
      北海道大学高等教育機能開発総合センター
    • 年月日
      2009-09-03
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] クジラMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析2009

    • 著者名/発表者名
      椎名隆, ら
    • 学会等名
      第147回日本獣医学会
    • 発表場所
      栃木県総合分化センター
    • 年月日
      2009-04-03
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 烏類細胞を用いた環境汚染物質の比較免疫学的研究2008

    • 著者名/発表者名
      井関直政
    • 学会等名
      BMB2008第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] ほ乳類の主要組織適合遺伝子複合体(MHC)領域における比較ゲノム解析2008

    • 著者名/発表者名
      椎名隆
    • 学会等名
      BMB2008第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-09
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] オキゴンドウMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析2008

    • 著者名/発表者名
      渡辺舞
    • 学会等名
      BMB2008第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-09
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] カニクイザル3集団における主要組織適合遺伝子複合体クラス1遺伝子(Mafa-A)の多型解析とHLA-Aとの比較2008

    • 著者名/発表者名
      北夕紀
    • 学会等名
      BMB2008第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-09
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] ニワトリMHC領域におけるゲノム多様性2008

    • 著者名/発表者名
      細道一善
    • 学会等名
      BMB2008第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-09
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Comparative genome analysis of the MHC regions in prima to species2008

    • 著者名/発表者名
      T. Shiina
    • 学会等名
      22nd European Immunogenetics and Histo compatibility Conference
    • 発表場所
      トゥールーズ(フランス)
    • 年月日
      2008-04-04
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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