気管支喘息の全ゲノム関連解析:基盤構築と情報公開

• 研究課題/領域番号: 20018002
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 野口 恵美子 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 准教授 (40344882)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 8,600千円 (直接経費: 8,600千円); 2009年度: 4,300千円 (直接経費: 4,300千円); 2008年度: 4,300千円 (直接経費: 4,300千円)
• キーワード: アレルギー・喘息 / ゲノム / 遺伝学

研究概要

小児アトピー性喘息患者942名vs成人コントロール2370名の55万SNPの全ゲノム関連解析を行った。55万SNPのうち、常染色体に存在し、かつminor allele frequencyが0.01以上のSNPは453,047個であった。さらに、コントロールにおけるHardy Weinberg平衡がP<0.0001である1,170SNPを除外し、最終的な解析データとした。一次解析におけるGenomic Inflation factorは1.053であった。アレル頻度の比較では、6番染色体短腕のHLA領域で強い関連が認められた(P=7.7×10-9)。そのほかにも2番染色領域、12番染色体領域にP<1×10-7が存在した。HLA領域のSNPと小児アトピー性喘息との関連については独立した症例対照サンプルおよび家系サンプルにおいても追認されている(P<0.05)
さらに健康成人76名を対象としてHuman 610Quadを使用してタイピングを行い、別の研究成果として得られているCD4陽性T細胞およびCD14陽性モノサイトの網羅的遺伝子発現データ(イルミナHuman Ref8)と遺伝子型データを統合したデータベースの構築を情報支援班の支援を受けて作成しており、今後公開予定としている。

研究成果

• [雑誌論文] S2554X mutation in the filaggrin gene is associated with allergen sensitization in the Japanese population (2010)
  • 著者名/発表者名: Imoto Y, Enomoto H, Fujieda S, Okamoto M, Sakashita M, Susuki D, Okada M, Hirota T, Tamari M, Ebe K, Arinami T, Noguchi E
  • 雑誌名: J Allergy Clin Immunol 125 ページ: 500-500
  • 査読あり
• [雑誌論文] Contiguous Xp11.4 gene deletion leading to ornithine transcarbamylase deficiency detected by high-density single-nucleotide array (2010)
  • 著者名/発表者名: Ono M, Tsuda J, Mouri Y, Arai J, Arinami T, Noguchi E
  • 雑誌名: Clin Pediatr Endcrinol (In press, 印刷中)
  • NAID: 10031199606
  • 査読あり
• [雑誌論文] SMAD3 as an atopic dermatitis susceptibility gene in the Japanese population (2009)
  • 著者名/発表者名: Otsuka K, Takeshita S, Enomoto H, Takahashi T, Hirota T, Tamari M, Ebe K, Otsuka F, Shibasaki M, Arinami T, Noguchi E
  • 雑誌名: J Dermatol Sci 55 ページ: 200-2
  • NAID: 10029371898
  • 査読あり
• [雑誌論文] Associations between decay-accelerating factor polymorphisms and allergic respiratory diseases (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawai T, Takeshita S, Imoto Y, Matsumoto Y, Sakashita M, Suzuki D, Shibasaki M, Tamari M, Hirota T, Arinami T, Fujieda S, Noguchi E
  • 雑誌名: Clin Exp Allergy 39 ページ: 1508-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large scale genotyping study for asthma in the Japanese population (2009)
  • 著者名/発表者名: Imada Y, Fujimoto M, Hirata K, Hirota T, Suzuki Y, Saito H, Matsumoto K, Akazawa A, Katsunuma T, Yoshihara S, Ebisawa M, Shibasaki M, Arinami T, Tamari M, Noguchi E
  • 雑誌名: BMC Res Notes 2 ページ: 54-54
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression profiling of genes related to asthma exacerbations (2009)
  • 著者名/発表者名: Aoki T, Matsumoto Y, Hirata K, Ochiai K, Okada M, Ichikawa K, Shibasaki M, Arinami T, Sumazaki R, Noguchi E
  • 雑誌名: Clin Exp Allergy 39 ページ: 213-21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional analysis of the thymic stromal lymphopoietin variants in human bronchial epithelial cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Harada M, Hirota T, Jodo AI, Doi S, Kameda M, Fujita K, Miyatake A, Enomoto T, Noguchi E, Yoshihara S, Ebisawa M, Saito H, Matsumoto K, Nakamura Y, Ziegler SF, Tamari M
  • 雑誌名: Am J Respir Cell Mol Biol 40 ページ: 368-374
  • 査読あり
• [雑誌論文] Filaggrin null mutations are associated with atopic dermatitis and elevated levels of IgE in the Japanese population, family and case-control study (2008)
  • 著者名/発表者名: Enomoto H, Hirata K, Otsuka K, Kawai T, Takahashi T, Hirota T, Suzuki Y, Tamari M, Otsuka F, Fujieda S, Arinami T, Noguchi E
  • 雑誌名: J Hum Genet 57 ページ: 615-621
  • NAID: 10021249695
  • 査読あり
• [雑誌論文] Immunological profile in a family with nephrogenic diabetes insipidus with a novel 11 kb deletion in AVPR2 and ARHGAP4 genes (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujimoto M, Imai K, Hirata K, Kashiwagi R, Morinishi Y, Kitazawa K, Sasaki S, Arina mi T, Nonoyama S, Noguchi E
  • 雑誌名: BMC Med Genet 9 ページ: 42-42
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic polymorphism regulating ORM1-like 3 (Saccharomyces cerevisiae) expression is associated with childhood atopic asthma in a Japanese population (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirota T, Harada M, Sakashito M, Doi S, Miyatake A, Fujita K, Enomoto T, Ebisawa M, Yoshihara S, Noguchi E, Saito H, Nakamura Y, Tamari M
  • 雑誌名: J Allergy Clin Immunol 121 ページ: 769-770
  • 査読あり
• [雑誌論文] Supportive evidence for reduced expression of GNB1L inschizophrenia (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishiguro H, Koga M, Horiuchi Y, Noguchi E, Morikawa M, Suzuki Y, Arai M, Niizato K, Iritani S, Itokawa M, Inada T, Iwata N, Ozaki N, Ujike H, Kunugi H, Sasaki T, Takahashi M, Watanabe Y, Someya T, Kakita A, Takahashi H, Nawa H, Arinami T
  • 雑誌名: Schizophr Bull
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical and genetic analysis of Fabry disease : Report of six cases including three heterozygous females (2008)
  • 著者名/発表者名: Nagasaki A, Nishie W, Sato K, Oba I, Noguchi E, Akitsu H, Sawamura D, Shimizu H
  • 雑誌名: J Dermatol Sci 52 ページ: 61-64
  • NAID: 10024457353
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alpha-1-antitrypsin and complement component C7 are involved in asthma exacerbation (2008)
  • 著者名/発表者名: Nishioka T, Uchida K, Meno K, Ishii T, Aoki T, Imada Y, Makino Y, Hirata K, Matsumoto Y, Arinami T, Noguchi E
  • 雑誌名: Proteomics Clin Appl 2 ページ: 46-54
  • 査読あり
• [学会発表] Genetic approach to identify susceptibility genes for allergic diseases (2009)
  • 著者名/発表者名: 野口恵美子
  • 学会等名: World Allergy Congress
  • 発表場所: アルゼンチン、ブエノスアイレス
  • 年月日: 2009-12-08
• [学会発表] 遺伝子とアレルギー疾患の性差 (2009)
  • 著者名/発表者名: 野口恵美子
  • 学会等名: 第46回日本小児アレルギー学会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2009-12-05
• [学会発表] 網羅的遺伝子発現解析による花粉症発症関連遺伝子の同定と機能解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 松元佑莉, 意元義政, 有波忠雄, 野口恵美子, 藤枝重治
  • 学会等名: 第59回日本アレルギー学会秋季学術大会
  • 発表場所: 秋田
  • 年月日: 2009-10-31
• [学会発表] スギ花粉症未発症者における末梢血白血球分画の動向 (2009)
  • 著者名/発表者名: 意元義政, 野口恵美子, 有波忠雄, 坂下雅文, 広田朝光, 玉利真由美, 藤枝重治
  • 学会等名: 第59回日本アレルギー学会秋季学術大会
  • 発表場所: 秋田
  • 年月日: 2009-10-31
• [学会発表] 網羅的遺伝子発現解析による喘息発作関連遺伝子の同定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 青木健, 市川邦男, 松元佑莉, 落合香保里, 有波忠雄, 柴崎正修, 野口恵美子, 藤枝重治
  • 学会等名: 第45回日本小児アレルギー学会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2008-12-13
• [学会発表] スギ花粉症の網羅的遺伝子発現解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 松元佑莉, 意元義政, 有波忠雄, 野口恵美子, 藤枝重治
  • 学会等名: 第58回日本アレルギー学会秋季学術大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-28
• [学会発表] ワークショップ5アレルギー疾患のゲノム解析の最近の話題 (2008)
  • 著者名/発表者名: 野口恵美子
  • 学会等名: 第58回日本アレルギー学会秋季学術大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-28
• [学会発表] 全ゲノム連鎖解析によるアトピー性皮膚炎疾患感受性遺伝子の機能解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 大塚健太, 榎本久子, 広田朝光, 玉利真由美, 有波忠雄, 野口恵美子
  • 学会等名: 第58回日本アレルギー学会秋季学術大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-28
• [学会発表] ミニシンポジウム基調講演遺伝子 (2008)
  • 著者名/発表者名: 野口恵美子
  • 学会等名: 第58回日本アレルギー学会秋季学術大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-28