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光生物学における分子理論の展開:励起状態理論の開発を基盤として

研究課題

研究課題/領域番号 20038026
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関京都大学

研究代表者

長谷川 淳也  京都大学, 工学研究科, 講師 (30322168)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
3,200千円 (直接経費: 3,200千円)
2009年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
2008年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
キーワードヒト錐体視物質 / 蛍ルシフェリン / SAC-CI / QM / MM / 光生物学 / 励起状態 / 光機能性蛋白質 / MM法 / SAC-CI法 / 生体分子 / 光化学 / 光合成反応中心 / レチナールたんぱく質 / 蛍ルシフェラーゼ
研究概要

光生物学の研究対象は、光合成や色覚などの基礎科学的解明から、分子イメージングなどの蛋白質工学に至る広い学問領域において重要になっている。光機能性蛋白質の励起状態の電子構造や色素-蛋白質相互作用は機能発現と密接に関わっており、理論・計算化学の手法を用いて研究することで、物理化学的メカニズムの詳細を明らかにすることができる。我々は高い精度で励起状態を計算できるSAC-CI法と蛋白質を計算できる実際的計算手法であるQM/MM法を結びつけることで、蛋白質中の機能性色素の励起状態について研究を行っている。当該年度に実施した研究の成果は以下の通りである。
(1) ヒト色覚に関与する赤・緑・青色光受容体におけるカラー・チューニング機構について、これまでの研究成果を発展させ、カラー・チューニング機構の鍵となるアミノ酸にミューテーション計算を行った。その結果、既報の実験結果を再現することに成功し、提案したメカニズムを確認できた。
(2) ホタル・ルシフェリンの発光色制御に関して、これまでの研究で明らかになった発光色の制御メカニズムを基に、赤色発光の可能性のあるミューテーションを提案した。
(3) 擬縮退電子系を計算するための単参照理論の開発を行った。幾つかの小分子の結合解離についてのベンチマーク計算の結果、厳密解を良好に再現できた。また、複数のQM領域を用いることが可能なQM/MM法を提案した。

報告書

(2件)
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2010 2009 2008

すべて 雑誌論文 (19件) (うち査読あり 16件) 学会発表 (9件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Theoretical Investigation on the Origin of the CD Signal Reveral for the Closed-ring Isomer of Diarylethene with Peripherical π-Conjugated Substituents2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hirose, J.Hasegawa, K.Matsuda
    • 雑誌名

      Chem.Lett. 39

      ページ: 517-517

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excited States of Fluorescent Proteins, mKO and DsRed : Chromphore-protein Electrostatic Interaction Behind the Color Variations2010

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa, J., Ise, T., Fujimoto, K., Kikuchi, A., Fukumura, E., Miyawaki, A., Shiro, Y.
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.B 114

      ページ: 2971-2979

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Generalizing the bra state in the symmetry-adapted cluster singles and doubles method and the second-order perturbation correction2010

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa, J., Obata, A., Matsuda, K.
    • 雑誌名

      Chem.phys.Letters 486

      ページ: 84-88

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Circular Dichrosim and Absorption Spectroscopy for Three-membered Ring Compounds Using Symmetry-adapted Cluster-Configuration Interaction (SAC-CI) Method2009

    • 著者名/発表者名
      Miyahara, T., Hasegawa, J., Nakatsuji, H.
    • 雑誌名

      Bull.Chem.Soc.Jpn. 82

      ページ: 1215-1226

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Color tuning mechanism in human red, green, and blue cone visual pigments : SAC-CI theoretical study2009

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto, K., Hasegawa, J., nakatsuji, H.
    • 雑誌名

      Bull.Chem.Soc.Jpn 82

      ページ: 1140-1148

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Charge-polarized coordination space for H_2 adsorption2009

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa, J., Higuchi, M., Hijikata, Y., Kitagawa, S.
    • 雑誌名

      Chem.Mater. 21

      ページ: 1829-1833

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Artificial Color Tuning of Firefly Luminescence : Theoretical Mutation by Tuning Electrostatic Interactions between Protein and Luciferin2009

    • 著者名/発表者名
      Nakatani, N., Hasegawa, J., Nakatsuji, H.
    • 雑誌名

      Chem.phys.Letters 469

      ページ: 191-194

    • NAID

      120001851021

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A multi-core QM/MM approach for the geometry optimization of chromo phore aggregate in proteins2009

    • 著者名/発表者名
      Kiyota, Y., Hasegawa, J., Fujimoto, K., Swerts, B., Nakatsuji, H
    • 雑誌名

      J.Comp.Chem. 30

      ページ: 1351-1359

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocyclization of 2,4,6-Triethylbenzophenones in the Solid State2009

    • 著者名/発表者名
      Ito, Y., Takahashi, H., Hasegawa, J., Turro, N.J.
    • 雑誌名

      Tetrahedron 65

      ページ: 677-689

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Charge-polarized coordination space for H2 adsorption2009

    • 著者名/発表者名
      J. Hasegawa, M. Higuchi, Y. Hijikata, and S. Kitagawa
    • 雑誌名

      Chem. Mater

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Artificial Color Tuning of Firefly Luminescence : Theoretical Mutation by Tuning Electrostatic2009

    • 著者名/発表者名
      N. Nakatani, J. Hasegawa, and H. Nakatsuji
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Letters 469

      ページ: 191-194

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocyclization of 2, 4, 6-Triethylbenzophenones in the Solid State2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, H. Takahashi, J. Hasegawa, and .N . J. Turro
    • 雑誌名

      Tetrahedron 65

      ページ: 677-689

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A multi-core QM/MM approach for the geometry optimization of chromophore aggregate in protein2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Kiyota, J. Hasegawa, K. Fujimotn. B. Swerts. and H.
    • 雑誌名

      J Comp. Chem

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子間相互作用の解析と分子設計への展望2009

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 雑誌名

      配位空間の化学-最新技術と応用-

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [雑誌論文] Exploring Photo-Biology and Bio-Spectroscopy with the SAC-CI (Symmetry-Adapted Cluster-Configuration2009

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也、中辻博
    • 雑誌名

      Radiation Induced Molecular Phenomena in Nucleic Acid : A Comprehensive Theoretical and

      ページ: 93-123

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spectral Tuning Mechanism in Photofunctional Proteins : A SAC-CI Theoretical Study2008

    • 著者名/発表者名
      J. Hasegawa, K. Fujimoto, N. Nakatani, H. NakatsUki
    • 雑誌名

      Frontiers of Computational Science 2008 1

      ページ: 1-8

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Origin of color tuning in human red, green, and blue cone visual pigments : SAC-CI and QM/MM study2008

    • 著者名/発表者名
      K. Fujimoto, J. Hasegawa, and H. Nakatsuji
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Letters 462

      ページ: 318-320

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 紅色細菌光合成反応中心における励起状態と電子移動の量子化学2008

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 雑誌名

      光合成研究 18

      ページ: 53-59

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [雑誌論文] 光合成・視覚・生物発光の初期過程 : SAC-CI法による研究2008

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也、中辻博
    • 雑誌名

      固体物理 43

      ページ: 147-155

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Quantum Chemistry in the Primary Events of Photobiological Systems2010

    • 著者名/発表者名
      J.Hasegawa
    • 学会等名
      Pure and Applied Chemistry International Conference (PACCON2010)
    • 発表場所
      Ubonrathatani, Thailand
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 光機能性蛋白質にみられるカラーチューニングの起源に関する物理と化学と生物学2009

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 学会等名
      第1回生物物質科学フォーラム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-03-17
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Excited States of photofunctional molecules in protein : Electronic structure and interaction2009

    • 著者名/発表者名
      J.Hasegawa
    • 学会等名
      45th Symposium on Theoretical Chemistry, Excited States : From Photophysics to Photobiology
    • 発表場所
      Neuss am Rhein, Germany
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Excited states of photofunctional molecules in protein environments2009

    • 著者名/発表者名
      J.Hasegawa
    • 学会等名
      CREST International Symposium on Theory and Simulations of Complex Molecular Systems
    • 発表場所
      Kyoto University
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 単参照クラスター展開法を起点とする擬縮退電子系の計算手法2009

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也、小畑暁広、松田建児
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ヒト網膜の光受容体におけるスペクトル・チューニング2008

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 学会等名
      量子化学研究会シンポジウム「革新的量子化学の展開」
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都
    • 年月日
      2008-05-31
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Spectral Tuning Mechanism in Photofunctional Proteins : A SAC-CI Theoretical Study2008

    • 著者名/発表者名
      J. Hasegawa
    • 学会等名
      International Symposium on Frontiers of Computatinal Science 2008
    • 発表場所
      北陸先端大東京サテライトキャンパス
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 光生物学における分子理論の展開 : 励起状態理論の開発を基盤とし2008

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 学会等名
      特定領域研究「実在系の分子理論」平成20年度成果報告会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 光機能性蛋白質にみられるカラーチューニング機構に関する理論的研究2008

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 学会等名
      〓研シンポジウム「分子アンサンブル2008」
    • 発表場所
      理化学研究所
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] "水素吸蔵体:分子間相互作用の解析と分子設計への展望",配位空間の化学-最新技術と応用-;2009

    • 著者名/発表者名
      長谷川淳也
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

URL: 

公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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