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メチル基転移領域を有する新規核小体蛋白質とその複合体の構造基盤の確立

研究課題

研究課題/領域番号 20052023
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関横浜市立大学

研究代表者

清水 敏之  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (30273858)

研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
6,200千円 (直接経費: 6,200千円)
2009年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2008年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
キーワードNucleomethylin / 核小体 / eNoSC / ヒストン / 天然変性 / rRNA / methyltransferase / X線結晶構造解析
研究概要

Nucleomethylin(NML)は、ヒト培養細胞より単離・同定した核小体に強く局在する新規蛋白質である。NMLは核内でNAD依存性脱アセチル化酵素SIRT1やヒストンメチル化酵素SUV39H1などと複合体(eNoSC ; energy-dependent Nucleolar Silencing Complexと命名)を形成しており、カロリー制限条件下でrRNAの転写を制御していることが示されている。NMLは分子量51KDaの蛋白質でN末端側ドメインとC末端側ドメインからなる。N末端側領域はヒストンH3のジメチル化されたLys9を特異的に認識することがわかっている。そこでH3-dimethyl K9を含むペプチドとNMLのN末端側領域の結合定数を求めるため表面プラズモン解析を行った。その結果Kdが~0.1microMと見積もられ、修飾ヒストンを認識する様々なドメインとほぼ同じような結合定数をもっていることがわかった。現在は、N末端領域のどこで結合するのか領域を決めているところである。N末端側領域は構造予測を行うと明瞭なドメインをもたない"天然変性"領域であることが予想される。天然変性領域の蛋白質がどのようにヒストンテールのような天然変性領域を認識するのか非常に興味深い。このため結合に関しSAXSおよびNMRでの解析も進めている。

報告書

(2件)
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of human REV7 in complex with a REV3 fragment.2009

    • 著者名/発表者名
      Hara, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crysatallogr. F65

      ページ: 1302-1305

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of the zinc-finger domain of zebrafish Nanos2009

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crysatallogr. F65

      ページ: 959-961

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for novel interactions between human translesion synthesis polymerases and PCNA2009

    • 著者名/発表者名
      Hishiki, et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem 284

      ページ: 10552-10560

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic Dynamics of Restriction Endonuclease EcoO109I Studied by Molecular Dynamics Simulations and X-Ray Scattering Data Analysis2009

    • 著者名/発表者名
      Oroguchi, et al.
    • 雑誌名

      Biophys.J 96

      ページ: 2808-2822

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epigenetic Control of rDNA Loci in Response to Intracellular Energy Status2008

    • 著者名/発表者名
      Murayama, et.al.
    • 雑誌名

      Cell 133

      ページ: 627-639

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The crystal structure of plant specific calcium binding protein AtCBL2 in comnlex with the regulatory domain of AtCIPK142008

    • 著者名/発表者名
      Akaboshi, et.al.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol 377

      ページ: 246-257

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallographic characterization of the N-terminal domain of a plant NADPH oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Oda, et.al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F64

      ページ: 819-821

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Initial crystallographic study of human PCNA in complex with a peptide containina the noncanonical PIP-box sequence of human DNA polymerase2008

    • 著者名/発表者名
      Hishiki, et.al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F64

      ページ: 954-956

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Structural Studies of Chromatin-related Proteins PAD4 and NML Recognizing Intrinsically Disordered Region2009

    • 著者名/発表者名
      Shimizu T
    • 学会等名
      Yokohama NMR workshop
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2009-11-12
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Structural study of rheumatoid arthritis related protein, PAD42008

    • 著者名/発表者名
      Shimizu
    • 学会等名
      International Forum co-sponsored by YCU & FDA
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2008-01-30
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal/index.html

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal/index.html

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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