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エピジェネティクス解析のための1分子ゲノムDNAメチル化検出デバイスの開発

研究課題

研究課題/領域番号 20241032
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 マイクロ・ナノデバイス
研究機関名古屋大学

研究代表者

馬場 嘉信  名古屋大学, 工学研究科, 教授 (30183916)

連携研究者 渡慶次 学  北海道大学, 工学研究院, 教授 (60311437)
加地 範匡  名古屋大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (90402479)
岡本 行広  名古屋大学, 革新ナノバイオデバイス研究センター, 特任講師 (50503918)
張 勇  名古屋大学, 工学研究科, 研究員 (40467329)
汪 俊  名古屋大学, 工学研究科, 研究員 (30543532)
安井 隆雄  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (00630584)
研究期間 (年度) 2008 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
48,490千円 (直接経費: 37,300千円、間接経費: 11,190千円)
2011年度: 10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
2010年度: 10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
2009年度: 11,570千円 (直接経費: 8,900千円、間接経費: 2,670千円)
2008年度: 15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
キーワードエピジェネティクス / マイクロ・ナノデバイス / DNA伸長 / 1分子計測 / 1分計測 / DNA伸張 / 一分子計測
研究概要

現状では達成不可能なPCR不要、超簡便、超高感度メチル化DNA検出方法の開発に成功した。具体的にはマイクロ・ナノデバイスにより単一DNA伸長方法を開発し、メチル化領域の高感度検出のために量子ドット-メチル化認識タンパク複合体の合成に成功した。これらを併用した手法の開発により現状では達成不可能な、PCR不要、簡便、超高感度かつ、メチル化部位の位置特定まで可能とする手法の開発に成功した。

報告書

(6件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (57件)

すべて 2012 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (19件) (うち査読あり 18件) 学会発表 (24件) 図書 (9件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] How environmental solution condistion determine the compaction velocity of single DNA moleules2012

    • 著者名/発表者名
      Ken Hirano, Masatoshi Ichikawa, Tomomi Ishido, Mitsuru Ishikawa, Yoshinobu Baba, Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 40 号: 1 ページ: 284-289

    • DOI

      10.1093/nar/gkr712

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] How environmental solution condistion decide the compaction velocity of single DNA moleules2012

    • 著者名/発表者名
      K.Hirano, et al
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 40 ページ: 284-289

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA separation in nanowall array chips2011

    • 著者名/発表者名
      Yasui, T., Kaji, N., Ogawa, R., Hashioka, S., Tokeshi, M., Horiike, Y., Baba, Y.
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 83 号: 17 ページ: 6635-40

    • DOI

      10.1021/ac201184t

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] EPIGENETIC ANALYSIS OF A SINGLE DNA MOLECULEBY MICROFLUIDIC DEVICE WITH QUANTUM DOT2011

    • 著者名/発表者名
      Sano, et al
    • 雑誌名

      Micro total analysis 2011

      巻: 1 ページ: 299-301

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA Separation in Nanowall Array Chips2011

    • 著者名/発表者名
      T.Yasui, et al
    • 雑誌名

      Analytical chemistry

      巻: 83 ページ: 6635-6640

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Real-time observation of DNA comformational transitions at a single-molecule level by microfluidic devices2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Suzuki, Noritada Kaji, Yukihiro Okamoto, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 雑誌名

      Micro TAS 2010

      ページ: 1880-1882

    • URL

      http://www.rsc.org/binaries/LOC/2010/PDFs/Papers/640_0167.pdf

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Size-selective growth and stabilization of small CdSe nanoparticles in aqueous solution2010

    • 著者名/発表者名
      Park, Yeon-Su ; Dmytruk, Andriy ; Dmitruk, Igor ; Kasuya, Atsuo ; Takeda, Motohiro ; Ohuchi, Noriaki ; Okamoto, Yukihiro ; Kaji, Noritada ; Tokeshi, Manabu ; Baba, Yoshinobu
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 4 号: 1 ページ: 121-128

    • DOI

      10.1021/nn901570m

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] REAL-TIME OBSERVATION OF DNA COMFORMATIONAL TRANSITIONS AT A SINGLE-MOLECULE LEVEL BY MICROFLUIDIC DEVICES2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Suzuki, Noritada Kaji Yukihiro Okamoto, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 雑誌名

      Micro Total Analysis System

      ページ: 1880-1882

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] REAL-TIME OBSERVATION OF DNA COMFORMATIONAL TRANSITIONS AT A SINGLE-MOLECULE LEVEL BY MICROFLUIDIC DEVICES2010

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, et al
    • 雑誌名

      Micro TAS 2010

      巻: 1 ページ: 1880-1882

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書 2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Online transient isotachophoresis concentration by the pesudo-terminating electrolyte for the separation of DNA-aptamer and its thrpmbin complex in poly (methyl methacrylate) microchip electrophoresis2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 雑誌名

      Analyst

      巻: 136 ページ: 1142-1147

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MICROFLUIDIC SENSOR FOR THE DETECTION OF DNA OR PROTEIN BY HYBRIDIZATION-BASED FLUORESCENCE ENHANCEMENT OR IMMUNOASSAY-BASED FLUORESCENCE QUENCHING2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 雑誌名

      Micro TAS 2010

      巻: 1 ページ: 1514-1516

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書 2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Online transient isotachophoresis concentration by the pesudo-terminating electrolyte for the separation of DNA-aptamer and its thrombin complex in poly (methyl methacrylate) microchip electrophoresis2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 雑誌名

      Analyst

      巻: 136 ページ: 1142-1147

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A single molecule analysis for the conformational transition of DNA using microfluidics2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Suzuki, Noritada Kaji, Yukihiro Okamoto, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 雑誌名

      Micro TAS 2009

      ページ: 827-829

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SINGLE MOLECULE ANALYSIS FOR THE CONFORMATIONAL TRANSITION OF DNA USING MICROFLUIDICS2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Suzuki, Noritada Kaji, Yukihiro Okamoto, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba,A
    • 雑誌名

      Micro Total Analysis System

      ページ: 827-829

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nuclease tolerant FRET probe based on DNA-quantum dot conjugation2008

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Onoshima, Noritada Kaji, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 雑誌名

      Anal Sci

      巻: 24 ページ: 181-183

    • NAID

      10021098180

    • URL

      https://www.jstage.jst.go.jp/article/analsci/24/2/24_2_181/_pdf

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] REAL-TIME MONITORING OF CONFORMATIONAL TRANSITION OF DNA AT A SINGLE MOLECULE LEVEL IN MICROFLUIDIC DEVICES2008

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Fujiyoshi, Noritada Kaji, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 雑誌名

      Micro Total Analysis System

      ページ: 441-443

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of conformational transition of DNA at a single molecule level in microfluidic devices2008

    • 著者名/発表者名
      Fujiyoshi, et al
    • 雑誌名

      Proceedings of μTAS 2008 1

      ページ: 441-443

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nanopillar chips arranged in tilted array pattern for fast separation of DNA and proteins2008

    • 著者名/発表者名
      Yasui, et al
    • 雑誌名

      Proceedings of μTAS 2008 1

      ページ: 432-434

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nuclease tolerant FRET probe based on DNA-quantum dot conjugation2008

    • 著者名/発表者名
      Onoshima, et al
    • 雑誌名

      Analytical Science 24

      ページ: 181-183

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Nanobiodevice for single biomolecular and cellular analysis for cancer diagnosis and in vivo imaging for stem cell therapy2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Baba
    • 学会等名
      37th International Symposium on High-Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques(HPLC 2011 Dalian)
    • 発表場所
      Dalian, China
    • 年月日
      2011-10-08
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for single biomolecular and cellular analysis for cancer diagnosis and in vivo imaging for stem cell therapy2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      37th International Symposium on High-Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques (HPLC 2011 Dalian)
    • 発表場所
      Dalian, China(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for single biomolecular and cellular analysis for cancer diagnosis and in vivo imaging for stem cell therapy2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Baba
    • 学会等名
      2011 Gordon Research Conference on the Physics and Chemistry of Microfluidics
    • 発表場所
      Waterville Valley, USA
    • 年月日
      2011-06-28
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for single biomolecular and cellular analysis for cancer diagnosis and in vivo imaging for stem cell therapy2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      2011 Gordon Research Conference on the Physics and Chemistry of Microfluidics
    • 発表場所
      Waterville VaUey, USA(招待講演)
    • 年月日
      2011-06-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] High Efficient Extraction of DNA in blood plasma using microfluidic device2011

    • 著者名/発表者名
      Sano, et al
    • 学会等名
      ICAS 2011
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center(Kyoto)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Label-free detection of DNA binding proteins based on microfluidic solid state molecular beacon sensor2011

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 学会等名
      International symposium ; Advanced science and technology for single molecular analysis of DNA and related molecules
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Label-free detection of DNA binding proteins based on microfluidic solid state molecular beacon sensor2011

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 学会等名
      International symposium ; Advanced science and technology for single molecular analysis of DNA and related molecules
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Microfluidic sensor for the detection of DNA or protein by hybridization-based fluorescence enhancement or immunoassay-based fluorescence quenching2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, Michihiko Aki, Daisuke Onoshima, Kenji Arinaga, Noritada Kaji, Manabu Tokeshi, Shozo Fujita, Naoki Yokoyama, Yoshinobu Baba
    • 学会等名
      14th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences(μTAS2010)
    • 発表場所
      Martiniplaza, Groningen, Netherlands
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] High efficient extraction of DNA in blod plasma using microfluidic devices2010

    • 著者名/発表者名
      Tatsuki Sano, Yukihiro Okamoto, Noritada Kaji, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 学会等名
      2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIEICIIEM 2010)
    • 発表場所
      Honolulu, HT, USA
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表] マイクロ流体デバイスを利用したDNAコンフォメーション変化の1分子解析2010

    • 著者名/発表者名
      鈴木博詞,加地範匡、岡本行広、渡慶次学、馬場嘉信
    • 学会等名
      日本化学会第90春季年会
    • 発表場所
      近畿大学東大阪キャンパス,東大阪
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表] Microfluidic sensor for the detection of double and single stranded DNA binding proteins by the change of fluorescence intensity2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 学会等名
      2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2010)
    • 発表場所
      Honolulu, HI, USA
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] マイクロデバイスを用いた血漿中DNAの高効率捕捉2010

    • 著者名/発表者名
      佐野竜輝, ほか
    • 学会等名
      東京コンファレンス2010
    • 発表場所
      幕張メッセ国際会議場(千葉県)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for biomedical application2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      IEEE/LEOS international conference on optical MEMS and nanophotonics 2010
    • 発表場所
      Sapporo, Japan(招待講演)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Micro- and nanofluidics for single biomolecular and cellular sensing towards cancer diagnosis and in vivo imaging for stem cell therapy2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      13th International Meeting on Chemical Sensors
    • 発表場所
      Perth, Australia(招待講演)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for Biomedical Applications2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      6th Sweden-Japan Wrokshop on BioNaono Technology
    • 発表場所
      Mishima, Japan(招待講演)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Microfluidic sensor for the detection of double and single stranded DNA binding Proteins by the change of fluorescence intensity2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Wang, et al
    • 学会等名
      2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2010)
    • 発表場所
      Honolulu, HI, USA
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] マイクロデバイスを用いた血漿中DNAの高効率捕捉2010

    • 著者名/発表者名
      佐野竜輝, ほか
    • 学会等名
      東京コンファレンス2010
    • 発表場所
      幕張メッセ国際会議場
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for biomedical application2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      IEEE/LEOS international conference on optical MEMS and nanophotonics 2010
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Micro- and nanofluidics for single biomolecular and cellular sensing towards cancer diagnosis and in vivo imaging for stem cell therapy2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      13th International Meeting on Chemical Sensors
    • 発表場所
      Perth, Australia
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Nanobiodevice for Biomedical Applications2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Baba
    • 学会等名
      6th Sweden-Japan Wrokshop on BioNaono Technology
    • 発表場所
      三島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] マイクロフルイディクスを利用したDNA構造の1分子解析2009

    • 著者名/発表者名
      鈴木博詞, ほか
    • 学会等名
      日本化学会第89回春季年会
    • 発表場所
      日本大学
    • 年月日
      2009-03-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] マイクロフルイディクスを利用したDNA構造転移の1分子解析2009

    • 著者名/発表者名
      鈴木博詞,加地範匡、岡本行広,渡慶次学、馬場嘉信
    • 学会等名
      日本化学会第89春季年会
    • 発表場所
      日本大学理工学部船橋キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] マイクロ流体デバイスを利用したDNA構造転移の1分子解析2009

    • 著者名/発表者名
      鈴木博詞、加地範匡、岡本行広、渡慶次学、馬場嘉信
    • 学会等名
      第20回化学とマイクロ・ナノシステム研究会
    • 発表場所
      金沢エクセルホテル東急,金沢
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [学会発表] In real-time monitoring of conformational transition of DNA at a single molecule level in microfluidic devices2008

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Fujiyoshi, Noritada Kaji, Manabu Tokeshi, Yoshinobu Baba
    • 学会等名
      The 12th international conference on miniaturized systems for chemistry and life sciences(uTAS2008)
    • 発表場所
      San Diego, CA, USA
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 量子ドットおよび無機蛍光体,蛍光イメージング・MRIプローブの開発2011

    • 著者名/発表者名
      馬場嘉信
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      CMC出版
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 量子ドットおよび無機蛍光体蛍光イメーブング・MRIプローゾの開発2011

    • 著者名/発表者名
      馬場嘉信
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      CMC
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] バイオチップ実用化ハンドブック2010

    • 著者名/発表者名
      加地範匡、岡本行広、渡慶次学、馬場嘉信
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書 2009 実績報告書
  • [図書] バイオチップ実用化ハンドブック(DNA前処理/PCRチップ)2010

    • 著者名/発表者名
      盥匡、岡本行広、渡慶次学、墨蚩塹
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [図書] 医療に貢献するナノバイオ技術,遺伝子医学Mook別「ますます重要になる細胞周辺環境の科学技術」2009

    • 著者名/発表者名
      岡本行広、加地範匡、渡慶次学,馬場嘉信
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 化学のフロンティア新しい地平をひらく分析の最前線(ナノバイオデバイスによる分析・診断医工学構築と予防早期医療創成)2009

    • 著者名/発表者名
      岡本行広、馬場嘉信
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [図書] マイクロ・ナノ化学チップと医療・環境・バイオ分析(ナノテクノロジーを利用した超高性能DNA解析手法)2009

    • 著者名/発表者名
      岡本行広、加地範匡、渡慶次学、馬場嘉信
    • 出版者
      技術教育出版社
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [図書] ナノメディシン(ナノバイオイメージング・計測による予防医療)2008

    • 著者名/発表者名
      馬場嘉信
    • 総ページ数
      11
    • 出版者
      オーム社
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] ナノメディシン(ナノバイオイメージング・計測による予防医療)2008

    • 著者名/発表者名
      馬場嘉信(分担執筆)
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      オーム社
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.apchem.nagoya-u.ac.jp/III-2/baba-ken/index.html

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.apchem.nagoya-u.ac.jp/III-2/baba-ken/index.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.apchem.nagoya-u.ac.jp/III-2/baba-ken/index.html

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.apchem.nagoya-u.ac.jp/III-2/baba-ken/index.html

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.apchem.nagoya-u.ac.jp/III-2/baba-ken/index.html

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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