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サクラソウの適応的遺伝子に関するエコゲノム研究

研究課題

研究課題/領域番号 20241055
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 資源保全学
研究機関筑波大学

研究代表者

大澤 良  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (80211788)

研究分担者 津村 義彦  独立行政法人森林総合研究所, 森林遺伝研究領域, 室長 (20353774)
鷲谷 いづみ  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40191738)
連携研究者 上野 真義  独立行政法人森林総合研究所, 研究員 (40414479)
北本 尚子  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 研究員 (70447241)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
50,050千円 (直接経費: 38,500千円、間接経費: 11,550千円)
2010年度: 13,130千円 (直接経費: 10,100千円、間接経費: 3,030千円)
2009年度: 17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2008年度: 19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)
キーワード生物多様性保全 / サクラソウ / 適応的遺伝子 / QTL解析 / ESTマーカー / 異型花柱性 / 遺伝子連鎖地図 / アソシエーション解析
研究概要

野生サクラソウ集団の保全方法を構築するために、サクラソウの持つ適応関連遺伝子をQTL解析および発現遺伝子情報に基づくマーカーによるゲノムワイドな探索によって同定することを試みた。集団の存続に影響を与える異型花柱性について関連する遺伝子領域を高い精度で把握することが可能になった。園芸品種と野生種の遺伝的多様性の比較を行い、園芸化の過程ではびん首効果が働いたことを明らかにした。また、ESTマーカーなどを用いて北海道から関東の国内7集団による出芽期や開花期など適応関連形質についての遺伝的解析を行い、サクラソウの適応に強く関連する出芽日に関して多数の遺伝子座を検出した。本研究の成果は、今後のサクラソウの保全方策構築に貢献するだけでなく、他の野生植物の保全にゲノム研究がどのように貢献しえるのかのモデルになる。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (54件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (35件) (うち査読あり 30件) 学会発表 (11件) 図書 (4件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] QTL analysis of heterostyly in Primula sieboldii and its application for morph identification in wild populations2011

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., S. Ueno, M. Honjo, N. Kitamoto, M. Nagai, I. Washitani, Y. Tsumura and R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Annals of Botany

      巻: 108 ページ: 133-142

    • NAID

      120007137307

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Generation of expressed sequence tags,-development of microsatellite and single nucleotide polymorphism markers in Primula sieboldii E. Morren (Primulaceae) and its effectiveness for analysis of genetic diversity in natural and horticultural populations2011

    • 著者名/発表者名
      Ueno, S, Y. Yoshida, Y. Taguchi, T. Ujino-Ihara, N. Kitamoto, M. Honjo, R. Ohsawa, I. Washitani and Y. Tsumura
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 61 ページ: 234-243

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Post-pollination process in a partially self-compatible distylous plant, Primula sieboldii (Primulaceae)2011

    • 著者名/発表者名
      Nishihiro, J. and Washitani, I
    • 雑誌名

      Plant species Biology

      巻: 26 ページ: 213-220

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] QTL analysis of heterostyly in Primula sieboldii and its application for morph identification in wild populations2011

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y, S.Ueno, Honjo M., N.Kitamoto, M.Nagai, I.Washitani, Y.Tsumura, Y.Yasui, R.Ohsawa
    • 雑誌名

      Annals of Botany

      巻: 印刷中

    • NAID

      120007137307

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Post-pollination process in a partially self-compatible distylous plant, Primula sieboldii(Primulaceae).2011

    • 著者名/発表者名
      Nishihiro, J., Washitani, I.
    • 雑誌名

      Plant Species Biology.

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting the rate of range expansion of an invasive alienbumblebee(Bombus terrestris)using a stochastic spatiotemporal model2011

    • 著者名/発表者名
      Kadoya, T., Washitani, I.
    • 雑誌名

      Biological Conservation

      巻: 143 ページ: 1228-1235

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting the rate of range expansion of an invasive alien bumblebee (Bombus terrestris) using a stochastic spatio-temporal model2010

    • 著者名/発表者名
      Kadoya, T. and Washitani, I
    • 雑誌名

      Biological conservation

      巻: 143 ページ: 1228-1235

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 人間中心世の変動環境と生物多様性2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いづみ
    • 雑誌名

      科学

      巻: 10月号

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [雑誌論文] 気候変動対策と生物多様性保全2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いづみ
    • 雑誌名

      学術の動向

      巻: 3月号 ページ: 76-81

    • NAID

      130000450807

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [雑誌論文] 生物多様性の危機とその克服に向けて2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いづみ
    • 雑誌名

      前衛

      巻: 862 ページ: 209-231

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書 2010 研究成果報告書
  • [雑誌論文] 人間中心世の変動環境と生物多様性2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いつみ
    • 雑誌名

      科学

      巻: 10月号 ページ: 1-1

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] 気候変動対策と生物多様腔保全2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いつみ
    • 雑誌名

      学術の動向

      巻: 3月号 ページ: 76-81

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] 群馬県鳴神山における絶滅危惧植物カッコソウの個体群再生に向けた取り組みとそれにより明らかになった種特性及び生育環境2009

    • 著者名/発表者名
      大谷雅人, 西廣淳, 寺内浩, 寺内優美子, 鷲谷いづみ
    • 雑誌名

      保全生態学研究

      巻: 14 ページ: 91-99

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconsideration for conservation units of wild Primula sieboldii in Japan based on adaptive diversity and molecular genetic diversity2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., M. Honjo, N. Kitamoto, R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Genetics Research

      巻: 91 ページ: 225-235

    • NAID

      120007131477

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Toward the restoration osustainable population of a threatened aquatic plant, Nymphoides peltata : integrated genetic/demographic studies and practices2009

    • 著者名/発表者名
      Nishihiro, J., Uesugi, R., Takagawa, S., and Washitani, I
    • 雑誌名

      Biological Conservation

      巻: 142 ページ: 1906-1912

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conservation ecological study study of invasion of Bombus terrestris(Hymenoptera : Apidae) into a preserved area of the Notsuke Peninsula of eastern Hokkaido, Japan2009

    • 著者名/発表者名
      Inoue, M.N., Ishikawa, S., Inoue, T. and Washitani, I
    • 雑誌名

      Applied Entomology and Zoology

      巻: 44 ページ: 337-342

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of 120 microsatellite markers for Primula sieboldii E. Morren for linkage mapping2009

    • 著者名/発表者名
      Ueno, S., Y. Yoshida, Y. Taguchi, M. Honjo, N. Kitamoto, I. Washitani, R. Ohsawa, Y. Tsumura
    • 雑誌名

      Conservation genetics

      巻: 10 ページ: 1945-1952

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconsideration for conservation units of wild Primula sieboldii in Japan based on adaptive diversity and molecular genetic diversity2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., M.Honjo, N.Kitamoto, R.Ohsawa
    • 雑誌名

      Genetics Research 91

      ページ: 225-235

    • NAID

      120007131477

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Toward the restoration of a sustainable population of a threatened aquatic plant, Nymphoides peltata : integrated genetic/demographic studies and practices.2009

    • 著者名/発表者名
      Nishihiro, J., Uesugi, R., Takagawa, S., Washitani, I.
    • 雑誌名

      Biological Conservation 142

      ページ: 1906-1912

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conservation ecological study of invasion of Bombus terrestris(Hymenoptera : Apidae)into a preserved area of the Notsuke Peninsula of eastern Hokkaido, Japan.2009

    • 著者名/発表者名
      Inoue, M.N., Ishikawa, S., Inoue, T., Washitani, I.
    • 雑誌名

      Applied Entomology and Zoology 44

      ページ: 337-342

    • NAID

      130000143013

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tracing the origins of stocks of the endangered species Primula sieboldii using nuclear microsatellites and chloroplast DNA.2009

    • 著者名/発表者名
      Honjo, M, Ueno,S., Tsumura, Y., Handa, T., Washitani, I., and Ohsawa, R.
    • 雑誌名

      Conservation Genetics 9

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ecological responses of Primula. nutans to centimeter-scale tonoffranhic and environmental variability in an aloine wetland.2009

    • 著者名/発表者名
      Shen, H., Tang, Y. and Washitani, I
    • 雑誌名

      Ecological Research 24

      ページ: 75-81

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Management units of the endangered herb Primula sieboldii based on microsatellite variation among and within populations throughout Japan2008

    • 著者名/発表者名
      Honjo, M., N. Kitamoto, S. Ueno, YTsumura, I. Washitani, R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Conservation Genetics

      巻: 10 ページ: 257-267

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Origins of traditional cultivars of Primula sieboldii revealed by nuclear microsatellite and chloroplast DNA variations2008

    • 著者名/発表者名
      Honjo, M., T. Handa, Y. Tsumura, I. Washitani, R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 58 ページ: 347-354

    • NAID

      110007007902

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tracing the origins of stocks of the endangered species Primula sieboldii using nuclear microsatellites and chloroplast DNA2008

    • 著者名/発表者名
      Honjo, M., S. Ueno, Y. Tsumura, T. Handa, I. Washitani, R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Conservation Genetics

      巻: 9 ページ: 1139-1177

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic variation and differentiation of floral morphology in wild Primula Sieboldii evaluated by image analysis datand SSR markers2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., M. Honjo, N. Kitamoto, R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 58 ページ: 301-307

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Towards a legal framework for systematic conservation : identification and development of allele-specific PCR markers for conspecific varieties of an endangered perennial herb Primula kisoana Miquel based on sequence variation of chloroplast DNA2008

    • 著者名/発表者名
      Ohtani, M., Terauchi, H., Nishihiro, J., Ueno, S., Tsumura, Y., and Washitani, I
    • 雑誌名

      conservation genetics

      巻: 9 ページ: 1173-1181

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characteristics of leaf photosynthesis and simulated individual carbon budget in Primula nutans under contrasting light and temperature conditions2008

    • 著者名/発表者名
      Shen, H., Tang, Y., Muraoka, H. and Washitani, I
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: 121 ページ: 191-200

    • NAID

      10021087824

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic variation and differentiation of floral morphology in wild Primula sieboldii evaluated by image analysis data and SSR markers2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., M. Honjo, N. Kitamoto and R. Ohsawa
    • 雑誌名

      Breeding Science 58

      ページ: 301-307

    • NAID

      110006879008

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of population density of compatible neighbors on inbreeding level within a Primula sieboldii population2008

    • 著者名/発表者名
      Kitamoto, N., Ueno, S., Tsumura, Y., Washitani, I, Ohsawa, R.
    • 雑誌名

      Ecoloeical Research 23

      ページ: 307-315

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Towards a legal framework for systematic conservation: identification and development of allele-specific PCR markers for conspecific varieties of an endangered perennial herb Primula kisoana Miauel based on sequence variation of chloroplast DNA.2008

    • 著者名/発表者名
      Ohtani, M., Terauchi, H., Nishihiro, J., Ueno, S., Tsumura, Y., and Washitani, I.
    • 雑誌名

      Conservation Genetics 9

      ページ: 1173-1181

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characteristics of leaf photosynthesis and simulated individual carbon budget in Primula nutans under contrasting light and temnerature conditions.2008

    • 著者名/発表者名
      Shen, H., Tang, Y., Muraoka, H. and Washitani, I.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research 121

      ページ: 191-200

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of 120 microsatellite markers for Primula sieboldii E. Morren for linkage mapping

    • 著者名/発表者名
      Ueno, S., Yoshida, Y., Taguchi, Y., Honjo, M., Kitamoto, N., Washitani, I., Ohsawa, R. and Tsumura, Y.
    • 雑誌名

      Conservation Genetics (In press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 群馬県鳴神山における絶滅危惧植物カッコソウの個体群再生に向けた取り組みとそれにより明らかになった種特性及び生育環境

    • 著者名/発表者名
      大谷雅人,西廣淳,寺内浩,寺内優美子,鷲谷いつみ
    • 雑誌名

      保全生態学研究 (印刷中)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Management units of the endangered herb Primula sieboldii based on microsatellite variation among and within populations throughout Japan

    • 著者名/発表者名
      Honjo, M., Kitamoto, N., Ueno, S., Tsumura, Y., Was.hitani, I. and Ohsawa, R
    • 雑誌名

      Conservation Genetics (In press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] QTL analysis of petal form variation in Primula sieboldii2010

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, R., Yoshida, Y., S. Ueno, Y. Tsumura
    • 学会等名
      28th International Horticultural Congress
    • 発表場所
      リスボン、ポルトガル
    • 年月日
      2010-08-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] QTL analysis of petal form variation in Primula sieboldi2010

    • 著者名/発表者名
      Ohsawa, R., Yoshida, Y., S.Ueno, Y.Tsumura
    • 学会等名
      28^<th> International Horticultural Congress
    • 発表場所
      リスボン、ポルトガル
    • 年月日
      2010-08-26
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] QTL analysis of floral morphology related heterostyly in Primula sieboldii2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., S. Ueno, Y. Tsumura and R. Ohsawa
    • 学会等名
      28th International Horticultural Congress
    • 発表場所
      リスボン、ポルトガル
    • 年月日
      2010-08-24
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] QTL analysis of floral morphology related heterostyly in Primula sieboldii2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., S.Ueno, Y.Tsumura, R.Ohsawa
    • 学会等名
      28^<th> International Horticultural Congress
    • 発表場所
      リスボン、ポルトガル
    • 年月日
      2010-08-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] サクラソウの異型花柱性に関するQTL解析2009

    • 著者名/発表者名
      吉田康子, 上野真義, 本城正憲, 北本尚子, 永井美穂子, 鷲谷いづみ, 津村義彦, 大澤良
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2009-09-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] SSRマーカー解析に基づく常緑性ツツジ九州野生集団の遺伝的構造と園芸品種群「江戸キリシマ」および「クルメツツジ」との関係2009

    • 著者名/発表者名
      宮脇実桜, 倉重祐二, 小林伸雄, Jan De Riek, 半田高, 大澤良
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2009-09-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 適応に関連したQTLに基づく野生サクラソウ集団の遺伝的多様性評価2009

    • 著者名/発表者名
      吉田康子, 上野真義, 北本尚子, 小玉昌孝, 本城正憲, 田口由利子, 永井美穂子, 鷲谷いづみ, 津村義彦, 大澤良
    • 学会等名
      日本生態学会第56回大会
    • 発表場所
      岩手県立大学
    • 年月日
      2009-03-19
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2008 実績報告書
  • [学会発表] サクラソウの受粉から結実までに働く近交弱勢の関与遺伝子座数とその効果の解析2009

    • 著者名/発表者名
      北本尚子, 本城正憲, 吉田康子, 上野真義, 津村義彦, 鷲谷いづみ, 大澤良
    • 学会等名
      日本生態学会第56回大会
    • 発表場所
      岩手県立大学
    • 年月日
      2009-03-19
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2008 実績報告書
  • [学会発表] サクラソウの個体群構造と種子生産の空間的不均一性2009

    • 著者名/発表者名
      田中良典, 鷲谷いづみ
    • 学会等名
      日本生態学会第56回大会
    • 発表場所
      岩手県立大学
    • 年月日
      2009-03-19
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2008 実績報告書
  • [学会発表] Mii Unreduced gamete formation and its utilization for ornamental plant breeding2008

    • 著者名/発表者名
      Kato, J., M. Nimura, Y. Futagami, M. Ikeda, M. Hayashi, Y. Murata, Y. Yoshida, R. Ohsawa, S.Ichihashi, M
    • 学会等名
      The 3rd Asian Chromosome Colloquium. Abstract
    • 年月日
      2008-12-03
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] SSRマーカーによる3倍体サクラソウ(Primula Sieboldii)種間雑種形成に寄与する非還元雌性配偶子タイプの推定2008

    • 著者名/発表者名
      加藤淳太郎, 村田有紀, 鈴木幹奈, 池田真由子, 吉田康子, 上野真義, 大澤良
    • 学会等名
      育種学研究10(別2)
    • 年月日
      2008-10-11
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] 保全性多額の技法2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いづみ, 宮下直, 西廣淳, 角谷拓
    • 出版者
      東京大学出版会
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] 保全生態学の技法・調査・研究・実践マニュアル2010

    • 著者名/発表者名
      鷲谷いづみ・宮下直・西廣淳・角谷拓
    • 総ページ数
      336
    • 出版者
      東京大学出版会
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] サクラソウのひみつ2008

    • 著者名/発表者名
      幸田シャーミン(作)・大島節子(絵)・鷲谷いづみ(監修)
    • 出版者
      社団法人ユネスコ協会連盟
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] サクラソウのひみつ2008

    • 著者名/発表者名
      幸田シャーミン(作),大島節子(絵),鷲谷いつみ(監修)
    • 出版者
      社団法人ユネスコ協会連盟(印刷中)
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考] 大澤良

    • URL

      http://www.sakura.cc.tsukuba.ac.jp/~pbreed/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考] 津村義彦

    • URL

      http://www.ffpri.affrc.go.jp/research/dept/09f-genetics/index.html

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考] 鷲谷いづみ

    • URL

      http://www.coneco.es.a.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考]

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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