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高感度・高S/N比の座位別増幅型多色SNP検出技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20300183
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 医用システム
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

LEZHAVA A.  独立行政法人理化学研究所, オミックス機能研究ユニット, ユニットリーダー (40443048)

研究分担者 岡本 晃充  独立行政法人理化学研究所, 岡本独立主幹研究ユニット, ユニットリーダー(独立主幹研究員) (60314233)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
19,630千円 (直接経費: 15,100千円、間接経費: 4,530千円)
2010年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2009年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2008年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
キーワードSmartAmp法 / Exciton Primer / SNPタイピング / Cancer Mutation Detection / Multiplex reaction / End Product Visualization / Warfarin / EGFR / Smart Amplification Process / SNP genotyping / Mutation detection / Two-color reaction / Visualization of amplified product / Cancer / Virus Detection / エキシトンプライマー / 増幅検出の可視化 / マルチプレックス / 遺伝子増幅 / 等温増幅 / 新規蛍光物質 / 目視判定 / multiplex
研究概要

我々は2本鎖の形成により配列特異的な発光を示す2色のエキシトンプライマーを組み合わせることで、1つのチューブで正常型、変異型の検出ができるSmartAmp(SMAP)遺伝子検出について開発を行った。新しい方法では1工程・1チューブで45分以内に血液サンプルから直接、高感度、高特異的に変異を検出することが可能になった。エキシトンプライマーは、SYBR Greenに比べて高いS/M比と高い特異性を示した。この新しい技術は高度で複雑な機器を用いずに病原となるSNPや変異の迅速な検出が可能で、ポイントオブケア診断技術の進展を大きく推し進めることが出来た。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 17件) 学会発表 (10件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 2^<nd> out of 9. Direct Genotyping of Cytochrome P450 2A6 Whole Gene Deletion from Human Blood Samples by the SmartAmp Method.2011

    • 著者名/発表者名
      Azuma, et al
    • 雑誌名

      Clinica Chimica Acta (in press)

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excitonic interaction : Another photophysical process for fluorescence-controlled nucleic acid sensing.2010

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Chem.Rec 10(3)

      ページ: 188-196

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 5^<th> out of 5. Sets of RNA Repeated Tags and Hybridization-Sensitive Fluorescent Probes for Distinct Images of RNA in a Living Cell.2010

    • 著者名/発表者名
      Kubota, et al.
    • 雑誌名

      PLoS ONE 5(9)

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ECHO-LNA Conjugates : Hybridization-sensitive Fluorescence and its Application to Fluorescent Detection of Various RNA Strands.2010

    • 著者名/発表者名
      Sugizaki K., Okamoto A.
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chem 21(12)

      ページ: 2276-2281

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 6^<th> out of 6. Hybridization-sensitive fluorescent DNA probe with self-avoidance ability.2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, et al.
    • 雑誌名

      Org Biomol Chem 8(3)

      ページ: 546-551

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Exciton Primer Mediated SNP Detection in SmartAmp2 Reactions.2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava A.
    • 雑誌名

      Human Mutation 31(2)

      ページ: 208-217

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excitonic interaction: Another photophysical process for fluorescence-controlled nucleic acid sensing2010

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Chem.Rec.

      巻: 10(3) ページ: 188-196

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sets of RNA Repeated Tags and Hybridization-Sensitive Fluorescent Probes for Distinct Images of RNA in a Living Cell2010

    • 著者名/発表者名
      Kubota, T.; Ikeda, S.; Yanagisawa, H.; Yuki, M.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: (9)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ECHO-LNA Conjugates : Hybridization-sensitive Fluorescence and its Application to Fluorescent Detection of Various RNA Strands2010

    • 著者名/発表者名
      Sugizaki, K.; Okamoto, A.
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chem.

      巻: (12) ページ: 2276-2281

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Exciton-Primer Mediated SNP Detection in SmartAmp2 Reactions2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava, et al.
    • 雑誌名

      Human Mutation 31(2)

      ページ: 208-217

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hybridization-sensitive fluorescent DNA probe with self-avoidance ability2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, et al.
    • 雑誌名

      Org Biomol Chem 8(3)

      ページ: 546-551

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 4^<th> out of 4. Doubly thiazole orange-labeled cytidine for functional expansion of a hybridization-sensitive probe.2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, et al
    • 雑誌名

      Tetrahedron Letters 50

      ページ: 7191-7195

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 5^<th> out of 5. Hybridization-sensitive fluorescent probe for long-term monitoring of intracellular RNA2009

    • 著者名/発表者名
      Kubota, et al.
    • 雑誌名

      Bioconjug Chem 20(6)

      ページ: 1256-1261

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 4^<th> out of 4. Exciton-controlled hybridization-sensitive fluorescent probes : multicolor detection of nucleic acids.2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, et al.
    • 雑誌名

      Angew Chem Int Ed Engl 48(35)

      ページ: 6480-6484

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Doubly thiazole orange-labeled cytidine for functional expansion of a hybridization-sensitive probe2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, et al.
    • 雑誌名

      Tetrahedron Letters 50

      ページ: 7191-7195

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hybridization-sensitive fluorescent probe for long-term monitoring of intracellular RNA2009

    • 著者名/発表者名
      Kubota, et al.
    • 雑誌名

      Bioconjug Chem 20(6)

      ページ: 1256-1261

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Exciton-controlled hybridization-sensitive fluorescent probes : multicolor detection of nucleic acids2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, et al.
    • 雑誌名

      Angew Chem Int Ed Engl 48(35)

      ページ: 6480-6484

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Rapid Detection of Clinically Important SNPs and Mutations by Two-color SmartAmp Method2011

    • 著者名/発表者名
      Lezhava, Alexander
    • 学会等名
      3rd International Conference on Drug Discovery & Therapy
    • 発表場所
      Dubai, United Arab Emirates
    • 年月日
      2011-02-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Rapid Detection of Clinically Important SNPs and Mutations by Two-color SmartAmp Method.2011

    • 著者名/発表者名
      Lezhava A.
    • 学会等名
      3rd International Conference on Drug Discovery & Therapy.
    • 発表場所
      Dubai, United Arab Emirates
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Importance of competitive priming effect during two-color SmartAmp applications2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava, Alexander
    • 学会等名
      BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)
    • 発表場所
      兵庫県神戸市(ポスター発表)
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Two-Color SNP genotyping of genes involved in Warfarin Dose Adjustment2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava, Alexander
    • 学会等名
      Golden Helix Symposia 2010
    • 発表場所
      Athens, Greece
    • 年月日
      2010-12-03
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Importance of competitive priming effect during two-color SmartAmp Applications.2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava A.
    • 学会等名
      BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
    • 発表場所
      Kobe, Japan(Poster Presentation)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Exciton Primer mediated Multiplex assays for SNP detection in SmartAmp2 reaction.2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava A.
    • 学会等名
      17th International Molecular Medicine Tri-Conference.
    • 発表場所
      San Francisco,CA,USA
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Exciton Primer-mediated Multiplex assays for SNP detection in SmartAmp2 reaction2010

    • 著者名/発表者名
      Lezhava, et al.
    • 学会等名
      17^<th> international Molecular Medicine tri-conference
    • 発表場所
      San Francisco, CA, USA
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Rapid screenneng of clinical samples for codon-specific mutations by the Smart Amplification Process.2009

    • 著者名/発表者名
      Lezhava A.
    • 学会等名
      Golden Helix Symposia 2009.
    • 発表場所
      Athens, Greece
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Portable handheld devices for rapid mutation detection with the isothermal Smart Amplification Process.2009

    • 著者名/発表者名
      Lezhava A.
    • 学会等名
      10th International Symposium on Mutations in the Genome.
    • 発表場所
      Paphos, Cyprus
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Portable handheld devices for rapid mutation detection with the isothermal Smart Amplification Process2009

    • 著者名/発表者名
      Lezhava, et al.
    • 学会等名
      10th International Symposium on Mutations in the Genome(Invited speaker)
    • 発表場所
      Paphos, Cyprus
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] ホームページ等

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2021-04-07  

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