酵母をモデルとした機能性RNA探索戦略の開発

• 研究課題/領域番号: 20310114
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 伊藤 隆司 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (90201326)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円); 2010年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円); 2009年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円); 2008年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
• キーワード: 非コードRNA / 次世代シーケンシング / 人工染色体 / ヌクレオソーム / RNA-PET / 転写ノイズ / 出芽酵母 / クロマチン / ノイズ / 転写 / ロバストネス

研究概要

真核生物のゲノムが全般的に転写されて多数の非コードRNAを生成する事実は周知となったが、その意義については議論が絶えない。我々は、細菌ゲノムを人工染色体として保持する酵母の解析から、機能を持たない筈の細菌ゲノムも酵母ゲノムと同等の頻度で転写されることを見出した。また、転写容量を削減した酵母では、最近の研究で見出された新規非コードRNAの量が優先的に減少することを見出した。これらの結果は、ゲノムの全般的な転写の大半が機能を持たないとする説に矛盾しない。

研究成果

• [雑誌論文] Translation initiation : a regulatory rolefor poly(A) tracts in front of the AUG codon in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Xia, X., MacKay, V., Yao, X., Wu, J., Miura, F., Ito, T., Morris, D. R.
  • 雑誌名: Genetics 巻: 189 号: 2 ページ: 469-478
  • DOI: 10.1534/genetics.111.132068
  • 査読あり
• [雑誌論文] Translation initiation : a regulatory role for poly (A) tracts in front of the AUG codon in Saccbaromyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Xia, X., MacKay, V, Yao, X., Wu, J., Miura, F., Ito, T., Morris, D.R.
  • 雑誌名: Genetics 巻: 189 ページ: 469-478
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unexpected complexity of the budding yeasttranscriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Ito, T., Miura, F., Onda, M.
  • 雑誌名: IUBMB Life 巻: 60 号: 12 ページ: 775-781
  • DOI: 10.1002/iub.121
  • 査読あり
• [雑誌論文] Absolute quantification of budding yeasttranscriptome by means of competitive PCRbetween genomic and complementary DNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Yoshida, M., Uematsu, C., Kito, K., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 9 号: 1 ページ: 574-574
  • DOI: 10.1186/1471-2164-9-574
  • 査読あり
• [雑誌論文] Absolute quantification of budding yeast transcriptome by means of competitive PCR between genomic and complementary DNAs. (2008)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Yoshida, M., Uematsu, C., Kito, K., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 9 ページ: 574-574
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ito, T., Miura, F., Onda, M.
  • 雑誌名: IUBMB Life 60 ページ: 775-781
  • 査読あり
• [学会発表] 転写容量の制限によるトランスクリプトーム変動の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 前橋慶一、太田一寿、恩田美雪、伊藤隆司
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 転写容量の制限によるトランスクリプトーム変動の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 前橋慶一、太田一寿、恩田美雪、伊藤隆司
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜パシフィコ
• [学会発表] Unexpected complexity ofthe budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Ito
  • 学会等名: ASBMB2008
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 2008-04-06
• [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Ito
  • 学会等名: ASBMB2008
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 2008-04-06