• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

細胞内タンパク質ターンオーバーの網羅的解析

研究課題

研究課題/領域番号 20310117
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

中東 憲治  慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 准教授 (70322740)

研究分担者 石濱 泰  京都大学, 大学院・薬学研究科, 教授 (30439244)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2010年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2009年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2008年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
キーワードゲノム発現 / タンパク質ターンオーバー / 翻訳 / タンパク質分解 / 翻訳郊率 / プロテオミクス / 大腸菌 / タンパク質代謝 / 分子遺伝学 / マルチオミクス
研究概要

細胞内に存在するタンパク質のターンオーバー(タンパク質の合成レート及び分解レート、mRNAの翻訳効率)を網羅的に測定する手法を構築した。この手法で大腸菌細胞中の1500種以上のタンパク質のターンオーバーを解析したところ、5%程度の例外を除いて、ほとんどのタンパク質はきわめて安定なことが分かった。嫌気条件から好気条件のように代謝酵素のレベルが大きく変わる場合でも、不要な酵素が分解されることなく存在し続けており、環境に応じたプロテオームの構成変化は合成量の変化によって主に行われていた。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (16件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] A systematic survey of in vivo obligate chaperonin-dependent substrates.2010

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara K, Ishihama Y, Nakahigashi K, Soga T, Taguchi H
    • 雑誌名

      EMBO J 29(9)

      ページ: 1552-1564

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 13C-metabolic flux analysis for batch culture of Escherichia coli and its Pyk and Pgi gene knockout mutants based on mass isotopomer distribution of intracellular metabolites2010

    • 著者名/発表者名
      Toya Y, Ishii N, Nakahigashi K, Hirasawa T, Soga T, Tomita M, Shimizu K
    • 雑誌名

      Biotechnol Prog 26(4)

      ページ: 975-992

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 13C-metabolic flux analysis for batch culture of Escherichia coli and its Pyk and Pgi gene knockout mutants based on mass iso topomer distribution of intracellular metabolites.2010

    • 著者名/発表者名
      Toya Y
    • 雑誌名

      Biotechno Prog.

      巻: 26 ページ: 975-992

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A systematic survey of in vivo obligate chaperonin-dependent substrates2010

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara, K.
    • 雑誌名

      EMBO J. (Epub ahead of print)

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009

    • 著者名/発表者名
      Nakahigashi K, Toya Y, Ishii N, Soga T, Hasegawa M, Watanabe H, Takai Y, Honma M, Mori H, Tomita M
    • 雑誌名

      Mol Syst Biol 5

      ページ: 306-306

    • NAID

      120005830850

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Update on the Keio collection of Escherichia coli single-gene deletion mutants2009

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto N, Nakahigashi K, Nakamichi T, Yoshino M, Takai Y, Touda Y, Furubayashi A, Kinjyo S, Dose H, Hasegawa M, Datsenko KA, Nakayashiki T, Tomita M, Wanner BL, Mori H
    • 雑誌名

      Mol Syst Biol 5

      ページ: 335-335

    • NAID

      120005830849

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009

    • 著者名/発表者名
      中東憲治
    • 雑誌名

      Molecular Systems Biology 5

      ページ: 306-306

    • NAID

      120005830850

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Update on the Keio collection of Escherichia coli single-gene deletion mutants2009

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, N.
    • 雑誌名

      Molecular Systems Biology 5

      ページ: 335-335

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] マルチオミクス解析で見えてきた大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答機構2009

    • 著者名/発表者名
      中東憲治
    • 雑誌名

      遺伝子医学MOOK 16

      ページ: 152-158

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Degradation and turnover of protein in growing and non-growing E. coli cell after environmental perturbation.2010

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi, Yasushi Ishihama, Toya Yoshihiro, Masaru Tomita
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 増殖、非増殖状態におけるタンパク質ターンオーバーの環境変化に伴う変化2010

    • 著者名/発表者名
      中東憲治
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム2010

    • 著者名/発表者名
      牧泰史
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムデザイン学:人工解糖系オペロンによるオペロン構築原理の解明2010

    • 著者名/発表者名
      柘植謙爾
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2010-12-08
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover (and its effect on metabolic simulation).2010

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi
    • 学会等名
      UK-Japan Symposium of Systems and Synthetic Biology
    • 発表場所
      Guildford UK
    • 年月日
      2010-09-14
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover2010

    • 著者名/発表者名
      Nakahigashi, K
    • 学会等名
      UK-Japan Systems & Synthetic Biology workshop
    • 発表場所
      Surrey大学(英国)(招待講演)
    • 年月日
      2010-09-14
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover in aerobic and anaerobic continuous culture of E. coli2009

    • 著者名/発表者名
      中東憲治, 石濱泰, 本間雅之, 高井幸, 冨田勝
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover in aerobic and an aerobic continuous culture of E.coli2009

    • 著者名/発表者名
      中東憲治
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-11
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Systematic phenome analysis of E. coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi
    • 学会等名
      UK-Japan Symposium of Systems Biology
    • 発表場所
      Osaka
    • 年月日
      2009-09-23
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009

    • 著者名/発表者名
      中東憲治
    • 学会等名
      UK-Japan Workshop on Systems Biology
    • 発表場所
      コスモスクエア国際交流センター大阪
    • 年月日
      2009-09-23
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Robustness of bacterial metabolic network. Views from multi-omics analysis2008

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi
    • 学会等名
      Seminar at Center for Mathematical Modeling, University of Chile
    • 発表場所
      サンチアゴ, チリ国
    • 年月日
      2008-12-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Robustness of bacterial metabolic network. Views from Multi-Omics analysis.2008

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi
    • 学会等名
      Design and Engineering of Microbial Genomes Academia Sinica Workshop
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • 年月日
      2008-11-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Robustness of bacterial metabolic network. Views from Multi-Omics analysis.2008

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi
    • 学会等名
      Design and Engineering of Microbial Genomes
    • 発表場所
      中央研究院, 台北, 台湾
    • 年月日
      2008-11-26
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Multi-Omics解析からてくるバクテリア代謝の頑強性2008

    • 著者名/発表者名
      中東憲治
    • 学会等名
      第18回玉川微生物資源ワークショップ
    • 発表場所
      三島
    • 年月日
      2008-10-31
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Protein-turnoveromics ; global analyses of protein turnover in E. coli2008

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi, Yasushi Ishihama, Nobuyuki Ishii, Masaru Tomita
    • 学会等名
      IECA2008
    • 発表場所
      Hixton UK
    • 年月日
      2008-09-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Protein turnover-omics : Comprehensive analysis of protein turnover in E. coli.2008

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi
    • 学会等名
      International E. coli Alliance for Systerns Biology
    • 発表場所
      イギリス・ケンブリッジ
    • 年月日
      2008-09-25
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] In Systems biology and biotechnology of Escherichia coli.(Yup LS ed)(Resources for Escherichia coli Systems Biology)2009

    • 著者名/発表者名
      Mori H, Yamamoto N, Dose H, Nakahigashi K, Datsenko KA, Wanner BL
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] 遺伝子医学MOOK(マルチオミクス(multi-omics)解析で見えてきた大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答機構, 16)

    • 著者名/発表者名
      中東憲治、冨田勝
    • 出版者
      株式会社メディカルドウ
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考] 現在、ecoli multiomics-database上に、可視化したデータを公開する準備中である

    • URL

      http://ecoli.iab.keio.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書

URL: 

公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi