百万年以上にわたり組換えが抑制された染色体ゲノムの構造・動態解析

• 研究課題/領域番号: 20310118
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 阿部 訓也 独立行政法人理化学研究所, 動物変異動態解析技術開発チーム, チームリーダー (40240915)
• 研究分担者: 太田 聡史 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 専任研究員 (30391890)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円); 2010年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2009年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2008年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
• キーワード: ゲノム進化 / 再編 / 染色体組換え / t-ハプロタイプ / BACライブラリー / ゲノム再編成 / ゲノム進化・再編

研究概要

本研究ではマウス17番染色体に位置する"数百万年の間、組換えが抑制された染色体領域"に着目し、その染色体ゲノムがどのように進化するかを調べることを目的とした。解析の結果、この領域には大規模な逆位が存在しており、その境界点近傍には重複、欠失等のゲノム再編成が認められた。また、この領域のゲノムクローンを単離し、解析した結果、逆位を持つゲノムの配列には、標準系統に比べ、非常に高頻度の一塩基遺伝子多型が検出されることがわかった。

研究成果

• [雑誌論文] 表現型解析の潮流・表現型の数値化と定量解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田聡史、阿部訓也、沼田興治
  • 雑誌名: 生命科学研究の戦略:疾患モデルマウスと表現型解析 巻: (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new framework for studying the isochore evolution : estimation of the equilibrium GC content based on the temporal mutation rate model. (2010)
  • 著者名/発表者名: Oota S., Kawamura K., Kawai Y., Saitou N.
  • 雑誌名: Genome Biol Evol 2 ページ: 558-571
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly parallel SNP genotyping reveals high-resolution landscape of mono-allelic Ube3a expression associated with locus-wide antisense transcription. (2010)
  • 著者名/発表者名: Numata K., Kohama C., Abe K., Kiyosawa H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. (Epub ahead of print)
  • 査読あり
• [雑誌論文] The X-linked imprinted gene family Fthl17 shows predominantly female expression following the two-cell stage in mouse embryos. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi S., Fujihara Y. Mise N., Kaseda K., Abe K., Ishino F., Okabe M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. (Epub ahead of print)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic variation of melatonin productivity in laboratory mice under domestication. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kasahara T., Abe K., Mekada K., Yoshiki A., Kato, T.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci, USA 107 ページ: 6412-6417
  • 査読あり
• [雑誌論文] The X-linked imprinted gene family Fthl17 shows predominantly female expression following the two-cell stage in mouse embryos. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi S., et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 38-11 ページ: 3672-3681
  • 査読あり
• [雑誌論文] LINE-1 activity in facultative heterochromatin formation during X chromosome inactivation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Chow JC., et al.
  • 雑誌名: Cell. 巻: 141-6 ページ: 956-969
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide analysis of expression modes and DNA methylation status at sense-antisense transcript loci in mouse. (2010)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Y., et al.
  • 雑誌名: Genomics. 巻: 96-6 ページ: 333-341
  • 査読あり
• [雑誌論文] Impeding Xist expression from the active X chromosome improves mouse somatic cell nuclear transfer. (2010)
  • 著者名/発表者名: Inoue K., et al.
  • 雑誌名: Science. 巻: 330-6003 ページ: 496-499
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly parallel SNP genotyping reveals high-resolution landscape of mono-allelic Ube3a expression associated with locus-wide antisense transcription. (2010)
  • 著者名/発表者名: Numata K., et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 哺乳動物におけるミトコンドリアDNAの遺伝様式:急調分離とボトルネック効果 (2010)
  • 著者名/発表者名: 設楽浩志、Liqin Cao、米川博通
  • 雑誌名: 細胞工学 巻: 29-5 ページ: 461-465
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new framework for studying the isochore evolution : estimation of the equilibrium GC content based on the temporal mutation rate model (2010)
  • 著者名/発表者名: Oota, S., et al.
  • 雑誌名: Genome Biol Evol. 巻: 2 ページ: 558-571
  • 査読あり
• [雑誌論文] New evidence confirms that the mitochondrial bottleneck is generated without reduction of mitochondrial DNA content in early primordial germ cells of mice. (2009)
  • 著者名/発表者名: Cao L., Shitara H., Sugimoto M., Hayashi J.=I., Abe K., Yonekawa H.
  • 雑誌名: PLoS genetics 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Usp46, encoding a ubiquitin specific peptidase, is a quantitative trait gene regulating mouse immobile behavior in the tail suspension and forced swimming tests. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tomida S, Mamiya T, Sakamaki H, Miura M, Aosaki T,Masuda M, Niwa M, Kameyama T, Kobayashi J, Iwaki Y, Imai S, Ishikawa A, Abe K, Yoshimura T, Nabeshima T, Ebihara S
  • 雑誌名: Nature Genetics 41 ページ: 688-695
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic differences among C57BL/6 substrains. (2009)
  • 著者名/発表者名: Mekada K., Abe K., Murakami A., Nakamura S., Nakata H., Moriwaki K., Obata Y., Yoshiki, A.
  • 雑誌名: Exp.Anim. 58 ページ: 141-149
  • NAID: 10024838283
  • 査読あり
• [雑誌論文] The mouse resources at the RIKEN BioResource Center. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshiki A., Ike F., Mekada K., Kitaura Y., Nakata H., Hiraiwa N., Mochida K., Ijuin M., Kadota M., Murakami A., Ogura A., Abe K., Moriwaki K., Obata Y.
  • 雑誌名: Exp.Anim. 58 ページ: 85-96
  • NAID: 10024838089
  • 査読あり
• [雑誌論文] A high-speed congenic strategy using first-wave male germ cells. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ogonuki N, Inoue K, Hirose M, Miura I, Mochida K, Sato T, Mise N, Mekada K, Yoshiki A, Abe K, Kurihara H, Wakana S, Ogura A
  • 雑誌名: PLoS One 4(3)(Epub 2009 Mar 31)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Outflow tract cushions perform a critical valve-like function in the early embryonic heart requiring BMPRIA-mediated signaling in cardiac neural crest. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nomura-Kitabayashi A., Phoon K.L.C., Kishigami S., Rosenthal J., Yamauchi Y., Abe K., Yamamura K., Samtani R., Lo W.C., Mishina Y.
  • 雑誌名: Am.J.Physiol.Heart Circ.Physiol. 297
  • 査読あり
• [雑誌論文] The mouse resources at the RIKEN BioResource Center (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshiki, A., et.al.
  • 雑誌名: Exp.Anim. 58 ページ: 85-96
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic differences among C57BL/6 substrains (2009)
  • 著者名/発表者名: Mekada, K., et.al.
  • 雑誌名: Exp.Anim. 58 ページ: 141-149
  • 査読あり
• [雑誌論文] Usp46 is a quantitative trait gene regulating mouse immobile behavior in the tail suspension and forced swimming tests (2009)
  • 著者名/発表者名: Tomida S, et.al.
  • 雑誌名: Nature Genetics 41-6 ページ: 688-695
  • 査読あり
• [雑誌論文] Outflow tract cushions perform a critical valve-like function in the early embryonic heart requiring BMPRIA-mediated signaling in cardiac neural crest (2009)
  • 著者名/発表者名: Nomura-Kitabayashi, A., et.al.
  • 雑誌名: Am J Physiol Heart Circ Physiol 297-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Natural antisense transcripts are co-expressed with sense mRNAs in synaptoneurosomes of adult mouse forebrain. (2008)
  • 著者名/発表者名: Smalheiser N.R., Lugli G., Torvik V.I., Mise N., Ikeda R., Abe K.
  • 雑誌名: Neurosci Res. 62 ページ: 236-239
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differences and similarities in the developmental status of embryo- derived stem cells and primordial germ cells revealed by global expression profiling. (2008)
  • 著者名/発表者名: Mise N., Fuchikami T., Sugimoto M., Kobayakawa S., Ike F., Ogawa T., Tada T., Kanaya S., Noce T., Abe K.
  • 雑誌名: Genes to cells 13 ページ: 863-877
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative expression analysis uncovers novel features of endogenous antisense transcription (2008)
  • 著者名/発表者名: Okada Y., et. al.
  • 雑誌名: Hum Mol Genet. 17-11 ページ: 1631-1640
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differences and similarities in the developmental status of embryo-derived stem cells and primordial germ cells revealed by global expression profiling (2008)
  • 著者名/発表者名: Mise, N., et. al.
  • 雑誌名: Genes to cells 13-8 ページ: 863-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale production of growing oocytes from neonatal mouse ovaries
  • 著者名/発表者名: Honda, A., et. al.
  • 雑誌名: Int. J. Dev. Biol. (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] マウスt-complex劣性致死変異の同定により見えてきたVps52の機能一哺乳類初期発生における多能性細胞の分化制御因子としての役割 (2010)
  • 著者名/発表者名: 杉本道彦、阿部訓也
  • 学会等名: 遺伝学会第82回大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] アイソコアの進化:新しい枠組み (2010)
  • 著者名/発表者名: 太田聡史
  • 学会等名: 第82回日本遺伝学会大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] アイソコアの進化:新しい枠組み (2010)
  • 著者名/発表者名: 太田聡史
  • 学会等名: 遺伝学会第82回大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] C57BL/6N系統由来のBACライブラリーの構築と日本発大型リソースの整備 (2009)
  • 著者名/発表者名: 益崎智子、山崎孝仁, 阿部訓也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] C57BL/6N系統由来のBACライブラリーの構築と日本発大型リソースの整備 (2009)
  • 著者名/発表者名: 益崎智子、ほか9名
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] Evaluations of functional processes in live animals by in vivo imaging. (2009)
  • 著者名/発表者名: Liqin CAO, Kuniya ABE
  • 学会等名: 第56回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: 大宮
  • 年月日: 2009-05-16
• [学会発表] Mitochondrial bottleneck is not generated by the reduction of mtDNA copy number in mouse female germline (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Shitara, et. al.
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] ヒトとマウスのオーソログ遺伝子における配列相同性/発現相同性の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 村田真也, ほか5名
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-10
• [学会発表] 生殖細胞特異的に Venus を発現する新規TgマウスとES細胞を用いた生殖細胞発生過程の研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 三瀬名丹, ほか6名
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-09
• [学会発表] Essential role of Nanos3 for acquisition of germ cell identity in mice (2008)
  • 著者名/発表者名: Kobayakawa, S., Saga, Y., Abe K.
  • 学会等名: 22nd International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Prague, Czech Republic
  • 年月日: 2008-11-05
• [学会発表] In Vivo Measurement of Gene Expression, Nuclear Organization and Subcellular Organelle Dynamics in Live Animals Using a Novel Laser Scanning Microscopy System (2008)
  • 著者名/発表者名: Liqin Cao
  • 学会等名: 2008 World molecular Imaging Congress
  • 発表場所: Nice, France
  • 年月日: 2008-09-11
• [学会発表] "行動的絶望"を司る量的形質遺伝子の特定-リズム異常を示すCSマウスを用いて- (2008)
  • 著者名/発表者名: 海老原史樹文, ほか11名
  • 学会等名: 日本遺伝学会第80回大会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2008-09-04
• [学会発表] マウス亜種間の兄妹交配で生じる雑種崩壊現象の表現型解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津田薫、持田慶司、吉木淳、森脇和郎、阿部訓也
  • 学会等名: 第55回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2008-05-15
• [学会発表] In vivo measurement ofgene expression, nuclear organization and subcellular organelle dynamics in live animals using a novel laser scanning microscopy system (2008)
  • 著者名/発表者名: Liqin Cao, et. al.
  • 学会等名: 第55回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2008-05-15
• [図書] 生命科学研究の戦略:疾患モデルマウスと表現型解析(表現型解析の潮流・表現型の数値化と定量解析)
  • 著者名/発表者名: 太田聡史、阿部訓也、沼田興治
  • 出版者: 中山書店(印刷中)
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.brc.riken.jp/lab/mcd/mcd2/
• [備考]
  • URL: http://www.brc.riken.jp/lab/mcd/germline/index.html
• [備考]
  • URL: http://www.brc.riken.jp/lab/mcd/mcd2/
• [備考]
  • URL: http://www.brc.riken.jp/lab/mcd/mcd2/