| 研究課題/領域番号 |
20310124
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
応用ゲノム科学
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| 研究機関 | 独立行政法人海洋研究開発機構 |
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研究代表者 |
高見 英人 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, チームリーダー (70359165)
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| 研究分担者 |
堀 沙耶香 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, ポストドクトラル研究員 (20470122)
坪内 泰志 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, ポストドクトラル研究員 (30442990)
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| 連携研究者 |
豊田 敦 国立遺伝学研究所, 特任准教授 (10267495)
堀 沙耶香 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, ポストドクトラル研究員 (20470122)
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| 研究協力者 |
西 真郎 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋・極限環境生物圏領域, 技術研究副主事
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| 研究期間 (年度) |
2008 – 2010
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| 研究課題ステータス |
完了 (2010年度)
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| 配分額 *注記 |
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2009年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
2008年度: 10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
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| キーワード | ゲノム資源 / メタゲノム / メタゲノム情報解析 / 地下生命圏 / 代謝パスウェイ / Chloroflexi / アセチルCoAパスウェイ / Candidate division OP1 / 比較ゲノム解析 / メタゲノム解析 / 極限環境 / 16S rRNA遺伝子 / 微生物多様性 / 遺伝子資源 / メタグノム解析 |
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| 研究概要 |
下北半島東方沖掘削コアサンプルを中心に環境ゲノム調整法を検討したところ、抽出されるDNA量は掘削深度と共に減少するが,DNA量から予測される菌数と顕微鏡観察による結果との間に大差なく,DNA調整法はほぼ確立出来たと考えられる。次に,調整DNA 5サンプルの多様性解析を16S rDNA組成と遺伝子から予測される代謝ポテンシャルに基づいて解析したところ,100mまでの深度ではJS1やChloroflexiに属する菌種が全層準で見られた。各深度から6~8万遺伝子が同定され,浅層準では硫酸呼吸関連遺伝子、中層準ではメタン生合成関連等の遺伝子が特徴的であった。
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