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バンド3の三次元結晶構造解析と陰イオン透過分子機序の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20370035
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関京都大学

研究代表者

小林 拓也  京都大学, 医学研究科, 講師 (20311730)

研究分担者 村田 武士  千葉大学, 理学研究科, 特任准教授 (80415322)
連携研究者 岩田 想  京都大学, 医学研究科, 教授 (60452330)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
19,890千円 (直接経費: 15,300千円、間接経費: 4,590千円)
2010年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2009年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2008年度: 7,670千円 (直接経費: 5,900千円、間接経費: 1,770千円)
キーワードX線結晶解析 / 赤血球 / アニオントランスポーター / バンド3 / 結晶構造解析 / 抗体 / 共結晶
研究概要

2000年以降、濱崎らはヒト赤血球よりバンド3の膜貫通ドメインを単一に精製する方法を確立し、2005年から小林らとバンド3の結晶構造解析に向けて共同研究がスタートした。2008~2010年の基盤研究(B)(代表者 小林)では、バンド3に対する構造認識抗体を作製し、アニオン輸送の阻害剤を噛ませて外向き型に固定化したバンド3/抗体(Fab)複合体を結晶化した。その結果、マイクロフォーカスビームやピクセル検出器を用いた低振動角測定/ラインスキャンをはじめとしたビームラインの特長を生かして3.4Åを超える分解能でデータを収集することに成功した。現在、分解能3.4Åの電子密度図に対しモデル構築と精密化を進めている。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 16件) 学会発表 (7件) 図書 (3件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Evaluation of the Pichia pastoris expression system for the production of GPCRs for structural analysis.2011

    • 著者名/発表者名
      H.Asada, T.Uemura, T.Yurugi-Kobayashi, M.Shiroishi, T.Shimamura, H.Tsujimoto, K.Ito, T.Sugawara, T.Nakane, N.Nomura, T.Murata, T.Haga, S.Iwata, T.Kobayashi.
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories (in press)

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cloning, expression and purification of the anion exchanger 1 homologue from the basidiomycete Phanerochaete chrysosporium.2011

    • 著者名/発表者名
      N.Tokuda, K.Igarashi, T.Shimamura, T.Yurugi-Kobayashi, M.Shiroishi, K.Ito, T.Sugawara, H.Asada, T.Murata, N.Nomura, S.Iwata, T.Kobayashi.
    • 雑誌名

      Protein Expr. Purif. (in press)

    • NAID

      120003255719

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cysteine-to-serine shuffling using a yeast expression system improves protein secretion : case of a nonglycosylated mutant of miracullin, a taste-modifying protein.2011

    • 著者名/発表者名
      K.Ito, T.Sugawara, A.Koizumi, K.Nakajima, A.Shimizu-Ibuka, M.Shiroishi, H.Asada, T.Yurugi-Kobayashi, T.Shimamura, T.Asada, T.Misaka, S.Iwata, T.Kobayashi, K.Abe.
    • 雑誌名

      Biotech. Lett. 33

      ページ: 103-107

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of Glucansucrase form the dental caries pathogen Streptococcus mutans.2011

    • 著者名/発表者名
      K.Ito, S.Ito, T.Shimamura, S.Weyand, Y.Kawarasaki, T.Misaka, K.Abe, T.Kobayashi, A.D.Cameron, S.Iwata.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. (in press)

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of a Glucansucrase from the dental caries pathogen Streptococcus mutans.2010

    • 著者名/発表者名
      K.Ito, S.Ito, T.Shimamura, Y.Kawarasaki, T.Kobayashi, S.Iwata.
    • 雑誌名

      Acta. Crystallogr. Sect.F 66

      ページ: 1086-1088

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bulky high-mannose-type N-glycan blocks the taste-modifying activity of miraculin. Biochim.2010

    • 著者名/発表者名
      K.Ito, T.Sugawara, A.Koizumi, K.I.Nakajima, A.Shimizu-Ibuka, M.Shiroishi, H.Asada, T.Yurugi-Kobayashi, T.Shimamura, T.Asakura, K.Masuda, M.Ishiguro, T.Misaka, S.Iwata, T.Kobayashi, K.Abe.
    • 雑誌名

      Biophys. Acta. 1800

      ページ: 986-992

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the β-D-glucopyranoside binding site of the human bitter taste receptor hTAS2R16.2010

    • 著者名/発表者名
      T.Sakurai, T.Misaka, M.Ishiguro, K.Masuda, T.Sugawara, K.Ito, T.Kobayashi, S.Matsuo, Y.Ishimaru, T.Asakukra, K.Abe.
    • 雑誌名

      J.Biol. Chem. 285

      ページ: 28373-28378

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bulky high-mannose-type N-glycan blocks the taste-modifying activity of miraculin.2010

    • 著者名/発表者名
      Ito K., et al.
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta.

      巻: 1800 ページ: 986-992

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the beta-D-glucopyranoside binding site of the human bitter taste receptor hTASR16.2010

    • 著者名/発表者名
      Sakurai T., et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 285 ページ: 28373-28378

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of a glucansucrase form the dental caries pathogen Streptococcus mutants.2010

    • 著者名/発表者名
      Ito K., et al.
    • 雑誌名

      Acta.Crystallogr.Sect.F Struct.Biol.Cryst.Commun.

      巻: 66 ページ: 1086-1088

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluorescence-based optimization of human bitter taste receptor expression in Saccharomyces cerevisiae.2009

    • 著者名/発表者名
      T.Sugawara, K.Ito, M.Shiroishi, N.Tokuda, H.Asada, T.Yurugi-Kobayashi, T.Shimamura, T.Misaka, N.Nomura, T.Murata, K.Abe, S.Iwata, T.Kobayashi.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res.Commun. 382

      ページ: 704-710

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of functional non-glycosylated GPCRs expression in Pichia pastoris.2009

    • 著者名/発表者名
      T.Yurugi-Kobayashi, H.Asada, M.Shiroishi, T.Shimamura, S.Funamoto, N.Katsuta, K.Ito, T.Sugawara, N.Tokuda, H.Tsujimoto, T.Murata, N.Nomura, K.Haga, T.Haga, S.Iwata, T.Kobayashi.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res.Commun. 380

      ページ: 271-276

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of functional non-glycosylated GPCRs expression in Pichia pastoris.2009

    • 著者名/発表者名
      Takami Yurugi-Kobayashi, et al.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communiacations 380

      ページ: 271-276

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluorescence-based optimization of human bitter taste receptor expression in Saccharomyces cerebisiae.2009

    • 著者名/発表者名
      Taishi Sugawara, et al.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communiacations (in press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Advanced method for high-throughput expression of mutated eukaryotic membrane proteins in Saccharomyces cerevisiae.2008

    • 著者名/発表者名
      K.Ito, T.Sugawara, M.Shiroishi, N.Tokuda, A.Kurokawa, T.Misaka, H.Makyio, T.Yurugi-Kobayashi, T.Shimamura, N.Nomura, T.Murata, K.Abe, S.Iwata, T.Kobayashi.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res.Commun. 371

      ページ: 841-845

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interaction and stoichiometry of the peripheral stalk subunits NtpE and NtpF and the N-terminal hydrophilic domain of NtpI of Enterococcus hirae V-ATPase.2008

    • 著者名/発表者名
      M.Yamamoto, S.Unzai, S.Saijo, K.Ito, K.Mizutani, C.Suno-Ikeda, Y.Yabuki-Miyata, T.Terada, M.Toyama, M.Shirouzu, T.Kobayashi, Y.Kakinuma, I.Yamato, S.Yokoyama, S.Iwata, T.Murata.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 283

      ページ: 19422-19431

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Gタンパク共役受容体(GPCR)の三次元結晶構造解析への試み2011

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 学会等名
      第84回日本薬理学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2011-03-24
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] A GFP-based platform for rapid construction and evaluation of highly expressed and stable GPCR variants in Saccharomyces cerevisiae2010

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 学会等名
      GPCR workshop
    • 発表場所
      Hawaii
    • 年月日
      2010-12-10
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Yeast expression : a GFP-based platform for rapid construction and evaluation of highly expressed and stable GPCR variants in S.cerevisiae.2010

    • 著者名/発表者名
      Takuya Kobayashi
    • 学会等名
      GPCR Workshop
    • 発表場所
      Hawaii(USA)
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] G蛋白質共役受容体(GPCR)の構造解析に向けて「生産から結晶構造解析までの技術開発」2009

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 学会等名
      第82回日本生化学会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-10-22
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] G蛋白質共役受容体 (GPCR) の構造解析に向けて「生産から結晶構造解析までの技術開発」シンポジウム2009

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 学会等名
      日本生化学会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-10-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Towards Structure Determination of Human Membrane Receptors and Production of Functional GPCRs in Pichi pastoris2008

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 学会等名
      第5回GPCR研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-05-09
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Towards Structure Determination of Human Membrane Receptors -from Prostanoid receptor studies-、播磨放射光施設2008

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 学会等名
      GPCRシンポジウム
    • 年月日
      2008-02-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] Gタンパク質共役受容体(GPCR)の三次元結晶構造解析への試み、23-292011

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 出版者
      バイオインダストリー(シーエムシー出版)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] Advanced technologies to determine the 3D structure of taste receptors. The Sense of Taste.2011

    • 著者名/発表者名
      K.Ito, T.Misaka, K.Abe, T.Kobayashi
    • 出版者
      Nova Science Publishers, Inc.(印刷中)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] バイオインダストリー Gタンパク質共役受容体(GPCR)の三次元結晶構造解析への試み2011

    • 著者名/発表者名
      小林拓也
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考] ホームページ等

    • URL

      http://www.med.kyoto-u.ac.jp/J/grad_school/introduction/1502/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [産業財産権] 膜蛋白質の立体構造を認識するモノクローナル抗体のスクリーニング方法2010

    • 発明者名
      小林拓也、岩田想, ら
    • 権利者名
      科学技術振興機構JST
    • 出願年月日
      2010
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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