次世代シーケンサを用いた細菌感染症の迅速診断法の構築

• 研究課題/領域番号: 20390128
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 細菌学(含真菌学)
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 飯田 哲也 大阪大学, 微生物病研究所, 特任教授 (90221746)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 19,500千円 (直接経費: 15,000千円、間接経費: 4,500千円); 2010年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2009年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2008年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円)
• キーワード: 次世代シーケンサ / 細菌感染症 / 迅速診断法 / 検出 / 下痢症 / 診断 / メタゲノム

研究概要

本研究では、次世代シーケンサを用いて急性下痢症の患者糞便検体を解析することにより、病原体の検出や感染症の発症・治癒過程における病原体と細菌叢の経時的動態の網羅的な追跡が比較的簡便な実験手順で解析可能であることを示した。本法は原理的に細菌の種類にこだわらない検出法であり、今後、下痢症のみならずその他の細菌感染症の病原体検出や、腸内を含む人体細菌叢と病原体の動態解析に威力を発揮するものと期待される。

研究成果

• [雑誌論文] Metagenomic analysis of bacterial infections by means of high-throughput DNA sequencing. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura S., Nakaya T., Iida T.
  • 雑誌名: Exp.Biol.Med. in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Metagenomic analysis of bacterial infections by means of high-throughput DNA sequencing (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, S., Iida, T., et al.
  • 雑誌名: Exp.Biol.Med. 巻: (未定 印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 次世代シーケンサを用いた細菌感染症のメタゲノミック診断 (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 雑誌名: Medical Technology 38 ページ: 227-229
• [雑誌論文] 次世代シーケンサを用いた細菌感染症のメタゲノミック診断 (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 雑誌名: Medical Technology 巻: 38 ページ: 227-229
• [雑誌論文] Two regulators of Vibrio parahaemolyticus play important roles in enterotoxicity by controlling the expression of genes in the Vp-PAI region. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kodama, et al.
  • 雑誌名: PLoS One 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of Vibrio parahaemolyticus thermostable direct hemolysin with lipid rafts is essential for its exerting cytotoxic effect but not its he molvtic activity. (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsuda, et al.
  • 雑誌名: Infect.Immun. 78 ページ: 603-610
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct Metagenomic Detection of Viral Pathogens in Nasal and Fecal Specimens using an Unbiased High-throughput Sequencing Approach. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura S., Yang C.-S., Sakon N., Ueda M., Tougan T., Yamashita A., Goto N., Takahashi K., Yasunaga T., Ikuta K., Mizutani T., Okamoto Y., Tagami M., Morita R., Maeda N., Kawai J., Hayashizaki Y., Nagai Y., Horii T., Iida T., Nakaya T.
  • 雑誌名: PLoS One 4
  • 査読あり
• [雑誌論文] 次世代シーケンサを用いた細菌感染症のメタゲノミック診断 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 雑誌名: JVM 62 ページ: 819-820
• [雑誌論文] 次世代シーケンサーを用いた微生物・感染症解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 231 ページ: 180-181
  • NAID: 10029759115
• [雑誌論文] Genomic taxonomy of vibrios. (2009)
  • 著者名/発表者名: Thompson, et al.
  • 雑誌名: BMC Evol.Biol. 9 ページ: 258-258
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct metagenomic detect ion of viral pathogens in nasal and fecal specimens using an unbiased high-throughput seauencing approach (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, et al.
  • 雑誌名: PLoS One 4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Metagenomic diagnosis of bacterial infections. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, S., Maeda, N., Miron, I.M., Yoh, M., Izutsu, K., Kataoka, C., Honda, T., Yasunaga, T., Nakaya, T., Kawai, J., Hayashizaki, Y., Horii, T., Iida T.
  • 雑誌名: Emerg.Infect.Dis. 14 ページ: 1784-1786
  • 査読あり
• [雑誌論文] Metagenomic diagnosis of bacterial infections (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, et al.
  • 雑誌名: Emerg. Infect. Dis. 14 ページ: 1784-1786
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential replication dynamics for large and smal1 Vibriochromosomes affect gene dosage, expression and location. (2008)
  • 著者名/発表者名: Dryselius, et al.
  • 雑誌名: BMC Genomics 9 ページ: 559-559
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代DNAシーケンサの細菌感染症への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 特別講演日本細菌学会中国四国支部総会
  • 発表場所: 松山大学
  • 年月日: 2010-10-19
• [学会発表] 次世代DNAシーケンサの細菌感染症への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 日本細菌学会中国四国支部総会
  • 発表場所: 松山大学(招待講演)
  • 年月日: 2010-10-16
• [学会発表] Metagenomic analysis of infectious diseases. (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: The 10th Japan-Korea International Symposium on Microbiology
  • 発表場所: Pacifico Yokohama
  • 年月日: 2010-03-26
• [学会発表] Metagenomic analysis of enteric infections. (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 14^<th> International Conference on Emerging Infectious Diseases in the Pacific Rim : Next Generation Diagnostics for Infectious Diseases.
  • 発表場所: Penang, Malaysia
• [学会発表] I believe in sequencing. Symposium : Future high-throughput microbiology laboratory. (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 20th ECCMID, European Cngress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
  • 発表場所: Vienna, Austria
• [学会発表] Metagenomic analysis of intestinal microbiota in infections.国際シンポジウムGut defense and microbial infections (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 第83回日本細菌学会総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] Metagenomic diagnosis of infectious diseases. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tetsuya Iida
  • 学会等名: 12^<th> ISTC-SAC Seminar -Combatine Global Infections-
  • 発表場所: Irkutsk, Russia
  • 年月日: 2009-09-22
• [学会発表] 次世代シーケンサを用いた感染症のメタゲノミツク診断 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 中央大学理工学部
  • 年月日: 2009-03-07
• [学会発表] 次世代シーケンサを用いた微生物・感染症解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 特別講演.日本微生物資源学会第16回大会
  • 発表場所: 大阪大学銀杏会館
• [学会発表] Metagenomic diagnosis of infectious diseases. (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 12^<th> ISTC-SAC Seminar. Combating Global Infections-
  • 発表場所: Irkutsk, Russia
• [学会発表] Metagenomic approach for detection of bacterial pathogens. (2008)
  • 著者名/発表者名: 飯田哲也
  • 学会等名: 2008 International Symposium & Annual Meeting of the Korean Society for Microbiology and Biotechnology.
  • 発表場所: Seoul KyoYuk MunHwa HoeKwan, Seoul, Korea
• [図書] Direct Metagenomic Detection of Viral Pathogens in Human Specimens using an Unbiased High-throughput Sequencing Approach. In: Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats(Ed. Frans J. de Bruijn. Wiley-Blackwell)Hoboken, NJ, USA. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakaya T., Nakamura S., Okamoto Y., Nagai Y., Kawai J., Hayashizaki Y., Iida T., Horii, T.
  • 出版者: an imprint of John Wiley & Sons Ltd in press
• [図書] Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakaya, T., Iida, T., et al.
  • 出版者: Wiles-Blackwell(印刷中)
• [図書] 次世代シークエンサーを用いた感染症の診断と解析メタゲノム解析技術の最前線 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太、中屋隆明、飯田哲也
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] メタゲノム解析技術の最前線 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村昇太、飯田哲也、, 他
  • 出版者: シーエムシー出版