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タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 20500269
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関東京大学

研究代表者

清水 謙多郎  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)

研究分担者 中村 周吾  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (90272442)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2008年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードプロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 / 構造予測 / 構造評価 / 構造精密化 / ブロテオーム
研究概要

PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (62件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (25件) (うち査読あり 24件) 学会発表 (32件) 図書 (3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics

      ページ: 342-347

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sumikoshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics

      ページ: 342-347

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] タンパク質の構造予測手法の開発2011

    • 著者名/発表者名
      清水謙多郎
    • 雑誌名

      科学技術振興機構中国科学技術月報

      ページ: 137-140

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines.2010

    • 著者名/発表者名
      S.Someya, M.Kakuta, M.Morita, K.Sumikoshi, W.Cao, Z.Ge, O.Hirose, S.Nakamura, T.Terada, K.Shimizu
    • 雑誌名

      Advances in Bioinformatics

      ページ: 289301-289301

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines2010

    • 著者名/発表者名
      S.Someya
    • 雑誌名

      Advances in Bioinformatics

      巻: 289301

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular defect of isovaleryl-CoA dehydrogenase in the skunk mutant of silkworm, Bombyx mori.2010

    • 著者名/発表者名
      K.Urano
    • 雑誌名

      FEBS Journal

      巻: 277 ページ: 4452-4463

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A self-organizing state space approach to infer time-varying causalities between regulatory proteins2010

    • 著者名/発表者名
      O.Hirose
    • 雑誌名

      Proceedings of International Conference on Information Technology in Bio- and Medcial Informatics, Lecture Notes in Computer Science

      巻: 6266 ページ: 158-171

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a retention time prediction method for HPLC and application to metabolome analysis2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hagiwara
    • 雑誌名

      Bioinformation

      巻: 5 ページ: 255-258

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009

    • 著者名/発表者名
      T.Furuta, K.Shimizu, T.Terada
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 472

      ページ: 134-139

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      S.Nakamura, K.Shimizu
    • 雑誌名

      GIW 2009 23

      ページ: 106-116

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins, Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB)2009

    • 著者名/発表者名
      W.Cao, K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Kitamoto, K.Shimizu
    • 雑誌名

      Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series 5462

      ページ: 164-175

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Using a new GPI-anchored-protein identification system to mine the protein databases of Aspergillus fumigatus, Aspergillus nidulans, and Aspergillus oryzae2009

    • 著者名/発表者名
      W.Cao
    • 雑誌名

      J.Gen.Appl.Microbiol

      巻: 55 ページ: 381-393

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Generalized Conformational Energy Function of DNA Derived from Molecular Dynamics Simulations2009

    • 著者名/発表者名
      S.Yamasaki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 37

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multicanonical ab inito QM/MM Molecular Dynamics Simulation of a Peptide in an Aqueous Environment2009

    • 著者名/発表者名
      R.Jono
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem

      巻: 31 ページ: 1168-1175

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins2009

    • 著者名/発表者名
      W.Cao
    • 雑誌名

      Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series

      巻: 5462 ページ: 164-175

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anti-metatype peptides, a new molecular tool to monitor small ligands at high sensitivity and specificity2009

    • 著者名/発表者名
      J.Inaba
    • 雑誌名

      Analytical Biochemistry

      巻: 388 ページ: 63-70

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      S.Nakamura
    • 雑誌名

      GIW 2009

      巻: 23 ページ: 106-116

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity2009

    • 著者名/発表者名
      K.Kadota
    • 雑誌名

      Algorithms for Molecular Biology

      巻: 4 ページ: 7-7

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009

    • 著者名/発表者名
      T.Furuta
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 492 ページ: 134-139

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009

    • 著者名/発表者名
      Tadaomi Furuta, Kentaro Shimizu,Tohru Terada
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 472

      ページ: 134-139

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information2008

    • 著者名/発表者名
      M.Kakuta, S.Nakamura, K.Shimizu
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics 49

      ページ: 25-35

    • NAID

      110006684907

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Refinement of comparative models of protein structure by using multicanonical molecular dynamics simulations2008

    • 著者名/発表者名
      R.Ishitani, T.Terada, K.Shimizu
    • 雑誌名

      Molecular Simulation 34

      ページ: 327-336

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008

    • 著者名/発表者名
      M.Morita, S.Nakamura, K.Shimizu
    • 雑誌名

      PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 73, 2

      ページ: 468-479

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Refinement of comparative models of protein structure by using multicanonical molecular dynamics simulations2008

    • 著者名/発表者名
      Ryuuchiro Ishitani, Tohru Terada, Kehtaro Shimizu
    • 雑誌名

      Molecular Simulation 34

      ページ: 327-336

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A compahson of generahzed Born methods in folding simulations2008

    • 著者名/発表者名
      Tohru Terada, Kentaro Shimizu
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 460

      ページ: 295-299

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Finding genes related to the difference in drug-dose responses for multiple scle rosis disease by using a suneryised learnina annroach2010

    • 著者名/発表者名
      O.Hirose
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-12-14
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Carbohydrate-binding proteins : A sequence-based prediction model and the data base develonment2010

    • 著者名/発表者名
      W.Cao
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-12-13
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 絶対独立性好熱水素細菌Hydrogenobacter thermophilus TK-6のSerine hydroxyme thyltransferaseとアルドラーゼ活性2010

    • 著者名/発表者名
      千葉洋子
    • 学会等名
      極限環境生物学会年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2010-11-16
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入2010

    • 著者名/発表者名
      角越和也
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質立体構造予測サーバおよびモデル構造の品質評価プラットフォームの開発2010

    • 著者名/発表者名
      中村周吾
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 二次構造情報を取り入れた分子動力学法によるタンパク質立体構造予測法の一般性の検証2010

    • 著者名/発表者名
      寺田透
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 糖鎖結合タンパク質の予測手法の開発2010

    • 著者名/発表者名
      葛臻翼
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Water interactions critically influence geometric and electronic structure of 2His-1 Carboxv Fe-redox centers : a auantum chemistry study2010

    • 著者名/発表者名
      W.Dawson
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Z-DNAを用いた核酸用力場の評価2010

    • 著者名/発表者名
      吉野惇志
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Carbohydrate-binding proteins : A sequence-based prediction model and the database development2010

    • 著者名/発表者名
      W.Cao, S.Someya, M.Kakuta, K.Sumikoshi, S.Nakamura, T.Terada, K. K. K.Shimizu
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      九州大学(福岡)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入2010

    • 著者名/発表者名
      角越和也,中村周吾,清水謙多郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      東北大学(宮城)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 二次構造情報を取り入れた分子動力学法によるタンパク質立体構造予測法の一般性の検証2010

    • 著者名/発表者名
      寺田透,西村麻彦,清水謙多郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      東北大学(宮城)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] The role of H-doping in the electronic structure, spin localization and electron transfer of iron-sulfur [2Fe-2S] proteins2009

    • 著者名/発表者名
      W.Dawson
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-31
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] バイオロジカルユニットを考慮したリガンド結合タンパク質データベースの構築2009

    • 著者名/発表者名
      池澤弘貴,森田瑞樹,清水謙多郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島文理大学(徳島)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション2009

    • 著者名/発表者名
      西村麻彦,寺田透,清水謙多郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島文理大学(徳島)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] An approach to protein-protein docking2009

    • 著者名/発表者名
      K.Sumikoshi
    • 学会等名
      International Symposium on Multi-scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 複数のサポートベクタマシンの組み合わせによるタンパク質局所構造予測法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      中村周吾
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] アミノ酸側鎖のペプチド立体構造に及ぼす影響2009

    • 著者名/発表者名
      城野亮太
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] バイオロジカルユニットを考慮したリガンド結合タンパク質データベースの構築2009

    • 著者名/発表者名
      池澤弘貴
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 計算的手法を用いた酵素設計:部位特異的変異によるパラ水酸化安息香酸水酸化酵素の基質特異性の改変2009

    • 著者名/発表者名
      飛田晃介
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ベイズ統計学的解釈によるタンパク質-DNA認識におけるindirect readoutの評価2009

    • 著者名/発表者名
      山崎智
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるstaphylococcal protein AのB domainのフォールディング機構の研究2009

    • 著者名/発表者名
      西謙一郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション2009

    • 著者名/発表者名
      西村麻彦
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] A self-organizing state space approach to infer time-varying causalities between regulatory proteins2009

    • 著者名/発表者名
      広瀬修
    • 学会等名
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子の溶媒効果:マルチカノニカルQM/MM-MDによる研究2008

    • 著者名/発表者名
      城野亮太,渡邊佑輔,清水謙多郎,寺田透
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-12-05
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] ドメイン配列を用いたタンパク質間相互作用予測2008

    • 著者名/発表者名
      角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子の溶媒効果:マルチカノニカルQM/MM-MDによる研究2008

    • 著者名/発表者名
      城野亮太,渡邊佑輔,清水謙多郎,寺田透
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 精密化プロセスを含めたタンパク質-タンパク質ドッキング手法の開発2008

    • 著者名/発表者名
      角越和也,寺田透,中村周吾,清水謙多郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質構造予測2008

    • 著者名/発表者名
      清水謙多郎
    • 学会等名
      JSTゲノムリテラシー講座
    • 発表場所
      JSTサイエンスプラザ(東京)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質のオーダー・ディスオーダーループの配列構造相関の解析2008

    • 著者名/発表者名
      中村周吾,清水謙多郎
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] タンパク質ペアに対するカーネル関数を用いたタンパク質間相互作用予測2008

    • 著者名/発表者名
      角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるWWドメインのフォールディング機構の解析2008

    • 著者名/発表者名
      西村麻彦,西謙一郎,寺田透,清水謙多郎
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] 中国科学技術月報第44号中国・日本科学最前線-研究の現場から-2011年版(タンパク質の構造予測手法の開発)2011

    • 著者名/発表者名
      清水謙多郎
    • 出版者
      科学技術振興機構中国総合研究センター
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] 遺伝子医学MOOK14次世代創薬テクノロジー実践:インシリコ創薬の最前線(タンパク質のabinitio構造予測)2009

    • 著者名/発表者名
      中村周吾,清水謙多郎
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] タンパク質のab initio構造予測2009

    • 著者名/発表者名
      中村周吾
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] ホームページ等

    • URL

      http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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