質量分析プロテオミクスにおける網羅的スプライシング部位解析法の開発

• 研究課題/領域番号: 20500271
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 広島大学
• 研究代表者: 石野 洋子 広島大学, 産学・地域連携センター, 研究員 (90373266)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2010年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2008年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: プロテオーム情報処理 / 機械学習 / バイオインフォマティクス

研究概要

発現しているアミノ酸の部分配列を質量分析プロテオームデータから直接同定する方法(denovo法)に、新たにペプチドごとの物理化学的特性の情報を取り入れた探索を組み合わせることで、網羅的に選択的スプライシング部位を検出する新規な方法を考案することを目指した。しかし、実データによる検証では、あまり良い結果が得られなかったため、原因のひとつと考えられる質量分析データの精度を改善することを検討した。その結果、測定後に計算によってデータを較正する方法を新たに開発し、分裂酵母のプロテオームデータで有効性を確認した。

研究成果

• [雑誌論文] In Silico 3D Structure Prediction of Activated GPCRs as a Drug Target (2011)
  • 著者名/発表者名: 石野洋子, 原田隆範
  • 雑誌名: Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics ページ: 261-265
  • 査読あり
• [雑誌論文] In Silico 3D Structure Prediction of Activated GPCRs as a Drug Target (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada
  • 雑誌名: Proc.of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics ページ: 261-265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dead time loss correction of mass errors occurring in high-throughput proteomics based on electrospray ionization time-of-flight tandem mass spectrometry (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
  • 雑誌名: Rapid Communications in Mass Spectrometry Vol.24 ページ: 1490-1495
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dead time loss correction of mass errors occurring in high-throughput proteomics based on electrospray ionization time-of-flight tandem mass spectrometry (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Ishino, H.Taniguchi
  • 雑誌名: Rapid Communications in Mass Spectrometry (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 実数値GAを用いた薬物標的GPCRの活性型立体構造の探索 (2009)
  • 著者名/発表者名: 石野洋子, 原田隆範, 相田美砂子
  • 雑誌名: 人工知能学会論文誌 Vol.24 ページ: 386-396
  • NAID: 130000137873
  • 査読あり
• [雑誌論文] プロテオミクスによるタンパク質リン酸化の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山内英美子, 石野洋子, 小西博昭
  • 雑誌名: 生体の科学 Vol.60 ページ: 151-157
  • 査読あり
• [雑誌論文] 実数値GAを用いた薬物標的GPCRの活性型立体構造の探索 (2009)
  • 著者名/発表者名: 石野洋子, 原田隆範, 相田美砂子
  • 雑誌名: 人工知能学会論文誌 24 ページ: 386-396
  • NAID: 130000137873
  • 査読あり
• [雑誌論文] プロテオミクスによるタンパク質リン酸化の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山内英美子, 石野洋子, 小西博昭
  • 雑誌名: 生体の科学 (印刷中)
  • 査読あり
• [学会発表] In Silico 3D Structure Prediction of Activated GPCRs as a Drug Target (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada
  • 学会等名: the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB2011)
  • 発表場所: Peninsula Excelsior Hotel, Singapore
• [学会発表] An Accurate Mass Error Correction Method in LC-MS/MS Proteome Analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
  • 学会等名: the 9th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2011)
  • 発表場所: Incheon, Korea
• [学会発表] In Silico 3D Structure Prediction of Activated GPCRs as a Drug Target (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada
  • 学会等名: 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB2011)
  • 発表場所: Singapore
• [学会発表] An Accurate Mass Error Correction Method in LC-MS/MS Proteome Analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
  • 学会等名: The 9^<th> Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2011)
  • 発表場所: Incheon, Korea
• [学会発表] A Posteriori Calibration Method for Genome-Wide Proteomics Using LC/ESI-TOF MS/MS (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
  • 学会等名: the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
• [学会発表] A Posteriori Calibration Method for Genome-Wide Proteomics Using LC/ESI-TOF MS/MS (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
  • 学会等名: The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
• [学会発表] Prediction of Eukaryotic Translation Initiation Sites Using Machine Learning (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino
  • 学会等名: the 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Search for 3D Structure of Drug Target GPCR Active Forms, BioInfo2009 (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada, Misako Aida
  • 学会等名: CBI (the Chem-Bio Informatics Society) and KSBSB (the Korean Society for Bioinformatics) Joint Conference
  • 発表場所: Busan, Korea
• [学会発表] Prediction of Eukaryotic Translation Initiation Sites Using Machine Learning (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino
  • 学会等名: the 20^<th> International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Search for 3D Structure of Drug Target GPCR Active Forms (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada, Misako Aida
  • 学会等名: Biolnfo2009, CBI (the Chem-Bio Informatics Society) and KSBSB (the Korean Society for Bioinformatics) Joint Conference
  • 発表場所: Busan, Korea
• [学会発表] Conformation Search of Drug Target GPCR Using Real-Coded Genetic Algorithm (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada, Misako Aida
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Senri Life Science Center, Osaka, Japan
  • 年月日: 2008-12-16
• [学会発表] Conformation Search of Drug Target GPCR Using Real-Coded Genetic Algorithm (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoko Ishino, Takanori Harada, Misako Aida
  • 学会等名: the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Osaka, Japan