オミックス解析によるマイクロRNAのがんにおける役割の解明

• 研究課題/領域番号: 20510184
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 福岡 豊 東京医科歯科大学, 大学院・疾患生命科学研究部, 准教授 (30242217)
• 研究分担者: 水島 洋 (水島 洋一) 東京医科歯科大学, 大学院・疾患生命科学研究部, 特任教授 (50219630) ; 田中 博 東京医科歯科大学, 大学院・疾患生命科学研究部, 教授 (60155158)
• 連携研究者: 稲岡 秀検 北里大学, 医療衛生学部, 講師 (30282768)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円); 2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2008年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
• キーワード: システムゲノム / がん / マイクロRNA / 遺伝子 / 発現 / マイクロアレイ / microRNA / バイオインフォマティクス / 肝臓がん / 遺伝子発現 / 肝細胞がん

研究概要

本補助事業では、マイクロRNA(miRNA)が近傍遺伝子の発現・転写制御にかかわっている可能性が高いと考え、原発性の肝細胞がんと周囲の非がん部において、miRNA近傍の遺伝子の発現量を調べ、がん部と非がん部でmiRNA近傍の遺伝子の発現状態が異なることを見出した。さらに、両者の違いは距離が近いほど顕著であり、miRNAと近傍遺伝子の発現の相関係数が有意に異なることを示した。

研究成果

• [雑誌論文] 次世代オミックス医学への展開 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田中博、福岡豊
  • 雑誌名: 計測と制御 49 ページ: 537-542
  • NAID: 10026585811
• [雑誌論文] 臨床データの公的利用とトランスレーショナル研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 高井貴子、福岡豊、田中博
  • 雑誌名: 計測と制御 49 ページ: 553-557
  • NAID: 10026585838
• [雑誌論文] iCOD : an integrated clinical omics database based on the systems-pathology view of disease, (2010)
  • 著者名/発表者名: Shimokawa K, Mogushi K, Shoji S, Hiraishi A, Mizushima H, Tanaka H
  • 雑誌名: BMC Genomics 11, Sup4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Up-regulation of PSF1 promotes the growth of breast cancer cells (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakahara I, Miyamoto M, Shibata T, Akashi-Tanaka S, Kinoshita T, Mogushi K, Oda K, Ueno M, Takakura N, Mizushima H, Tanaka H, Ohta T
  • 雑誌名: Genes Cells 15 ページ: 1015-1024
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical omics analysis of colorectal cancer incorporating copy number aberrations and gene expression data (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshida T, Kobayashi T, Itoda M, Muto T, Miyaguchi K, Mogushi K, Shoji S, Shimokawa K, Iida S, Uetake H, Ishikawa T, Sugihara K, Mizushima H, Tanaka H
  • 雑誌名: Cancer Inform 29 ページ: 147-161
  • 査読あり
• [雑誌論文] MUC12 mRNA expression is an independent marker of prognosis in stage II and stage III colorectal cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsuyama T, Ishikawa T, Mogushi K, Yoshida T, Iida S, Uetake H, Mizushima H, Tanaka H, Sugihara K
  • 雑誌名: Int J Cancer 127 ページ: 2292-2299
  • 査読あり
• [雑誌論文] 次世代オミックス医学への展開 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田中博, 福岡豊
  • 雑誌名: 計測と制御 巻: 49 ページ: 537-542
  • NAID: 10026585811
• [雑誌論文] 臨床データの公的利用とトランスレーショナル研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 高井貴子, 福岡豊, 田中博
  • 雑誌名: 計測と制御 巻: 49 ページ: 553-557
  • NAID: 10026585838
• [雑誌論文] The phenotype and genotype experiment object model (PaGE-OM) : a robust data structure for information related to DNA variation (2009)
  • 著者名/発表者名: Brookes AJ, Lehvaslaiho H, Muilu J, Shigemoto Y, Oroguchi T, Tomiki T, Mukaiyama A, Konagaya A, Kojima T, Inoue I, Kuroda M, Mizushima H, Thorisson GA, Dash D, Rajeevan H, Darlison MW, Woon M, Fredman D, Smith AV, Senger M, Naito K, Sugawara H
  • 雑誌名: Hum Mutat 30 ページ: 968-977
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression of Aurora B and alternative variant forms in hepatocellular carcinoma and adjacent tissue (2009)
  • 著者名/発表者名: Yasen M, Mizushima H, Mogushi K, Obulhasim G, Miyaguchi K, Inoue K, Nakahara I, Ohta T, Aihara A, Tanaka S, Arii S, Tanaka H
  • 雑誌名: Cancer Sci 100 ページ: 472-480
  • NAID: 10025143395
  • 査読あり
• [雑誌論文] シリコーン膜ひずみと膜接着細胞のひずみとの比較 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小林こず恵、岸亜由美、田中真澄、稲岡秀検、根武谷吾、福岡豊、小林弘祐、野城真理
  • 雑誌名: 生体医工学 47 ページ: 464-469
  • 査読あり
• [雑誌論文] シリコーン膜のひずみと膜接着細胞のみずみとの比較 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小林こず恵、岸亜由美、田中真澄、稲岡秀検、根武谷吾、福岡豊, ほか
  • 雑誌名: 生体医工学 47 ページ: 464-469
  • 査読あり
• [学会発表] 生命情報の統合的解析-MEと生命情報の架け橋をめざして- (2010)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊
  • 学会等名: 第25回生体・生理工学シンポジウム
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] 肝細胞がんにおけるmicroRNA発現量と近傍遺伝子発現量の相関解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊、岩村泰輔、根本翔太、宮口健、飯村諭、内山孝憲、稲岡秀検、Mahmut Y、水島洋、田中真二、有井滋樹、野城真理、田中博、Kohane IS
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Adaptive Threshold for detecting differentially expressed genes in microarray data-a simulation study to investigate its performance (2010)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊, 稲岡秀検, 野城真理
  • 学会等名: The 32nd International IEEE EMBS Conference
  • 発表場所: Buenos Aires
• [学会発表] Genome-wide DNA methylation analysis in tumor and normal tissues from lung squamous cell carcinoma and serous cystadenocarcinoma (2010)
  • 著者名/発表者名: 稲岡秀検, 福岡豊, 野城真理
  • 学会等名: IEEE International Conference on Bioinfomatics & Biomedicine
  • 発表場所: Hong Kong
• [学会発表] Clinical gene network analysis on inflammatory bowel disease (2010)
  • 著者名/発表者名: Suzuki S, Takai-Igarashi T, Fukuoka Y, Tanaka H, Fusaro V, Pivovarov R, Tonellato PJ
  • 学会等名: International Omics Symposium
  • 発表場所: Yokoyama
• [学会発表] 生命情報の統合的解析-MEと生命情報の架け橋を目指して- (2010)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊
  • 学会等名: 第25回生体生理工学シンポジウム
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] Microarray analysis of mRNA expressions related to IL-6 in stretched normal human pulmonary artery endothelial cells (2010)
  • 著者名/発表者名: 小林こず恵, 田中真澄, 稲岡秀検, 根武谷吾, 福岡豊, 小林弘祐, 野城真理
  • 学会等名: 第49回日本生体医工学会大会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] Effects of cyclic stretch on early response gene expressions in normal human pulmonary artery endothelial cells in vitro (2010)
  • 著者名/発表者名: K Kobayasbi, M Tanaka, H Ina-oka, K Kokubo, S Nebuya, Y Fukuoka, H Kobayashi, M Noshiro
  • 学会等名: IEEE International Conference on Bioinfomatics & Biomedicine
  • 発表場所: Hong Kong
• [学会発表] Genome-wide DNA methylation analysis in tumor and normal tissues from lung squamous cell carcinoma and serous cystadeno-carcinoma (2010)
  • 著者名/発表者名: H Inaoka, Y Fukuoka, M Noshiro
  • 学会等名: IEEE International Conference on Bioinfomatics & Biomedicine
  • 発表場所: Hong Kong
• [学会発表] 肝細胞がんにおけるmicroRNA発現量と近傍遺伝子発現量の関係 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩村泰輔、福岡豊、内山孝憲、稲岡秀検、Mahmut Y、水島洋、田中真二、有井滋樹、野城真理、田中博、Kohane IS
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 大規模がん発現データにおける共発現解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 稲岡秀検、福岡豊、野城真理
  • 学会等名: 第48回日本生体医工学会大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Cytokine productions and gene expressions caused by mechanical stretching of normal human pulmonary artery endothelial cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi K, Tanaka M, Inaoka H, Nebuya S, Fukuoka Y, Kobayashi H, Noshiro M
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama
• [学会発表] 大規模がん発現データにおける共発現解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 稲岡秀検、福岡豊、野城真理
  • 学会等名: 第48回生体医工学大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 肺胞上皮細胞の機械的伸展による形状変化の測定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小林こず恵、岸亜由美、田中真澄、稲岡秀検、根武谷吾、福岡豊, ほか
  • 学会等名: 第48回生体医工学大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 肺動脈内皮細胞の機械的伸展による形状変化の測定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小林こず恵、岸亜由美、田中真澄、稲岡秀検、根武谷吾、福岡豊, ほか
  • 学会等名: 第24回生体生理工学シンポジウム
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] 肝細胞がんにおけるmicroRNA発現量と近傍遺伝子発現量の関係 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩村泰輔、福岡豊、内山孝憲、稲岡秀検、Muhmut Y、水島洋, ほか
  • 学会等名: 第32回分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Co-expression analysis in close physical proximity using tumor data (2009)
  • 著者名/発表者名: 稲岡秀検, 福岡豊, 野城真理
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama
• [学会発表] 肝細胞がんにおけるmicroRNAと近傍の遺伝子の発現の関係 (2008)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊, 稲岡秀検査, 岩村泰輔, Y Mohmut, 水島洋ほか
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] 適応闇値による遺伝子発現解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 稲岡秀検, 福岡豊, 野城真理
  • 学会等名: 第23回生体・生理工学シンポジウム
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2008-09-30
• [学会発表] Adaptive threshold to detect biologically meaningfulchanges in microarray data (2008)
  • 著者名/発表者名: Y Fukuoka, H Inaoka, M Noshiro
  • 学会等名: 30th Annu. Intl. Conf. IEEE Eng. Med. Biol. Soc.
  • 発表場所: Vancouver, Canada
  • 年月日: 2008-08-24
• [学会発表] 肝細胞がんにおけるmicroRNAと近傍の遺伝子の発現の関係 (2008)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊、稲岡秀検、岩村泰輔、Mahmut Y、水島洋、田中真二、有井滋樹、内山孝憲、野城真理、田中博、Kohane IS
  • 学会等名: BMB2008
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 適応閾値による遺伝子発現解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 稲岡秀検、福岡豊、野城真理
  • 学会等名: 第23回生体・生理工学シンポジウム
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] Adaptive threshold to detect biologically meaningful changes in microarray data (2008)
  • 著者名/発表者名: 福岡豊, 稲岡秀検, 野城真理
  • 学会等名: 30th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 5708-5711
  • 発表場所: Vancouver
• [図書] 次世代創薬テクノロジー実践:インシリコ創薬の最前線(創薬に向けた生命情報の統合)遺伝子医学MOOK14第3章 (2009)
  • 著者名/発表者名: 田中博