高性能スーパーコンピュータによるタンパク質の機能推定と一般利用のための公開

• 研究課題/領域番号: 20510194
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 長浜バイオ大学
• 研究代表者: 池村 淑道 長浜バイオ大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (50025475)
• 研究分担者: 阿部 貴志 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助教 (30390628)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2009年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2008年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: 高性能スーパーコンピュータ / タンパク質機能推定 / SOM / 自己組織化マップ / 地球シミュレータ / 系統推定分子マーカー

研究概要

データベース中の大量な機能未知なタンパク質について、機能既知の全タンパク質と混合し、3～5連アミノ酸のBLSOMを作成して、機能既知タンパク質と共に自己組織化する機能未知のタンパク質を検索した。200アミノ酸のwindowを設けて50アミノ酸のstepで移動させることで、大型タンパク質も解析可能となった。スパコンで作成した大規模BLSOM上に、各研究者がPCレベルの計算機を用いて、着目する機能未知のタンパク質をマップして機能を推定する方法を確立した。

研究成果

• [雑誌論文] A Novel Bioinformatics Strategy to Predict Direcitional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki Y., Wada K., Itoh M., Ikemura T., Abe T.
  • 雑誌名: WSOM 2011(J.Laaksonen and T.Honkela (Eds.)) 巻: LNCS6731 ページ: 198-206
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of directional changes of influenza A virus genome sequences with emphasis on pandemic H1N1/09 as a model case (2011)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki Y., Abe T., Wada K., Itoh M., Ikemura T.
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 18 ページ: 125-136
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel bioinformatics strategy for searching industrially useful genome resources from metagenomic sequence libraries (2011)
  • 著者名/発表者名: Uehara H., Iwasaki Y., Wada C., Ikemura T., Abe T.
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 86 ページ: 53-66
  • NAID: 10029516253
  • 査読あり
• [雑誌論文] Metagenomic analysis of 0.2-μm-passable microorganisms in deep-sea hydrothermal fluid (2011)
  • 著者名/発表者名: R.Nakai, T.Abe, H.Takeyama, T.Naganuma
  • 雑誌名: Marine Biotechnology 巻: 13(5) ページ: 900-908
  • 査読あり
• [雑誌論文] tRNADB-CE 2011 : tRNA gene database curated manually by experts (2011)
  • 著者名/発表者名: Abe T., Ikemura T., et.al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 39
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel bioinformatics strategy for function prediction of poorly-characterized protein genes obtained from metagenome analyses (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, S. Kanaya, H. Uehara, T.
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 16 号: 5 ページ: 287-298
  • DOI: 10.1093/dnares/dsp018
• [雑誌論文] Batch-Learning Self-Organizing Map for Predicting Functions of Poorly-Characterized Proteins Massively Accumulated (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, S. Kanaya, T.
  • 雑誌名: Proceedings of Workshop 2009 on Self-Organizing Maps 巻: Vol.5629 ページ: 1-9
  • DOI: 10.1007/978-3-642-02397-2_1
  • ISBN: 9783642023965, 9783642023972
• [雑誌論文] A Large-Scale Genomics Studies Conducted with Batch-Learning SOM Utilizing High-Performance Supercomputers (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, Y. Hamano, S. Kanaya, K. Wada, T.
  • 雑誌名: Proceedings of the 10th International Work Conference on Artificial Neural Networks 巻: Vol.5517 ページ: 829-836
  • DOI: 10.1007/978-3-642-02478-8_104
  • ISBN: 9783642024771, 9783642024788
• [雑誌論文] tRNADB-CE : tRNA gene database curated manually by experts (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, T. Ikemura, Y. Ohara, H. Uehara, M. Kinouchi, S. Kanaya, Y. Yamada A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: Vol.37 号: suppl_1 ページ: 163-168
  • DOI: 10.1093/nar/gkn692
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role of Glucocorticoid Receptor in the Regulation of Cellular Sensitivity to Irinotecan Hydrochloride (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Akagi, T. Fukagawa, Y. Kage, H. To, N. Matsunaga, S. Koyanagi, A. Uchida, A. Fujii, H. Iba, T. Ikemura, H. Aramaki, S. Higuchi, S.
  • 雑誌名: Journal of Pharmacological Sciences 巻: 109 号: 2 ページ: 265-274
  • DOI: 10.1254/jphs.08219FP
  • NAID: 10025734592
  • ISSN: 1347-8613, 1347-8648
• [雑誌論文] A novel bioinformatics strategy for function prediction of poorly-characterized protein genes obtained from metagenome analyses (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Abe, S.Kanaya, H.Uehara, T.Ikemura
  • 雑誌名: DNA Research 16 ページ: 287-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] Batch-Learning Self-Organizing Map for Predicting Functions of Poorly-Characterized Proteins Massively Accumulated (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Abe, S.Kanaya, T.Ikemura
  • 雑誌名: J.C.Principe and R.Miikkulainen(Eds.) : WSOM2009 LNCS 5629 ページ: 1-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Large-Scale Genomics Studies Conducted with Batch-Learning SOM Utilizing High-Performance Supercomputers. (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Abe, Y.Hamano, S.Kanaya, K.Wada, T.Ikemura
  • 雑誌名: J.Cabestany, et al. (Eds. ) : IWANN2009 Part I, LNCS 5517 ページ: 829-836
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intra-Species Diversity between Seven Bifidobacterium adolescentis Strains Identified by Genome-Wide Tiling Array Analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Yasui, M.Tabata, S.Yamada, T.Abe, T.Ikemura, R.Osawa, T.Suzuki
  • 雑誌名: Biosci.Biotechnol.Biochem. 73 ページ: 1422-1424
  • NAID: 10027542817
  • 査読あり
• [雑誌論文] Batch-Learning Self-Organizing Map for Predicting Functions of Poorly-Characterized Proteins Massively Accumulated. (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe s. Kanaya, T. Ikemura
  • 雑誌名: Proceedings of Workshop 2009 on Self-Organizing Maps accepted
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Large-Scale Genomics Studies Conducted with Batch-Learning SOM Utilizing High-Performance Supercomputers. (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, Y. Hamano, S. Kanaya, K. Wada, T. Ikemura
  • 雑誌名: Proceedings of the 10th International Work Conference on Artificial Neural Networks accepted
  • 査読あり
• [雑誌論文] tRNADB-CE : tRNA gene database curated manually by experts (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, T. Ikemura, Y. Ohara, H. Uehara, M. Kinouchi, S. Kanaya, Y. Yamada A. Muto, H Inokuchi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research Vol. 37, Databaseissue
  • 査読あり
• [雑誌論文] The genome of Pelotomaculum thermopropionicum reveals niche-associated evolution in anaerobic microbiota (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Kosaka, S. Kato, T. Shimoyama, S. Ishii, T. Abe, K.
  • 雑誌名: Genome Res 巻: 18(3) 号: 3 ページ: 442-448
  • DOI: 10.1101/gr.7136508
• [雑誌論文] 公的データベースからの有用遺伝子の発掘:持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築と世界最高水準スーパーコンピュータの利用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 池村淑道, 上原啓史, 棚橋佳世, 阿部貴志
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 巻: Vol.26 ページ: 40-44
  • NAID: 130000091025
  • URL: http://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/26/2/26_40/_article/-char/ja/
• [雑誌論文] データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法による新規情報学的手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 巻: Vol.26 ページ: 31-33
  • NAID: 130000091022
  • URL: http://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/26/2/26_31/_article/-char/ja/
• [雑誌論文] ゲノム配列情報からの効率的な知識発見のための情報学的手法の確立 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 巻: Vol.26 ページ: 20-22
  • NAID: 130000091034
  • URL: http://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/26/1/26_20/_article/-char/ja/
• [雑誌論文] 持続可能型社会への貢献遺伝子データベース (2008)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 棚橋佳世, 阿部貴志, 池村淑道
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 巻: Vol.26 ページ: 17-19
  • NAID: 130000091033
  • URL: http://www.jstage.jst.go.jp/article/cicsj/26/1/26_17/_article/-char/ja/
• [雑誌論文] The genome of Pelotomaculum thermopropionicum reveals niche-associated evolution in anaerobic microbiota (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Kosaka, S. Kato, T. Shimoyama, S. Ishii, T. Abe, K. Watanabe
  • 雑誌名: Genome Res 18(3) ページ: 442-448
  • 査読あり
• [雑誌論文] 公的データペースからの有用遺伝子の発掘 : 持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築と世界最高水準スーパーコンピュータの利用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 池村淑道, 上原啓史, 棚橋佳世, 阿部貴志
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 Vol. 26 ページ: 40-44
• [雑誌論文] データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法による新規情報学的手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 Vol. 26 ページ: 31-33
  • NAID: 130000091022
• [雑誌論文] ゲノム配列情報からの効率的な知識発見のための情報学的手法の確立 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 Vol. 26 ページ: 20-22
  • NAID: 130000091034
• [雑誌論文] 持続可能型社会への貢献遺伝子データペース (2008)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 棚橋佳世, 阿部貴志, 池村淑道
  • 雑誌名: 日本化学会情報化学部会誌 Vol. 26 ページ: 17-19
• [雑誌論文] Microflorae of aquatic moss pillars in a freshwater lake, East Antarctica, based on fatty acid and 16S rRNA gene analyses
  • 著者名/発表者名: Nakai R., Abe T., et al
  • 雑誌名: Polar Biology 巻: (In press)
  • 査読あり
• [学会発表] メタゲノム解析による活性汚泥中の微生物群集構造の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、中田俊芳、佐藤修正、平川英樹、近藤昭宏、杉本千尋、池村淑道
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 年月日: 2012-03-12
• [学会発表] メタゲノム解析による活性汚泥中の微生物群集構造の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、杉本千尋、池村淑道, 他
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-03-12
• [学会発表] 新規情報学的手法を用いた膨大な量のインフルエンザウイルスゲノムからの特徴抽出 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、阿部貴志、和田健之介、伊藤正恵、池村淑道
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-03-10
• [学会発表] tRNADB-CEで公開した全tRNA遺伝子を対象とした自己組織化マップ解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、阿部貴志、池村淑道, 他
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京(口頭)
  • 年月日: 2012-03-10
• [学会発表] 一括学習型自己組織化マップによるメタゲノム配列群を対象とした環境微生物群衆構造推定法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、大井学、上原啓史、岩崎裕貴、和田健之介、池村淑道
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] A novel bioinformatics strategy to investigate sequence characteristics in influenza virus genomes related with their host-adaptaion mechanisms (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、池村淑道、和田健之介、伊藤正恵、阿部貴志
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] tRNADB-CE:エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース (2011)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、池村淑道, 他
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] 転移RNA遺伝子データベース"tRNADB-CE"を用いた転移RNA二次構造のin silico大規模解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井口八郎、池村淑道、武藤あきら、山田優子、阿部貴志
  • 学会等名: 日本遺伝学会第3回大会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-09-21
• [学会発表] 新規情報学的手法を用いた宿主適応に関連したインフルエンザウイルスゲノムの進化学的解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、池村淑道、和田健之介、伊藤正恵、阿部貴志
  • 学会等名: 日本遺伝学会第3回大会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-09-20
• [学会発表] 大量ゲノム配列情報からの効率的な知識発見のための新規情報学的手法の開発とその微生物ゲノム解析への適用 (2011)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志
  • 学会等名: ゲノム微生物学会総会・2011年ゲノム微生物学会研究奨励賞受賞者講演
  • 発表場所: 東北大学
  • 年月日: 2011-08-20
• [学会発表] Prediction of directional changes of influenza A virus genome sequences using BLSOM with emphasis on pandemic H1N1/09 (2011)
  • 著者名/発表者名: Takashi Abe
  • 学会等名: SMBE 2011
  • 発表場所: Kyoto Japan
  • 年月日: 2011-07-27
• [学会発表] A novel evolutionary study to predict directional changes of influenza A virus genome sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Yuki Iwasaki
  • 学会等名: SMBE 2011
  • 発表場所: Kyoto Japan
  • 年月日: 2011-07-27
• [学会発表] 全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学的手法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志
  • 学会等名: 静岡大学GPLバイオサイエンスセミナー
  • 発表場所: 静岡大学
  • 年月日: 2011-06-24
• [学会発表] 全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学的手法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志
  • 学会等名: 静岡大学GPLバイオサイエンスセミナー
  • 発表場所: 静岡大学(招待講演)
  • 年月日: 2011-06-24
• [学会発表] tRNADB-CE : tRNA gene database curated manually by experts (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Abe, T.Ikemura, et al
  • 学会等名: RNA 2011
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-06-17
• [学会発表] A Novel Bioinformatics Strategy to Predict Direcitional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki Y., Wada K., Itoh M., Ikemura T., Abe T.
  • 学会等名: Workshop on Self-Organizing Map 2011
  • 発表場所: Espoo, Finland
  • 年月日: 2011-06-15
• [学会発表] 新規情報学的手法を用いたヒト腸内ならびに環境メタゲノム配列群からの効率的な知識発見 (2011)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、上原啓史、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第151回日本獣医学会学術集会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2011-03-31
• [学会発表] 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた環境由来メタゲノム配列からの環境微生物群集構造の推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大井学、岩崎裕貴、和田健之介、池村淑道、阿部貴志
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会年会
  • 年月日: 2011-03-16
• [学会発表] A novel bioinformatics study of Influenza virus genomes focusing on sequence difference between strains isolated from different host sources (2011)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki Y., Ikemura T., Wada K., Itoh M., Abe T.
  • 学会等名: IUMS 2011
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] 環境ゲノム資源からの環境改善に役立つ有用タンパク質遺伝子セットの新規情報学的な手法による探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 和田千惠子, 中泉友紀, 古田亜耶乃, 岩崎裕貴, 池村淑道, 阿部貴志
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] 一括学習型自己組織化マップ法によるメタゲノム配列解析を対象にした環境微生物群集構造の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 大井学, 伊藤輝二, 岡田和典, 岩崎裕貴, 和田健之介, 金谷重彦, 池村淑道
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-08
• [学会発表] 環境ゲノム資源からの環境改善に役立つ有用タンパク質遺伝子の新規情報学的な手法による探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 和田千惠子, 中泉友紀, 岩崎裕貴, 池村淑道, 阿部貴志
  • 学会等名: 日本遺伝学会第82回大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] 学部教育としての健康への貢献遺伝子データベース～抗生物質生産遺伝子を中心とした遺伝子探索～ (2010)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 第4回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2010-03-07
• [学会発表] Knowledge discovery and database construction for Genes Contributing to "Sustainable World" and Human Health (2010)
  • 著者名/発表者名: H. Uehara, T. Ikemura, H. Inokuchi, C. Wada, Y. Yamada, A. Muto, Y. Ohara, T. Abe
  • 学会等名: Biocuration 2010
  • 発表場所: Okinawa, Japan
• [学会発表] オリゴペプチド組成に基づく一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)法を用いた機能未知のタンパク質類の機能推定法の確立 (2010)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 上原啓史, 金谷重彦, 池村淑道
  • 学会等名: 第4回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 博多
• [学会発表] 学部生とシニア世代の共同作業としての"健康への貢献遺伝子データベース"構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会(ポスタ).
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] A型インフルエンザウイルスの全ゲノム配列を対象とした一括学習型自己組織化マップ法(BL-SOM)による効率的な知識発見とその応用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、和田健之介、池村淑道
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会(ポスタ).
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための一括学習型自己組織化マップ法 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための一括学習型自己組織化マップ法 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会(ポスタ).
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] A型インフルエンザウイルスの全ゲノム配列を対象とした新規情報学的手法による俯瞰的可視化とそこからの効率的知識発見 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、池村淑道
  • 学会等名: 第57回日本ウイルス学会学術集会(ポスタ).
  • 発表場所: 都市センターホテル(東京)
  • 年月日: 2009-10-25
• [学会発表] 学部教育としての「健康」ならびに「持続可能型社会」への貢献遺伝子データベース構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 第82回日本生化学会大会(ポスタ).
  • 発表場所: ポートアイランド(神戸)
  • 年月日: 2009-10-23
• [学会発表] 全インフルエンザAウィルスを対象にした新規情報学的手法による俯瞰的可視化とそにからの知識発見 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、和田健之介、池村淑道
  • 学会等名: 日本遺伝学会第18回大会(口頭).
  • 発表場所: 信州大学(長野)
  • 年月日: 2009-09-18
• [学会発表] オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎裕貴、池村淑道、伊藤正恵、阿部貴志
  • 学会等名: 第18回バイオ情報学研究会(口頭).
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] 環境微生物ゲノム配列からのお宝遺伝子発掘の学部や高校教育における活用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 日本遺伝学会第18回大会(口頭)
  • 発表場所: 信州大学(長野)
  • 年月日: 2009-09-16
• [学会発表] 学部生シニア世代の共同作業としての「高精度・高機能な遺伝子データベース」の構築とその利用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、小原康雄、上原啓史、平野晋也、木ノ内誠、金谷重彦、菅原潤一、金井明夫、山田優子、武藤〓、井口八郎、池村淑道
  • 学会等名: 日本遺伝学会第18回大会(口頭)
  • 発表場所: 信州大学(長野)
  • 年月日: 2009-09-16
• [学会発表] 学部教育としての健康ならびに持続可能型社会への貢献の下遺伝子データベース構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉友紀, 和田千恵子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 統合データベースプロジェクト ンポジウム2009(ポスタ).
  • 発表場所: 東京大学(東京)
  • 年月日: 2009-06-12
• [学会発表] Unveiling microbial diversity of uncultured environmental microbe mixtures and functions of metagenome sequences using Batch Learning Self-Organizing Map(BLSOM) (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, S. Kanaya, T. Ikemura
  • 学会等名: International Symposium on Marine Genomics 2009
  • 発表場所: Okinawa,japan
• [学会発表] Unveiling microbial diversity of uncultured environmental microbe mixtures on the basis of Batch Learning Self-Organizing Map(BLSOM) (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, S. Kanaya, T. Ikemura
  • 学会等名: Xth SCAR International Biology Symposium
  • 発表場所: Hokkaido Univ., Sapporo
• [学会発表] Diversity of green-like ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase(RuBisCO) Large-subunit genes in an Antarctic moss pillar (2009)
  • 著者名/発表者名: R. Nakai, T. Abe, T. Baba, S. Imura, H. Kagoshima, H. Kanda, Y. Kohara, T. Naganuma, H. Niki, K. Yanagihara
  • 学会等名: Xth SCAR International Biology Symposium
  • 発表場所: Hokkaido Univ., Sapporo
• [学会発表] 全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第11回日本進化学会大会
  • 発表場所: 北海道
• [学会発表] 健康への貢献ならびに持続可能型社会への貢献遺伝子データベース (2009)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉夕紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 第3回微生物ゲノム学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 一括学習型自己組織化地図法による全ゲノム・全タンパク質配列を対象にした大規模ポストゲノム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第3回微生物ゲノム学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Unveiling microbial diversity of uncultured environmental microbe mixtures on the basis of Batch Learning Self-Organizing Map(BLSOM) (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Abe, S.Kanaya, T.Ikemura
  • 学会等名: Xth SCAR International Biology Symposium, (Poster)
  • 発表場所: Hokkaido Univ., Sapporo
• [学会発表] Unveiling microbial diversity of uncultured environmental michobe mixtures and functions of metagenome sepuences using Batch Learning Self-Organizing Map(BLSOM) (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Abe, S.Kanaya, T.Ikemura
  • 学会等名: International Symposium on Marine Genomics 2009(Oral)
  • 発表場所: Okinawa, Japan
• [学会発表] 全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第11回日本進化学会大会(ポスタ)
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
• [学会発表] 一括学習型自己組織化地図法による全ゲノム・全タンパク質配列を対象にした大規模ポストゲノム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 学会等名: 第3回微生物ゲノム学会
  • 発表場所: 中央大学、東京
• [学会発表] 健康への貢献ならびに持続可能型社会への貢献遺伝子データベース (2009)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 中泉夕紀, 和田千恵子, 井口八郎, 池村淑道
  • 学会等名: 第3回微生物ゲノム学会
  • 発表場所: 中央大学、東京
• [学会発表] Phylogenetic characterization of non-rRNA sequences from uncultured environmental microbe mixtures on the basis of Batch Learning Self-Organizing Map (BLSOM). (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, H. Sugawara, S. Kanaya, T. Ikemura
  • 学会等名: XXXI Symposium on Polar Biology
  • 発表場所: The National Institute of Polar Research, Tokyo, Japan
  • 年月日: 2008-12-03
• [学会発表] A novel bioinformatics strategy for prediction of functions of a massive amount of poorly-characterized protein genes obtained by metagenome studies (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, S. Kanaya, H. Uehara, T.
  • 学会等名: International Congress of Genetics
  • 発表場所: Berlin, Germany
  • 年月日: 2008-07-17
• [学会発表] A novel bioinformatics strategy for prediction of functions of a massive amount of poorly-characterized protein genes obtained by metagenome studies (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Abe, S. Kanaya, H. Uehara, T. Ikemura
  • 学会等名: XX International Congress of Genetics
  • 発表場所: the International Congress Centrum, Berlin. Germany
  • 年月日: 2008-07-17
• [学会発表] 世界最高水準スーパーコンピュータで可能になる、全ゲノム・全タンパク質配列を対象にした大規模ポストゲノム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS) 2008
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 持続可能型社会ならびに健康への貢献遺伝子データベース (2008)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史、阿部貴志、棚橋佳世、陳キン、陸嘉俊、田中秀和、池村淑道
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 一括学習型自己組織化地図法(Batch-Learning Self-Organizing Map : BLSOM)による環境生物ゲノム由来断片配列からの知識発見 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 一括学習型自己組織化地図法(Batch Learning Self-Organizing Map : SOM)による環境微生物ゲノム群集の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 池村淑道
  • 学会等名: 日本遺伝学会第80回大会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] 一括学習型自己組織化地図法(Batch Learning Self-Organizing Map : SOM)による環境微生物ゲノム群集の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 学会等名: 日本遺伝学会第80回大会
  • 発表場所: 名古屋大学、名古屋
• [学会発表] 一括学習型自己組織化地図法(Batch-Learning Self-Organizing Map : BLSOM)による環境生物ゲノム由来断片配列からの知識発見 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村叔道
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
• [学会発表] 持続可能型社会ならびに健康への貢献遺伝子データペース (2008)
  • 著者名/発表者名: 上原啓史, 阿部貴志, 棚橋佳世, 陳キン, 陸嘉俊, 田中秀和, 池村淑道
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
• [学会発表] 世界最高水準スーパーコンピュータで可能になる、全ゲノム・全タンパク質配列を対象にした大規模ポストゲノム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道
  • 学会等名: バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008
  • 発表場所: MY PLAZA ホール、東京
• [図書] マリンメタゲノムの有効利用(松永是,竹山春子 監修) (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部貴志, 上原啓史, 金谷重彦, 池村淑道
  • 総ページ数: 279
  • 出版者: シーエムシー出版
• [備考]
  • URL: http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi
• [備考] 持続可能型社会への貢献遺伝子データベース
  • URL: http://dbcls.nagahama-i-bio.ac.jp/
• [備考] 持続可能型社会への貢献遺伝子データーベース
  • URL: http://dbcls.nagahama-i-bio.ac.jp/
• [備考] tRNADB-CE:エキスパートがキュレートしたtRNAデータベース
  • URL: http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi