解析的モデルを用いた蛋白質フォールディングの研究

• 研究課題/領域番号: 20540398
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理・化学物理
• 研究機関: 明星大学
• 研究代表者: 鈴木 陽子 明星大学, 理工学部, 准教授 (70342631)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円); 2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2009年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2008年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
• キーワード: 生物物理 / 統計力学 / 物性基礎論 / 蛋白質 / 特性基歴理論 / 蛋白質フォールディング

研究概要

蛋白質フォールディングの機構を解析的モデルを用いて定式化し、蛋白質の天然構造や残基間の相互作用がフォールディングに及ぼす影響について考察した。本研究では、ペプチド鎖をガウス鎖として表し、天然状態(折り畳まれた状態)で互いに近接した距離にあるような残基間に引力相互作用を、全残基対の間(但し隣あう残基対は除く)に斥力相互作用を導入し、蛋白質の構造に基づく幾何学的な因子と構造によらない因子がもたらす影響についての考察を行なった。

研究成果

• [雑誌論文] An semi-analytical description of protein folding that incorporates detailed geometrical information (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoko Suzuki, Jeffery K. Noel, Jose N. Onuchic
  • 雑誌名: J.Chem.Phys. 134 ページ: 245101-245101
  • 査読あり
• [雑誌論文] An analytical Model for Protein folding (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoko Suzuki, Jeffery K. Noel, Jose N. Onuchic
  • 雑誌名: Proc.Of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2009 (FCS2009)(ed. By Y.Kaneda, M.Sasai, K Tachibana)(ISBN:978-4-9904336-0-4) (CD-ROM) ページ: 95-101
• [雑誌論文] An Analytical Model for Protein Folding (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoko Suzuki, JeffK. Noel, Jose N. Onuchic
  • 雑誌名: Proc. of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2009 (FCS2009), ed. by Y. Kaneda, M. Sasai, and Kanta Tachibana (CD-ROM)(ISBN : 978-4-9904336-0-4) ページ: 95-101
• [雑誌論文] An semi-analytical description of protein folding that incorporates detailed geometrical information
  • 著者名/発表者名: Yoko Suzuki, Jeff K.Noel, Jose N.Onuchic
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: (accepted)
  • 査読あり
• [学会発表] 解析的モデルを用いた蛋白質フォールディング (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子
  • 学会等名: 日本物理学会
  • 発表場所: 大阪府立大学
  • 年月日: 2010-09-23
• [学会発表] Analytical Model for Protein Folding improved by introducing topological factors (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子
  • 学会等名: 日本生物物理学会
  • 発表場所: 東北大学
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] トポロジカルな情報を考慮した蛋白質フォールディングの解析的モデルの構築 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子
  • 学会等名: 日本物理学会
  • 発表場所: 岡山大学
  • 年月日: 2010-03-21
• [学会発表] トポロジカルな情報を考慮した蛋白質フォールディングの解析的モデルの構築 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子, Jeff K.Noel, Jose N.Onuchic
  • 学会等名: 日本物理学会(第65回年次大会)
  • 発表場所: 岡山大学
  • 年月日: 2010-03-21
• [学会発表] トポロジカルな情報を考慮した蛋白質フォールディングの解析的モデルの構築IV (2009)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子
  • 学会等名: 日本物理学会
  • 発表場所: 熊本大学
  • 年月日: 2009-09-27
• [学会発表] トポロジカルな情報を考慮した蛋白質フォールディングの解析的モデルの構築IV (2009)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子, Jeff K.Noel, Jose N.Onuchic
  • 学会等名: 日本物理学会(秋季大会)
  • 発表場所: 熊本大学
  • 年月日: 2009-09-27
• [学会発表] トポロジカルな情報を考慮した蛋白質フォールディングの解析的モデルの構築III (2009)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子
  • 学会等名: 日本物理学会
  • 発表場所: 立教大学
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] トポロジカルな情報を考慮した蛋白質フォールディングの解析的モデルの構築III (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoko Suzuki, Jeff K. Noel, Jose N. Onuchic
  • 学会等名: 日本物理学会(第64回年次大会)
  • 発表場所: 立教大学
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] An analytical Model for Protein folding (2008)
  • 著者名/発表者名: 鈴木陽子
  • 学会等名: International Symposium on Frontiers Computational Science 2008
  • 発表場所: Nagoya University
• [学会発表] An Analytical Model for Protein Folding
  • 著者名/発表者名: Yoko Suzuki, JeffK. Noel, Jose N. Onuchic
  • 学会等名: International Symposium on Frontiers Computational Science 2008 (Nagoya University)
  • 発表場所: 名古屋大学(口頭発表)(ポスター発表)
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.hino.meisei-u.ac.jp/phys/youko/faculty/ysuzuki/index.html