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主にベータ構造からなる3種のSH3蛋白質の動的構造と構造変換

研究課題

研究課題/領域番号 20540400
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理・化学物理
研究機関関西医科大学

研究代表者

木原 裕  関西医科大学, 医学部, 教授 (20049076)

研究分担者 新庄 正路  関西医科大学, 医学部, 助教 (90388447)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2010年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円)
2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2008年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワードフォールディング / フォールディング初期中間体 / クライオストップトフロー法 / SH3ドメイン蛋白質 / SH3 / 蛋白質のフォールディング / PI3K SH3 / アミロイド線維形成 / α-ヘリックスの多い初期中間体 / X線溶液散乱 / src SH3 / βラクトグロブリン / αヘリックス / 円偏光二色性
研究概要

立体構造上は,相同なsrc,FynおよびPI3K由来の3種のSH3のフォールディング過程をクライオストップトフロー法で追跡した。結果は3種がそれぞれ異なった過程を通ることが明らかとなった。src SH3は,我々の方法では追跡できないほど速く(室温なら10 μs以内と思われる)できる初期中間体(バースト過程)とその後秒のオーダーでフォールドする過程からなった。一方,Fyn SH3の場合には,バースト過程とそれに続く速い過程およびsrc SH3に匹敵する遅い過程からなっていた。PI3Kでは,バーストの大きさが小さく, 遅い過程が観測された。これは,初期中間体から次の中間体への遷移が共にバーストの時間内で起こっているとすると3種が整合的に説明できる。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 16件) 学会発表 (23件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Denaturant-induced helix-coil transition of oligopeptides : theoretical and equilibrium studies of short oligopeptides C17 and AK162011

    • 著者名/発表者名
      加納文昌,新庄正路,Zhi-jie Qin,Jinsong Li,松村義隆,清水昭夫,寺本明夫,木原裕
    • 雑誌名

      Polymer J. 43

      ページ: 293-300

    • NAID

      10027789600

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] alpha-helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki67.2010

    • 著者名/発表者名
      松村義隆,新庄正路,Anjali Mahajan,Ming-Daw Tsai,木原裕
    • 雑誌名

      Biochimie 92(8)

      ページ: 1031-1039

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] alpha-Helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki672010

    • 著者名/発表者名
      Matsumura Y.
    • 雑誌名

      Biochimie

      巻: 92(8) ページ: 1031-1039

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-native α-helix formation is not neccessary for folding of lipocalin : comparison of burst-phase folding intermediates between tear lipocalin and β-lactoglobulin2009

    • 著者名/発表者名
      Tsukamoto S, Yamashita T, Yamada Y, Fujiwara K, Maki K, Kuwajima K, Matsumura Y, Kihara H, Tsuge H, Ikeguchi M
    • 雑誌名

      Proteins 76(1)

      ページ: 226-236

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Slowing down downhill folding : a three-probe study2009

    • 著者名/発表者名
      Kim SJ, Matsumura Y, Dumont C, Kihara H., Gruebele M.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 97(1)

      ページ: 295-302

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] NMRとX線溶液散乱データから得られる構造情報の加算性,冗長性,相補性(MS51)2009

    • 著者名/発表者名
      小島正樹,野中孝昌,森本康幹,中川隆司,柳茂,木原裕
    • 雑誌名

      日本結晶学会紙 51(1)

      ページ: 92-93

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Urea-dependent unfolding of HIV-1 protease studied by circular dichroism and small-angle X-ray scattering2009

    • 著者名/発表者名
      Kogo H, Takeuchi K, Inoue H, Kihara H, Kojima M, Takahashi K
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics 1794

      ページ: 70-74

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Urea-dependent unfolding of HIV-1 protease studied by circular dichroism and small-angle X-ray scattering2009

    • 著者名/発表者名
      Kogo H, Takeuchi K, Inoue H, Kihara H, Kojima M, Takahashi K
    • 雑誌名

      Biochim.et Biophys.Acta- Proteins and Proteomics 1794

      ページ: 70-74

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Slowing down downhill folding : a three-probe study2009

    • 著者名/発表者名
      Kim SJ, Matsumura Y, Dumont C, Kihara H, Gruebele M.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 97

      ページ: 295-302

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-native α-helix formation is not neccessary for folding of lipocalin : comparison of burst-phase folding intermediates between tear lipocalin and β-lactoglobulin2009

    • 著者名/発表者名
      Tsukamoto S, Yamashita T, Yamada Y, Fujiwara K, Maki K, Kuwajima K, Matsumura Y, Kihara H, Tsuge H, Ikeguchi M
    • 雑誌名

      Proteins 76

      ページ: 226-236

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Urea-dependent unfolding of HIV-1 protease studied by circular dichroism and small-angle X-ray scattering2009

    • 著者名/発表者名
      Kogo H, Takeuchi K, Inoue H, Kihara H, Kojima M, Takahashi K
    • 雑誌名

      Biochimica et biophysica acta- Proteins and Proteomics 1794

      ページ: 70-74

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Slowing down downhill folding : a three-probe study2009

    • 著者名/発表者名
      S. J. Kim, Y. Matsumura, C. Dumont, H. Kihara, M. Gruebele
    • 雑誌名

      Biophysical journal (submitted)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Saxs MD View : A three-dimensional graphics program for displaying force vectors.2008

    • 著者名/発表者名
      Kojima M, Kezuka Y, Nonaka T, Hiragi Y, Watanabe T, Kimura K, Takahashi K, Yanagi S, Kihara H
    • 雑誌名

      Journal of synchrotron radiation 15(5)

      ページ: 535-537

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamics of oligomer formation by denatured carbonic anhydrase II2008

    • 著者名/発表者名
      Prokhorov DA, Timchenko AA, Uversky VN, Khristoforov VS, Kihara H, Kimura K, Kutyshenko VP
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta 1784(5)

      ページ: 834-842

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of fibrillation process of alpha-synuclein at the initial stage2008

    • 著者名/発表者名
      Tashiro M, Kojima M, Kihara H, Kasai K, Kamiyoshihara T, Ueda K, Shimotakahara S
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications 369(3)

      ページ: 910-914

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Helix-rich transient and equilibrium intermediates of equine beta-lactoglobulin in alkaline buffer2008

    • 著者名/発表者名
      Matsumura Y, Li J, Ikeguchi M, Kihara H
    • 雑誌名

      Biophysical chemistry 134(1-2)

      ページ: 84-92

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SaxsMDView : A three-dimensional graphics program for displaying force vectors2008

    • 著者名/発表者名
      Kojima M, Kezuka Y, Nonaka T, Hiragi Y, Watanabe T, Kimura K, Takahashi K, Yanagi S, Kihara H
    • 雑誌名

      Journal of synchrotron radiation 15

      ページ: 535-537

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Denaturant-induced helix-coil transition.2010

    • 著者名/発表者名
      H.Kihara, M.Shinjo, F.Kano, ZJ.Qin
    • 学会等名
      Statistical and kinetic study, Pacifichem2010
    • 発表場所
      ハワイコンベンションセンター(ハワイ)
    • 年月日
      2010-12-19
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Alpha-helical-rich intermediates on the eary stage of protein folding, Pacifichem20102010

    • 著者名/発表者名
      木原裕
    • 発表場所
      Hotel Sheraton Waikiki(ハワイ)
    • 年月日
      2010-12-19
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Alpha-helical-rich intermediates on the eary stage of protein folding2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      Pacifichem2010
    • 発表場所
      Honolulu/Hawaii/USA
    • 年月日
      2010-12-18
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis on folding intermediate of srcSH32010

    • 著者名/発表者名
      M.Shinjo, JS.Li, Y.Matsumura, XJ.Jin, H.Kihara
    • 学会等名
      The 4th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • 発表場所
      ピアザ淡海(大津市)
    • 年月日
      2010-11-30
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural analysis on folding intermediate of srcSH32010

    • 著者名/発表者名
      Masaji Shinjo
    • 学会等名
      The 4th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • 発表場所
      大津, ピアザ淡海
    • 年月日
      2010-11-30
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Structure of α-helix-rich intermediates of BLG on its folding pathway2010

    • 著者名/発表者名
      ZJ.Qin, Y.Matsumura, M.Shinjo, H.Kihara
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学(仙台市)
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Alpha-helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki672010

    • 著者名/発表者名
      Y.Matsumura, M.Shinjo, A.Mahajan, MD.Tsai, H.Kihara
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学(仙台市)
    • 年月日
      2010-09-20
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Alpha-helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki672010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Matsumura
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台,東北大学川内キャンパス
    • 年月日
      2010-09-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] PI3K SH3 domainにおける酸性平衡中間体と遷移中間体の比較2010

    • 著者名/発表者名
      松村義隆,置塩信行,新庄正路,木原裕
    • 学会等名
      第10回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2010-06-17
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] P13K SH3 domainにおける酸性平衡中間体と遷移中間体の比較2010

    • 著者名/発表者名
      松村義隆
    • 学会等名
      第10回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌、札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2010-06-17
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 12量体および24量体フェリチンファミリータンパク質の溶液構造2010

    • 著者名/発表者名
      砂戸歩美,塚本精一,松村義隆,木原裕,藤原和夫,池口雅道
    • 学会等名
      第10回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2010-06-16
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Alpha-helix-rich intermediate on the protein folding pathway studied by cryo-stopped flow method, Leopoldina-Symposium2010

    • 著者名/発表者名
      木原裕
    • 学会等名
      The complexity connecting biomolecular structure and solvation dynamics
    • 発表場所
      Rehr University Bochum, Germany
    • 年月日
      2010-05-25
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Alpha-helix-rich intermediate on the protein folding pathway studied by cryo-stopped flow method2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      Leopoldina-Symposium, "The complexity connecting biomolecular structure and solvation dynamics"
    • 発表場所
      Bochum/Germany
    • 年月日
      2010-05-25
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] An observed α-helical burst of FHA1 domain of Rad53 in the folding pathway2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Matsumura, M.Shinjo, A.Mahajan, MD.Tsai, H.Kihara
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島市)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural change of PI3K SH3 domain at acidic pH2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Matsumura, M.Shinjo, N.Okishio, H.Kihara
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島市)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] α-helix-rich-states of β-lactoglobulin and src SH3, formed in high concentration of ethylene glycol and trifluoroethanol, are not either fully unfolded or compact2009

    • 著者名/発表者名
      M.Shinjo, Y.Matsumura, XJ.Jin, H.Kihara
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島市)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] α-helix-rich-states of β-lactoglobulin and src SH3, formed in high concentration of ethylene glycol and trifluoroethanol, are not either fully unfolded or compact2009

    • 著者名/発表者名
      Masaji Shinjo, Yoshitaka Matsumura, Xianju An, Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島(アスティ徳島)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Structural change of PI3K SH3 domain at acidic pH2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Matsumura, Masaji Shinjo, Nobuyuki Okishio, Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島(アスティ徳島)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] An observed α-helical burst of FHA1 domain of Rad53 in the folding pathway2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Matsumura, Masaji Shinjo, Anjali Mahajan, Ming-Daw Tsai, Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島(アスティ徳島)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Early Events of Protein Folding studied by cryo-stopped-flow method2009

    • 著者名/発表者名
      H.Kihara, Y.Matsumura, M.Shinjo, JS.Li, XJ.Jin
    • 学会等名
      International Symposium on Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems
    • 発表場所
      京都ガーデンパレス(京都市)
    • 年月日
      2009-06-23
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Early Events of Protein Folding studied by cryo-stopped-flow method2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kihara, Yoshitaka Matsumura, Masaji Shinjo, Jinsong Li, Xinaju Jin
    • 学会等名
      International Symposium on Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems
    • 発表場所
      京都(京都大学)
    • 年月日
      2009-06-23
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Folding of beta structure proteins. FHA1 domain of Rad53 and Ki67 FHA domain2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Matsumura, Anjali Mahajan, Ming-Daw Tsai, Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本(熊本全日空ホテルニュースカイ)
    • 年月日
      2009-05-22
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] The transient and equilibrium intermediates of src SH3 refolding2008

    • 著者名/発表者名
      Xianju Jin, Jinsong Li, Masaji Shinjo, Yos hitaka Matsumura, Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考] ホームページ等

    • URL

      http://www3.kmu.ac.jp/butsuri/

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www3.kmu.ac.jp/butsuri/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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