分子熱浴に接した多原子分子系のクラマース-フォッカー-プランク方程式の新展開

• 研究課題/領域番号: 20550011
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 物理化学
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 長岡 正隆 名古屋大学, 情報科学研究科, 教授 (50201679)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2010年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2009年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2008年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
• キーワード: 化学反応 / 計算科学 / 化学物理 / 原子・分子物理 / シミュレーション工学 / 自己組織化 / 非平衡

研究概要

凝集反応系のダイナミクスをどのように理解すればよいか。我々は振動励起したHF分子から周囲の水溶媒系へのエネルギー緩和を通して、そのダイナミクスの特徴を理解しようと試みた。
凝集系のダイナミクスは確率的に理解されるべき対象であるため、物理量を確率密度分布の観点で評価する必要がある。これを実現するために、超多並行分子動力学計算システムを開発した。
このシステムを用いて、エネルギー緩和系の調査をしたところ、HF分子に伸縮振動モードに与えたエネルギーの多くが水分子の内部振動モードを利用して伝搬することが分かった。伝搬モードはHF分子の励起方法により異なり、分子間共鳴がエネルギー移動を支配しているという結論に到達した。
凝集反応系をモデル化したKramers-Fokker-Planck方程式との対応を調査するためには、扱われる変数がどのような空間座標系に対応するのかを考察する必要があった。凝集系では分子は熱的に揺らいでいるため、座標系は観測したい時間スケールに応じて定義を改変する必要があると考えた。実際、分子動力学計算により時間スケールの違いを評価したところ、分子運動の時間スケールに応じてダイナミクスの特徴が変化することが分かった。

研究成果

• [雑誌論文] A MinimalImplementation of the AMBER-GAUSSIAN Interface for Ab Initio QM/MM-MD Simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Okamoto, K.Yamada, Y.Koyano, T.Asada, N.Koga, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 32 ページ: 932-942
  • 査読あり
• [雑誌論文] Influence of Hydrostatic Pressure on Dynamics and Spatial Distribution of Protein Partial Molar Volume : Time-Resolved Surficial Kirkwood-Buff Approach (2010)
  • 著者名/発表者名: I.Yu, T.Tasaki, K.Nakada, M.Nagaoka
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 114 ページ: 12392-12397
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Dynamics of Clamshell Rotation during the Incipient Relaxation Process of Photodissociated Carbonmonoxymyoglobin : Statistical Analysis by Perturbation Ensemble Method (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Takayanagi, C.Iwahashi, M.Nagaoka
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 114 ページ: 12340-12348
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Minimal Implementation of the AMBER-GAUSSIAN Interface for Ab Initio QM/MM-MD Simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Okamoto, K.Yamada, Y.Koyano, T.Asada, N.Koga, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 32 ページ: 932-942
  • 査読あり
• [雑誌論文] Influence of Hydrostatic Pressure on Dynamics and Spatial Distribution of Protein Partial Molar Vblume : Time-Resolved Surficial Kirkwood-Buff Approach (2010)
  • 著者名/発表者名: I.Yu, T.Tasaki, K.Nakada, M.Nagaoka
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 114 ページ: 12392-12397
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Dynamics of Clamshell Rotation during the Incipient Relaxation Process of Photodissociated Carbonmonoxymyoglobin : Statistical Analysis by Perturbation Ensemble Method (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Takayanagi, C.Iwahashi, M.Nagaoka
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 114 ページ: 12340-12348
  • 査読あり
• [雑誌論文] Microscopic Hydration Mechanism in the Ammonia Dissolution Process : Importance of the Solute QM Polarization (2010)
  • 著者名/発表者名: N.Takenaka, Y.Koyano, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 485 ページ: 119-123
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsic Alteration in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation : Surficial Kirkwood-Buff Approach (2009)
  • 著者名/発表者名: I.Yu, M.Takayanagi, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 113 ページ: 3543-3547
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Optimum Strategy for Solution Chemistry Using Semiempirical Molecular Orbital Method : Importance of Description of Charge Distribution (2009)
  • 著者名/発表者名: N.Takenaka, Y.Koyano, Y.Nakagawa, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 31 ページ: 1287-1296
  • 査読あり
• [雑誌論文] Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations : Time-Resolvedn Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Nagaoka, I.Yu, M.Takanagi
  • 雑誌名: Proteins : Energy, Heat and Signal Flow
• [雑誌論文] Intrinsic Alteration in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation : Surficial Kirkwood-Buff Approach (2009)
  • 著者名/発表者名: I. Yu, M. Takayanagi, M. Nagaoka
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 113 ページ: 3543-3547
  • 査読あり
• [雑誌論文] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaction of Urea and Ectoine with Protein (2008)
  • 著者名/発表者名: I.Yu, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Proceedings of International Symposiumon Frontiers of Computational Science 2008 ページ: 9-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaotion of Urea and Ectoine with Protein (2008)
  • 著者名/発表者名: I. Yu, M. Nagaoka
  • 雑誌名: Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science 2008 ページ: 9-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformation and Molecular Dynamics of Single Polystyrene Chain Confined in Coordination Nanospace (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Uemura, S. Horike, K. Kitagawa, M. Mizuno, K. Endo, S. Bracco, A. Comotti, P. Sozzani, M. Nagaoka, S. Kitagawa
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 130 ページ: 6781-6788
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the Importance of Lennard-Jones Parameter Calibration in QM/MM Framework : Reaction Path Tracing via Free Energy Gradient Method for Ammonia Ionization Process in Aqueous Solution
  • 著者名/発表者名: Y.Koyano, N.Takenaka, Y.Nakagawa, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Bulletin of the Chemical Society of Japan (印刷中)
  • NAID: 10027174198
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Optimum Strategy for Solution Chemistry Using Semiempirical Molecular Orbital Method II : Primary Importance of Reproducing Electrostatic Interaction in the QM/MM Framework
  • 著者名/発表者名: Y.Koyano, N.Takenaka, Y.Nakagawa, M.Nagaoka
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry (印刷中)
  • 査読あり
• [学会発表] 化学反応のマルチスケールシミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: 計算数理工学フォーラム
  • 発表場所: 愛知工業大学本山キャンパス(愛知県)
  • 年月日: 2011-03-30
• [学会発表] Anisotropic Relaxation Pathway of Excess Energy of Photolyzed MbCO by Perturbation Ensemble Method (2010)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳, 長岡正隆
  • 学会等名: The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
  • 発表場所: Port Dickson/Malaysia.
  • 年月日: 2010-12-22
• [学会発表] Molecular Picture of Protein Volume Paradox : A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method (2010)
  • 著者名/発表者名: 優乙石, 長岡正隆
  • 学会等名: The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
  • 発表場所: Port Dickson/Malaysia.
  • 年月日: 2010-12-22
• [学会発表] Ammonia dissolution process into water : An approach by the free energy gradient method. (2010)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(Pacifichem 2010)
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii/USA.
  • 年月日: 2010-12-16
• [学会発表] Ammonia dissolution process into water : An approach by the free energy gradient method. (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Nagaoka
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(Pacifichem 2010)
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii, USA
  • 年月日: 2010-12-16
• [学会発表] Ab initio QM/MM-MD法による水溶液中グリシン配座異性体の自由エネルギー的安定性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 北村勇吉, 竹中規雄, 長岡正隆
  • 学会等名: 第24回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福井県県民ホール(福井県)
  • 年月日: 2010-11-25
• [学会発表] テトラヒドロフラン(THF)溶媒中におけるメチルリチウム会合状態の自由エネルギー的安定性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 杉山孝行、太田雄介、長岡正隆
  • 学会等名: 第24回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福井県県民ホール(福井県)
  • 年月日: 2010-11-25
• [学会発表] 光解離MbCOにおけるclamshell rotationの高分解能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳, 長岡正隆
  • 学会等名: 第24回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福井県県民ホール(福井県)
  • 年月日: 2010-11-24
• [学会発表] 芳香族アミド膜の重合反応過程に関する理論的研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木雄一, 小谷野哲之, 長岡正隆
  • 学会等名: 第24回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福井県県民ホール(福井県)
  • 年月日: 2010-11-24
• [学会発表] 補償溶質エクトインによる蛋白質構造安定化の分子機構:分子動力学シミュレーション法による微視的理解 (2010)
  • 著者名/発表者名: 優乙石、中田恭子、長岡正隆
  • 学会等名: 第11回極限環境生物学会年会
  • 発表場所: 京都大学(京都府)
  • 年月日: 2010-11-15
• [学会発表] 生体高分子の分子動力学シミュレーション-現状と展望- (2010)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: 岡山大・立命館大共催研究会力学と統計力学のはざま
  • 発表場所: 立命館大学(滋賀県)
  • 年月日: 2010-09-26
• [学会発表] 高静水圧によるタンパク質部分モル体積減少の分子動力学的描像:時間分解カークウッド-バフ法による考察 (2010)
  • 著者名/発表者名: 優乙石、中田恭子、長岡正隆
  • 学会等名: 第48回生物物理学会年会
  • 発表場所: 東北大学(宮城県)
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] 自由エネルギー面上での水溶液中グリシンの分子内プロトン移動の反応経路探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹中規雄、小谷野哲之、北村勇吉、麻田俊雄、長岡正隆
  • 学会等名: 第4回分子科学討論会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪府)
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] 自由エネルギー勾配法による水溶液中アンモニアイオン化過程の反応経路探索:分極効果の重要性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小谷野哲之、竹中規雄、長岡正隆
  • 学会等名: 第4回分子科学討論会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪府)
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] 凝集系化学反応の理論的展開-QM/MM法と自由エネルギー勾配法- (2010)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: 第106回触媒討論会
  • 発表場所: 山梨大学(山梨県)
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] 摂動アンサンブルMD法による一酸化炭素リガンド解離ミオグロビンに生じるclamshell rotationの高分解能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳、長岡正隆
  • 学会等名: 第4回分子科学討論会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪府)
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] QM/MM法におけるQM電子分布を再現する点電荷分布評価法 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山田健太、小谷野哲之、岡本拓也、麻田俊雄、古賀伸明、長岡正隆
  • 学会等名: 第4回分子科学討論会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪府)
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] アポミオグロビン部分モル体積のダイナミクスおよび空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ積分法による考察 (2010)
  • 著者名/発表者名: 優乙石、中田恭子、長岡正隆
  • 学会等名: 第4回分子科学討論会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪府)
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] QM/MM法を用いたTxypsin-BPTIにおける触媒反応経路最適化に関する理論的研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 麻田俊雄、竹中規雄、小谷野哲之、長岡正隆、小関史朗
  • 学会等名: 第4回分子科学討論会
  • 発表場所: 大阪大学(大阪府)
  • 年月日: 2010-09-14
• [学会発表] Computational Chemical Studies Toward Dealing with ProteinFunctions-Turning around Myoglobin- (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Nagaoka
  • 学会等名: Pure and Applied Chemistry International Conference 2010(PACCON 2010)
  • 発表場所: Ubon Ratchathani/Thailand
  • 年月日: 2010-06-22
• [学会発表] 水溶液中グリシンの分子内プロトン移動反応に関する理論的研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹中規雄、小谷野哲之、北村勇吉、麻田俊雄、長岡正隆
  • 学会等名: 第13回理論化学討論会
  • 発表場所: 北海道大学(北海道)
  • 年月日: 2010-05-24
• [学会発表] 自由エネルギー勾配法による水溶液中アンモニアイオン化過程の反応経路探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小谷野哲之、竹中規雄、長岡正隆
  • 学会等名: 第13回理論化学討論会
  • 発表場所: 北海道大学(北海道)
  • 年月日: 2010-05-24
• [学会発表] Molecular Picture of Protein Volume Paradox : A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method (2009)
  • 著者名/発表者名: I.Yu, M.Nagaoka
  • 学会等名: The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
  • 発表場所: Port Dickson/Malaysia
  • 年月日: 2009-12-22
• [学会発表] An Optimum Strategy for Solution Chemistry Using Semiempirical Molecular Orbital Method : Importance of Reproducing Solute Charge Distribution (2009)
  • 著者名/発表者名: N.Takenaka, Y.Koyano, M.Nagaoka
  • 学会等名: The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
  • 発表場所: Port Dickson/Malaysia
  • 年月日: 2009-12-22
• [学会発表] Anisotropic Relaxation Pathway of Excess Energy of Photolyzed MbCO by Perturbation Ensemble Method (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Takayanagi, M.Nagaoka
  • 学会等名: The Fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
  • 発表場所: Port Dickson/Malaysia
  • 年月日: 2009-12-22
• [学会発表] 溶液化学反応のための半経験的分子軌道法の最適手法II : QM/MM間静電相互作用の再現性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
  • 学会等名: 第23回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 名古屋市中小企業振興会館
  • 年月日: 2009-11-30
• [学会発表] グロビンタンパク質緩和過程の統計的解析 : 大規模分散フレームワークHadoopによる超多並列MD計算の実行とその応用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳, 大槻進, 長岡正隆
  • 学会等名: 第23回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 名古屋市中小企業振興会館
  • 年月日: 2009-11-30
• [学会発表] 溶液化学反応のための半経験的分子軌道法の最適手法 : ポテンシャル面と電荷分布 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹中規雄, 小谷野哲之, 長岡正隆
  • 学会等名: 第23回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 名古屋市中小企業振興会館
  • 年月日: 2009-11-30
• [学会発表] Toward Absolute Reaction Rate Theory in Solution via Free Energy Gradient Method with Extensive QM/MM Molecular Dynamics Simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: The 3rd Japan-Czech-Slovak symposium on Theoretical and Computational Chemistry
  • 発表場所: Bratislava/Slovak Republic.
  • 年月日: 2009-10-10
• [学会発表] Toward Absolute Reaction Rate Theory in Solution via Free Energy Gradient Method with Extensive QM/MM Molecular Dynamics Simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Nagaoka
  • 学会等名: The 3rd Japan-Czech-Slovak symposium on Theoretical and Computational Chemistry
  • 発表場所: Bratislava/Slovak Republic
  • 年月日: 2009-10-10
• [学会発表] 溶質分子エネルギー緩和過程における溶媒熱障壁について (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡本拓也, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-24
• [学会発表] 光解離MbCOヘム近傍領域への非等方的余剰エネルギー緩和過程の理論的研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳, 大槻進, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-24
• [学会発表] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性:カークウッド-バフ積分法による考察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 優乙石, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-24
• [学会発表] Trypsine-BPTIにおける自由エネルギー面上でのアシル化反応に関する理論的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 麻田俊雄, 竹中規雄, 小谷野哲之, 長岡正隆, 小関史朗
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-24
• [学会発表] 自由エネルギー勾配法によるアンモニアイオン化反応の理論的研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-24
• [学会発表] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性 : カークウッド-バフ積分法による考察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 優乙石, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-23
• [学会発表] FEG-NEB法による水溶液中グリシン異性化反応に関する理論的研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹中規雄, 麻田俊雄, 小谷野哲之, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回分子科学討論会名古屋2009
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-22
• [学会発表] MbCO光解離直後に生じる非等方的緩和過程の高分解能解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳, 長岡正隆
  • 学会等名: 第12回理論化学討論会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2009-05-30
• [学会発表] 表面Kirkwood-Buff積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解 (2009)
  • 著者名/発表者名: 優乙石, 長岡正隆
  • 学会等名: 第12回理論化学討論会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2009-05-30
• [学会発表] Toward Absolute Reaction Rate Theory In Solution Via Free Energy Gradient Method With Extensive Molecular Dynamics Simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: ANSCSE13 (Annual Symposium on Computational Science and Engineering)
  • 発表場所: Bangkok/Thailamd.
  • 年月日: 2009-03-27
• [学会発表] Toward Absolute Reaction Rate Theory In Solution Via Free Energy Gradient Method With Extensive Molecular Dynamics Simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: M. Nagaoka
  • 学会等名: ANSCSE13 (Annual Symposium on Computational Science and Engineering)
  • 発表場所: Bangkok/Thailamd
  • 年月日: 2009-03-27
• [学会発表] タンパク質体積パラドックスの分子描像:表面カークウッド-バフ積分法による考察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 優乙石, 長岡正隆
  • 学会等名: 第47回生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島
• [学会発表] タンパク質体積パラドックスの分子描像 : 表面カークウッド-バフ積分法による考察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 優乙石, 長岡正隆
  • 学会等名: 第47回生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島
• [学会発表] 化学反応と分子シミュレーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: 第2回分子シミュレーションスクール
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-12-24
• [学会発表] 化学反応と分子シミュレーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: 第2回分子シミュレーションスクール
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/岡崎市
  • 年月日: 2008-12-24
• [学会発表] 凝集系化学反応とポテンシャル関数 (2008)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 学会等名: 第22回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 岡山大学創立五十周年記念館/岡山市
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] 水溶液中アンモニアの微視的反応機構に関する理論的研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
  • 学会等名: 第22回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 岡山大学創立五十周年記念館/岡山市
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] QM/MM-MD計算の結果に基いた、溶液分子の電荷分布の評価法とそのダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 山田健太, 麻田俊夫, 長岡正隆, 古賀伸明
  • 学会等名: 第2回分子科学討論会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡市
  • 年月日: 2008-09-27
• [学会発表] COリガンド光解離後に生じるヘモグロビンサブユニット構造変形の理論的解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 岩橋知令, 高柳昌芳, 長岡正隆
  • 学会等名: 第2回分子科学討論会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡市
  • 年月日: 2008-09-27
• [学会発表] アンモニアイオン化反応の水和構造変化に関する理論的研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小谷野哲之, 竹中規雄, 長岡正隆
  • 学会等名: 第2回分子科学討論会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡市
  • 年月日: 2008-09-27
• [学会発表] Absolute Reaction Rates in Solution via Free Energy Gradient Method with Molecular Dynamics Simulations (2008)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 発表場所: Sydney/Australia.
  • 年月日: 2008-09-18
• [学会発表] Absolute Reaction Rates in Solution via Free Energy Gradient Method with Molecular Dynamics Simulations (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Nagaoka
  • 学会等名: World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
  • 発表場所: Sydney/Australia
  • 年月日: 2008-09-18
• [学会発表] On the Intermolecular Energy Transfer around Vibrationally Excited Hydrogen Fluoride in Aqueous Solution : A Molecular Dynamics Simulation Study (2008)
  • 著者名/発表者名: 岡本拓也, 長岡正隆
  • 学会等名: World Association of Theoretical and Computational Chemists
  • 発表場所: Sydney/Australia.
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] Adsorption state and Behavior of Small Molecules in Nanochanneled Metal-Organic Frameworks : An Electronic State Calculation (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Ohta, H. Hitomi, M. Nagaoka
  • 学会等名: World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
  • 発表場所: Sydney/Australia
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] On the Intermolecular Energy Transfer around Vibrationally Excited Hydrogen Fluoride in Aqueous Solution : A Molecular Dynamics Simulation study (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Okamoto, M. Nagaoka
  • 学会等名: World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
  • 発表場所: Sydney/Australia
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] Microscopic Hydration Mechanism in the Ammonia Dissolution Process : Importance of the Solute QM Polarization (2008)
  • 著者名/発表者名: N. Takenaka, Y. Koyano, M. Nagaoka
  • 学会等名: World Association of Theoretical and Computational Chemists 2008
  • 発表場所: Sydney/Australia
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] MbCOリガンド光解離により生じる局所構造変化の理論的研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 高柳昌芳, 岩橋知令, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回計算科学フロンティアフォーラム
  • 発表場所: 東京ガーデンパレス/東京都
  • 年月日: 2008-09-09
• [学会発表] 金属-有機ミクロ孔物質における分子吸着状態に関する計算科学的研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 太田雄介, 人見晴子, 長岡正隆
  • 学会等名: 第3回計算科学フロンティアフォーラム
  • 発表場所: 東京ガーデンパレス/東京都
  • 年月日: 2008-09-09
• [学会発表] タンパク質部分モル体積のダイナミクス及び空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ法による考察 (2001)
  • 著者名/発表者名: 優乙石、中田恭子、長岡正隆
  • 学会等名: 日本化学会第91春季年会
  • 発表場所: 要旨集
  • 年月日: 2001-03-11
• [図書] 計算科学講座(第2部 計算科学の展開 第6巻「分子システムの計算科学」第3章「化学反応の計算科学」) (2010)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 出版者: 共立出版株式会社
• [図書] 計算科学講座第2部計算科学の展開 第6巻「分子システムの計算科学」第3章「化学反応の計算科学」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 長岡正隆
  • 総ページ数: 96
  • 出版者: 共立出版株式会社
• [図書] Proteins : Energy, Heat and Signal Flow. Chapter8.Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations : Time-Resolvedn Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Nagaoka, I.Yu, M.Takayanagi
  • 出版者: CRC Press