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新しい生体機能発見のための量子力学計算によるタンパク質の電子構造の決定

研究課題

研究課題/領域番号 20550146
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体関連化学
研究機関東北大学

研究代表者

ピキエリ ファビオ (PICHIERRI Fabio)  東北大学, 大学院・理学研究科, 准教授 (40374920)

研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2010年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2009年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2008年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワード生体関連高分子化学 / 量子生物化学 / 計算化学 / タンパク質 / 量子力学 / 電子構造
研究概要

量子力学計算を用いることにより、数種のタンパク質の電子構造を計算し、生体機能との関係についての新しい洞察を得ることができた。Kcsa カリウムチャンネル、塩化物チャンネル、集光複合体LH2 のような膜タンパク質を理論計算したところ、非常に大きい双極子モーメント(500~1000Debye)をもっていることが特徴づけられた。これは、膜中のタンパク質が、強く分極していることを意味している。この電荷の分極が生体機能に関係している。例えば、強い分極は、細胞膜を通るイオンの流量をコンスタントに維持するのに有用であると思われる。さらに、これらのタンパク質の大きい双極子モーメントは、カリブドトキシンのような小さいタンパク質が膜タンパク質と相互作用する際に正しい配向にするのを助けるのに重要である。最後に、スルフィルイミン結合は、コラーゲンIVタンパク質中の新しいタイプの化学結合であることが見つかり、その性質についても量子力学計算を用いて解明することができた。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (10件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] A quantum mechanical analysis of the light-harvesting complex 2 (LH2) from purple photosynthetic bacteria : insights into the electrostatic effects of transmembrane helices2011

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 雑誌名

      BioSystems 103

      ページ: 132-137

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The electronic structure and dipole moment of charybdotoxin, a scorpion venom peptide with K+ channel blocking activity2011

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 雑誌名

      Computational and Theoretical Chemistry 963

      ページ: 384-393

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The electronic structure and dipole moment of charybdotoxin, a scorpion venom peptide with K+ channel blocking activity2011

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 雑誌名

      Computational and Theoretical Chemistry

      巻: 963 ページ: 384-393

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A quantum mechanical analysis of the light-harvesting complex 2 (LH2) from purple photosynthetic bacteria : insights into the electrostatic effects of transmembrane helices2011

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 雑誌名

      BioSystems

      巻: 103 ページ: 132-137

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Macrodipoles of potassium and chloride ion channels as revealed by electronic structure calculations2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Structure (Theochem) 950

      ページ: 79-82

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical characterization of the sulfilimine bond : double or single?2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 487

      ページ: 315-319

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical characterization of the sulfilimine bond : double or single?2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 487

      ページ: 315-319

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Ion channels' macro dipoles and their function2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 学会等名
      Biophysics 2010
    • 発表場所
      ケンブリッジ,(イギリス)
    • 年月日
      2010-07-18
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Ion channels' macrodipoles and their function2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 学会等名
      Biophysics 2010
    • 発表場所
      ケンブリッジ,イギリス
    • 年月日
      2010-07-18
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Ion channels' macro dipoles : what are their biological functions?2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 学会等名
      Australian Biophysical Chemistry Workshop 2010
    • 発表場所
      アデレード,(オーストラリア)
    • 年月日
      2010-04-09
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Ion channels' macrodipoles : what are their biological functions?2010

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 学会等名
      Australian Biophysical Chemistry Workshop 2010
    • 発表場所
      アデレード、オーストラリア
    • 年月日
      2010-04-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Electronic structure of the potassium channel protein2009

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics 2009
    • 発表場所
      カオション(台湾)
    • 年月日
      2009-12-16
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Electronic structure of the potassium channel protein2009

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics 2009
    • 発表場所
      カオシウン(タイワン)
    • 年月日
      2009-12-16
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] What is the relation ship between electronic structure and protein dynamics?2009

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 学会等名
      Physical Principles of Protein Behavior in the Cell
    • 発表場所
      Max Plank Institute,ドレスデン(ドイツ)
    • 年月日
      2009-10-27
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] What is the relationship between electronic structure and protein dynamics?2009

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 学会等名
      Physical Principles of Protein Behavior in the Cell
    • 発表場所
      Max Plank Instituteドレスデン(ドイツ)
    • 年月日
      2009-10-27
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] The Electronic Structure of Knotted Peptides2008

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI Fabio
    • 学会等名
      山田コンファレンス2008 「Topological Molecules」
    • 発表場所
      淡路夢舞台国際センター,兵庫県
    • 年月日
      2008-09-03
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] The Electronic Structure of Knotted Peptides2008

    • 著者名/発表者名
      PICHIERRI, Fabio
    • 学会等名
      山田コンファレンス2008「Topological Molecules」
    • 発表場所
      淡路夢舞台国際センター兵庫県
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考] ホームページ等

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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