網羅的遺伝子発現解析を用いたバクテリアの増殖再開メカニズムの解明

• 研究課題/領域番号: 20570006
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 遺伝・ゲノム動態
• 研究機関: 大阪医科大学
• 研究代表者: 牧 泰史 大阪医科大学, 医学部, 講師 (60401733)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2010年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2009年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2008年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
• キーワード: 細菌 / マイクロアレイ / 増殖 / 大腸菌

研究概要

バクテリアが増殖停止から増殖再開に至るメカニズムを解明することを目的として、様々な生育状態にある細胞を使ったmicroarray解析を進めた。研究には大腸菌をモデル生物として使用した。本研究の結果、増殖再開の初期に多くの遺伝子が発現していること、栄養環境の違いによって増殖停止期の適応状態が異なり、増殖再開期の遺伝子発現プロファイルも互いに違っていること、などが明らかとなった。

研究成果

• [雑誌論文] Structure of the 100S Ribosome in the Hibernation Stage Revealed by Electron Cryomicroscopy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Tomoko Miyata, Yasushi Maki, Akira Wada, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Structure vol.18 ページ: 719-724
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the 100S Ribosome in the Hibernation Stage Revealed by Electron Cryomicroscopy (2010)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Kato, et al
  • 雑誌名: Structure 巻: 18 ページ: 719-724
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solution structure of the E. coli ribosome hibernation promoting factor HPF : Implications for the relationship between structure and function. (2009)
  • 著者名/発表者名: Akiko Sato, Takumi Watanabe, Yasushi Maki, Masami Ueta, Hideji Yoshida, Yutaka Ito, Akira Wada, Masaki Mishima
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications vol.389 ページ: 580-585
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solution structure of the E.coli ribosome hibernation promoting factor HPF : Implications for the relationship between structure and function (2009)
  • 著者名/発表者名: Akiko Sato, Takumi Watanabe, Yasushi Maki, Masami Ueta, Hideji Yoshida, Yutaka Ito, Akira Wada, Masaki Mishima
  • 雑誌名: Biochem.Biophys.Res.Commun. 389 ページ: 580-585
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activities of E. coli ribosomes in IF3 and RMF change to prepare 100S ribosome formation on entering the stationary growth phase (2009)
  • 著者名/発表者名: H. Yoshida, M. Ueta, Y. Maki, A. Sakai, A. Wada
  • 雑誌名: Genes to Cells 14 ページ: 271-280
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role of HPF (Hibernation Promoting Factor) in Translational Activity in Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: Masami Ueta, Ryosuke L, Ohniwa, Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Chieko Wada, Akira Wada
  • 雑誌名: Journal of Biochemistry vol.143 ページ: 425-433
  • NAID: 10024909025
• [学会発表] 大腸菌の生活環と栄養環境応答のトランスクリプトーム (2011)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史, 等
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東北学院大学 土樋キャンパス(宮城県)(震災のため開催中止・要旨集配布により年会成立)
  • 年月日: 2011-03-15
• [学会発表] 大腸菌の栄養縣応答のトランスクリプトーム (2010)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史, 等
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] Transcriptome analysis of the Excherichia coli in the prolonged stationary phase and lag phase (2010)
  • 著者名/発表者名: Yasushi Maki, et al
  • 学会等名: The 11^<th> Asian and Oceanian Conference on Transcription
  • 発表場所: Hotel Bel Paraiso (Okinawa, Japan)
  • 年月日: 2010-07-03
• [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史, 道瀬ひとみ, 竹内力矢, 上田雅美, 和田明, 古池晶, 吉田秀司, 中東憲治, 森浩禎
  • 学会等名: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 九州大学医学部百年講堂(福岡)
  • 年月日: 2010-03-07
• [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム (2010)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
• [学会発表] Transcriptome analysis of the Escherichia coli in the prolonged stationary phase and lag phase. (2010)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史
  • 学会等名: The 11th Asian and Oceanian Conference on Transcription
  • 発表場所: Hotel Bel Paraiso (Okinawa, Japan)
• [学会発表] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史
  • 学会等名: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 九州大学医学部(福岡県)
• [学会発表] Structural analysis of 100S ribosome by cryoEM : tRNA binding (2009)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司, 加藤貴之, 牧泰史, 古池晶, 上田雅美, 境晶子, 和田明, 難波啓一
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川)
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] GraFix法により安定化した100SリボソームのcryoEMによる構造解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司, 加藤貴之, 牧泰史, 古池晶, 上田雅美, 境晶子, 和田明, 難波啓一
  • 学会等名: 第11回 RNAミーティング
  • 発表場所: 新潟市朱鷺メッセ(新潟)
  • 年月日: 2009-07-28
• [学会発表] 大腸菌の生活環を通したトランスクリプトーム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 牧泰史, 道瀬ひとみ, 竹内力矢, 上田雅美, 和田明, 吉田秀司, 中東憲治, 森浩禎
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 中央大学理工学部(後楽園キャンパス)
• [学会発表] E. coli YqjD expresses during the stationary phase and binds to ribosomes (2008)
  • 著者名/発表者名: H. Yoshida, Y. Maki, M. Ueta, A. Sakai, A. Wada
  • 学会等名: RNA2008 Thirteenth annual meeting of the RNA society
  • 発表場所: ベルリン(ドイツ)
• [学会発表] 内膜およびリボソームに結合する大腸菌蛋白質YqjDの機能解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司, 牧泰史, 境晶子, 上田雅美, 和田明
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会)
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.osaka-med.ac.jp/~yhide/
• [備考]
  • URL: http://www.osaka-med.ac.jp/~yhide/
• [備考]
  • URL: http://www.osaka-med.ac.jp/~yhide/
• [備考]
  • URL: http://www.osaka-med.ac.jp/~yhide/