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スーパー系統樹解析によるショウジョウバエ属の系統推定と分類体系の改訂

研究課題

研究課題/領域番号 20570080
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関北海道大学

研究代表者

胡 耀光  北海道大学, 低温科学研究所, 研究員 (20466436)

研究分担者 戸田 正憲  北海道大学, 低温科学研究所, 教授 (40113592)
連携研究者 田村 浩一郎  首都大学東京, 大学院・理工学研究科, 教授 (00254144)
加藤 徹  北海道大学, 大学院・理学研究院, 助教 (80374198)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2010年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2009年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2008年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードショウジョウバエ / 分子系統 / 分類学 / 分類体系 / 生物地理学 / 中国:インドネシア:マレーシア / 国際研究者交流 / 中国
研究概要

代表的なモデル生物であるキイロショウジョウバエを含むショウジョウバエ属全体の分類体系の改訂を視野に入れて,問題となるいくつかの分類群について,主にDNA分子情報を用いて系統解析を行った.また,将来ゲノムサイズの巨大DNA塩基配列データベース情報を使って系統解析を効率的に行うことをめざして,複数の遺伝子の異なる進化パターンを考慮した分節的解析法を近隣接合法に導入するための新しいプログラムを開発した.

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (18件)

  • [雑誌論文] ショウジョウバエ分子系統学研究の最前線2011

    • 著者名/発表者名
      加藤徹
    • 雑誌名

      低温科学 69巻

      ページ: 1-9

    • URL

      http://hdl.handle.net/2115/45183

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ショウジョウバエ分子系統学研究の最前線2011

    • 著者名/発表者名
      加藤徹
    • 雑誌名

      低温科学

      巻: 69 ページ: 1-3

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polyphyly of the Zaprionus genus group (Diptera: Drosophilidae).2010

    • 著者名/発表者名
      Yassin, A., Da Lage, J.-L., David, J. R.,Kondo, M., Madi-Ravazzi, L., Prigent, S.R., Toda, M.J.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution Vol.55, No.1

      ページ: 335-339

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polyphyly of the Zaprionus genus group(Diptera : Drosophilidae)2010

    • 著者名/発表者名
      Yassin, A.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 55

      ページ: 335-339

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery of three new species of Drosophila obscura species group (Diptera : Drosophilidae) from Mount Kinabalu in Borneo.2009

    • 著者名/発表者名
      Gao, J.-j., Tanabe, S., Toda, M.J.
    • 雑誌名

      Entomological Science Vol.12, No.3

      ページ: 270-283

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery of three new species of Drosophila obscura species group(Diptera : Drosophilidae) from Mount Kinabalu in Borneo2009

    • 著者名/発表者名
      Gao, J.-j.
    • 雑誌名

      Entomological Science 12

      ページ: 270-283

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Arengomyia, new genus for the Colocasiomyia arenga species group (Diptera: Drosophilidae), with description of new species.2008

    • 著者名/発表者名
      Yafuso, M., Toda, M.J., Sembel, D.T.
    • 雑誌名

      Entomological Sciencae Vol.11, No.4

      ページ: 391-400

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A biologist-centric softwarefor evolutionary analysis of DNA and protein sequences.2008

    • 著者名/発表者名
      Kumar, S., Nei, M., Dudley, J,, Tamura, K. MEGA
    • 雑誌名

      Brief Bioinform. Vol.9

      ページ: 299-306

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three new species of the subgenus Parapenthecia from the Oriental Region (Diptera : Drosophilidae : Apenthecia)2008

    • 著者名/発表者名
      Cao. H.-z.
    • 雑誌名

      Entomological Science 11

      ページ: 215-219

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Arengomyia, new genus for the Colocasiomyia arenga species group (Diptera : Drosophilidae), with description of a new species2008

    • 著者名/発表者名
      Yafuso, M.
    • 雑誌名

      Entomological Science 11

      ページ: 391-400

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogenetic relationships between Sophophora and Lordiphosa, with proposition of a hypothesis on the vicariant divergences of tropical lineagesbetween the Old and New Worlds in the family Drosophilidae.

    • 著者名/発表者名
      Gao, J.-j., Hu, Y.-g., Toda, M. J., Katoh T., Tamura, K.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution in press

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] MEGA5 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis usingLikelihood, Distance, and Parsimony methods.2011

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      Penn State SMBE Symposium on Molecular and GenomicEvolution.
    • 発表場所
      University Park, Pennsylvania
    • 年月日
      2011-03-19
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Introduction to MEGA.2011

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      CEMI's Molecular Phylogenetics Analysis Workshop.
    • 発表場所
      Tempe, Arizona
    • 年月日
      2011-03-16
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] ゲノムベースの分子系統学に向けたささやかな試みと系統に基づく分類体系改訂の問題:ショウジョウバエ科の場合2011

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      第10回日本分類学会連合公開シンポジウム
    • 発表場所
      国立科学博物館新宿分館,東京
    • 年月日
      2011-01-08
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] ゲノムベースの分子系統学に向けたささやかな試みと系統に基づく分類体系改訂の問題:ショウジョウバエ科の場合2011

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      第10回日本分類学会連合公開シンポジウム「日本の分類学の現状と展望」
    • 発表場所
      東京,国立科学博物館 招待講演
    • 年月日
      2011-01-08
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ショウジョウバエ分子系統学の歴史2010

    • 著者名/発表者名
      加藤徹
    • 学会等名
      北海道大学低温科学研究所共同研究集会
    • 発表場所
      北海道大学,札幌
    • 年月日
      2010-09-23
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Other species の研究における12種ゲノムの有用性2010

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第82 回大会
    • 発表場所
      北海道大学,札幌
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] MEGA5による分子進化・分子系統解析2010

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会
    • 発表場所
      東京工業大学,東京
    • 年月日
      2010-08-02
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] MEGA5 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 5.0.2010

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      Society for the Study of EvolutionAnnual Meeting 2010.
    • 発表場所
      Portland, Oregon
    • 年月日
      2010-07-25
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] MEGA5を用いた分子系統解析2009

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      第141回農林交流センターワークショップ
    • 発表場所
      農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所情報通信共同利用館,筑波
    • 年月日
      2009-11-05
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 学名を変更すべきか,すべきでないか? : Drosophila melanogasterを例に2009

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      日本昆虫学会第69回大会
    • 発表場所
      三重大学,津
    • 年月日
      2009-10-10
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 学名を変更すべきか,すべきでないか? : Drosophila melanogaster を例に2009

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      日本昆虫学会第69回大会
    • 発表場所
      津市,三重大学
    • 年月日
      2009-10-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] To be changed or not to be changed : Drosophila melanogaster or Sophophora melanogaster?2008

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      Drosophila taxonomy, systematics andphylogenetics and their implications for Drosophila biology.
    • 発表場所
      University California San Diego Drosophila StockCenter, San Diego, USA
    • 年月日
      2008-11-23
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] To be changed or not to be changed : Drosophila melanogaster or Sophophora melanogaster?2008

    • 著者名/発表者名
      Toda, M. J.
    • 学会等名
      Drosophila taxonomy, systematics and phylogenetics and their implications for Drosophila biology
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      2008-11-23
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] MEGA4を用いた分子系統解析2008

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      第131回農林交流センターワークショップ
    • 発表場所
      農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所情報通信共同利用館,筑波
    • 年月日
      2008-10-08
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 巨大系統樹推定のための最尤法の適用2008

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京大学,東京
    • 年月日
      2008-08-22
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 学名を変更すべきか,すべきでないか?:Drosophila melanogasterを例に2008

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      分類学の帰還
    • 発表場所
      北海道大学総合博物館,札幌
    • 年月日
      2008-06-28
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 学名を変更すべきか, すべきでないか? : Drosophila melanogasterを例に2008

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      分類学の帰還
    • 発表場所
      札幌・北海道大学総合博物館
    • 年月日
      2008-06-28
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] MEGAによる生物学者のためのソフトウェア開発2008

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      科学技術政策研究所シンポジウム
    • 発表場所
      文部科学省,東京
    • 年月日
      2008-04-11
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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