土壌細菌のカタボライト調節機構全容の解明

• 研究課題/領域番号: 20580070
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 大坪 嘉行 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2009年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2008年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: カタボライト調節 / 土壌細菌 / 有機酸 / PCB分解菌

研究概要

二種のお互いに近縁の土壌細菌を対象としてカタボライト調節メカニズムの解明を目的に研究を行った。その結果、抑制炭素源の存在が認識されるには抑制炭素源が細胞内である程度代謝される必要があることを示す結果を得た。またPTS システムがカタボライト調節に関与することを示す結果を得るとともに、二成分調節系のBphPQに関して、BphQが標的プロモーターを活性化するにはBphPが必要であること、また、BphPのC末端ドメインには構成的なBphQ活性化能があることが示された。

研究成果

• [雑誌論文] The lin genes for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids. (2011)
  • 著者名/発表者名: Tabata, M., R.Endo, M.Ito, Y.Ohtsubo, A.Kumar, M. Tsuda, Y.Nagata
  • 雑誌名: Biosci Biotechnol Biochem 75 ページ: 466-472
  • 査読あり
• [雑誌論文] The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp.MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids (2011)
  • 著者名/発表者名: Tabata, M., et al.
  • 雑誌名: Biosci.Biotechnol.Biochem. 巻: 75 ページ: 466-472
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06. (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsushima, R., H.Danno, M.Uchida, K.Ishihara, T.Suzuki, M.Kaneniwa, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: Appl Microbiol Biotechnol 86 ページ: 567-576
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the representative gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingobium japonicum UT26. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., 大坪嘉行, R.Endo, N.Ichikawa, A.Ankai, A.Oguchi, S.Fukui, N.Fujita, 津田雅孝
  • 雑誌名: J Bacteriol 192 ページ: 5852-5853
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama, E., 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: Environ Microbiol 12 ページ: 2539-2558
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウエアGenomeMatcher. (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 大坪和香子, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: 化学と生物 48 ページ: 313-319
  • NAID: 10026438311
  • 査読あり
• [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: 環境バイオテクノロジー学会誌 10 ページ: 63-70
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06 (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsushima, R., et al.
  • 雑誌名: Appl Microbiol Biotechnol. 巻: 86 ページ: 567-576
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama, E., et al.
  • 雑誌名: Environmental Microbiology 巻: 12 ページ: 2539-2558
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the representative γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 巻: 192 ページ: 5852-5853
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcher (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 雑誌名: 化学と生物 巻: 48 ページ: 313-319
  • 査読あり
• [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 雑誌名: 環境バイオテクノロジー学会誌 巻: 10 ページ: 63-70
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology (2010)
  • 著者名/発表者名: E.Nishiyama, et al.
  • 雑誌名: Environmental Microbiology (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性 -難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合- (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: 化学と生物 47 ページ: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, 西山依里, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: 生物工学会誌 87 ページ: 434-436
  • NAID: 110007387598
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 雑誌名: 生物工学会誌 87 ページ: 434-436
  • NAID: 110007387598
  • 査読あり
• [雑誌論文] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性・難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 雑誌名: 化学と生物 47 ページ: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • 査読あり
• [雑誌論文] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合- (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 雑誌名: 化学と生物 47 ページ: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading genes from soil DNA. (2008)
  • 著者名/発表者名: Fuchu, G., 大坪嘉行, M.Ito, R.Miyazaki, A.Ono, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: Appl Microbiol Biotechnol 79 ページ: 627-32
  • 査読あり
• [雑誌論文] GenomeMatcher : a graphical user interface for DNA sequence comparison. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., W.Ikeda-Ohtsubo, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9 ページ: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics. (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimoda, Y., H.Mitsui, H.Kamimatsuse, K.Minamisawa, 西山依里, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝, S.Shinpo, A.Watanabe, M.Kohara, M.Yamada, Y.Nakamura, S.Tabata, S.Sato.
  • 雑誌名: DNA Res 15 ページ: 297-308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuhara, S., H.Komatsu, H.Goto, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • 雑誌名: Microbiology 154 ページ: 1763-74
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Yuhara, et.al.
  • 雑誌名: Microbiology 154 ページ: 1763-1774
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA (2008)
  • 著者名/発表者名: G. Fuchu, et.al.
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol 79 ページ: 627-632
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of signature-tagged mutant library,in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Shimoda, et.al.
  • 雑誌名: DNA Research 15 ページ: 297-308
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • 著者名/発表者名: R. Miyazaki, et.al.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 190 ページ: 6281-6289
  • 査読あり
• [雑誌論文] GenomeMatcher : A graphical user interface for DNA sequence comparison (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Ohtsubo, et.al.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9 ページ: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • 査読あり
• [学会発表] 人為起源の環境汚染物質分解能を有する細菌ゲノムのダイナミズム (2011)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 学会等名: 理研シンポジウム「微生物研究の潮流とそれを支えるリソース基盤」
  • 発表場所: 和光・理研
  • 年月日: 2011-03-11
• [学会発表] ドラフトゲノム配列のFinishing支援ツール:454Finisher (2011)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性の解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 千本木淳子, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦那智, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与するプラスミド因子と受容菌因子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 微生物ゲノム完全長決定支援ソフトウエア454Finisher(仮) (2011)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Acidovorax sp.KKS102におけるカタボライト抑制メカニズムの研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小沼かおり, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境中における特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦那智, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurとOxyRの遺伝学的関連とメカニズムの解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索・解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 千本木淳子, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来の脱ハロゲン酵素LinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Genomic organization and its structural dynamism of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 学会等名: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology International Conference "Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants"
  • 発表場所: Delhi, India
• [学会発表] Aerobic degradation of lindane(γ-hexachlorocyclohexane) in Sphingobium japonicum UT26 and its biochemical and molecular basis (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 学会等名: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology International Conference "Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants"
  • 発表場所: Delhi, India
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株内にて転移する挿入配列検出系の構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西岡ましほ, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 受容菌のリン酸基転移系によるIncP-9プラスミドNAH7の接合伝達制御機構 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 機能ベースのメタゲノム的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 菅原智詞, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株が有する分解関連プラスミドの機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株由来の有機炭素源非添加無機培地で生育する変異株の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宇井博紀, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 液体集積培養系における有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を担う細菌株群に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川角徹, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌遺伝子プールの変動解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌汚染により優先したBurkholderia群集の系統と代謝能力の遷移 (2011)
  • 著者名/発表者名: 熊野知拡, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Sphingomonas sp.MM-1株が有する有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解関連プラスミドの構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株内で転移する挿入配列検出系の構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西岡ましほ, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌の有機炭素源非添加無機培地での生育に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宇井博紀, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ?hexachlorocyclohexane(HCH)分解機能を担う集積培養細菌叢に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川角徹, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌の汚染化によって起こる微生物遺伝子プールの変動 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌汚染によって優先したBurkholderia群集の系統および代謝能力の遷移 (2011)
  • 著者名/発表者名: 熊野知拡, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 培養非依存的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 菅原智詞, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans (2010)
  • 著者名/発表者名: Kimura, A., et al.
  • 学会等名: International Forum for Adaptability Science II : Technolagies for a Sustainable Society
  • 発表場所: Sendai, Japan
  • 年月日: 2010-12-03
• [学会発表] 微生物遺伝子資源の活用技術 (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, ら
  • 学会等名: 東北大学-産総研 連携公開講演会
  • 発表場所: 東京・アキバホール
  • 年月日: 2010-07-28
• [学会発表] 土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会シンポジウム
  • 発表場所: 仙台・東北大学
  • 年月日: 2010-06-22
• [学会発表] 細菌機能を利用した難分解性環境汚染物質分解へのアプローチ (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-30
• [学会発表] ゲノミックアイランド由来ParAホモログによるプラスミド分配阻害 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮腰, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-30
• [学会発表] IncP-9プラスミドNAH7の接合伝達を制御する受蓉菌のリン酸基転移系 (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-30
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に必須な遺伝子の同定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 千本木, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-30
• [学会発表] GenomeMatcher :メタゲノム由来の大量リードの処理解析機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] GFPレポーター株によるPseudoalteromonas atlantica AR06株の菌体外アルギン酸リアーゼ(alyA)の発現解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松嶋, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制とPTS (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと酸化ストレス応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 木村, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] アントラニル酸ジオキシゲナーゼ遺伝子の土壌中での機能に関する解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西山, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] GenomeMatcher:メタゲノム由来の大量リードの処理解析機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと酸化ストレス応答転写因子OxvRの遺伝学的関連性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 木村, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB-MIによるbeta-HCH分解反応機構に関する研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 石塚, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤Y-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株におけるY-HCH分解酵素遺伝子欠落株の変異様式の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 夏井, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株の分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田端, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] Hexachlorocyclohexane(HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤Y-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 川角, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] 多重汚染土壌メタゲノムライブラリーから取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 菅原, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] 第二世代シークエンサーを用いた土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析、および汚染物質分解酵素遺伝子の取得 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2010年度大会
  • 発表場所: 東京大学(駒場)
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] ゲノム解析に有用なGUIツール: GenomeMatcher (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪, ら
  • 学会等名: 第22回バイオエンジニアリング講演会
  • 発表場所: 岡山理科大学
  • 年月日: 2010-01-09
• [学会発表] ゲノム解析に有用なGUIツール:GenomeMatcher (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪, ら
  • 学会等名: 第22回バイオエンジニアリング講演会
  • 発表場所: 岡山理科大学
  • 年月日: 2010-01-09
• [学会発表] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田, et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans (2010)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] 第二世代シークエンサを用いた土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の同定と解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西山依里, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 受容菌のリン酸基転移系によるナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達の制御機構の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄応答転写因子と過酸化水素応答転写因子の関連 (2010)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株における挿入配列IS6100を介したゲノムの動態 (2010)
  • 著者名/発表者名: 夏井俊介, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Hexachlorocyclohexane (HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 川角徹, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] STM法による土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 千本木淳子, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 解析ソフトウエアGenomeMatcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Solexaを用いた土壌メタゲノム解析における情報解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤, ら
  • 学会等名: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] GenomeMatcherの新機能ContigAligner :第二世代シーケンサーによって得られたコンティグを参照ゲノムに沿って表示する機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪, ら
  • 学会等名: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] 第二世代シークエンサを用いた、土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane(γ-HCH)分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株が有するγ-HCH分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] メタゲノムアプローチにより多重汚染土壌から取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 菅原智詞, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Hexachlorocyclohexane(HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 川角徹, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 解析ソフトウエアGenome Matcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 芳香族化合物分解系プラスミドの安定的維持を阻害する宿主因子 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Fluctuation of gene pools of soil microbiota induced by contamination with aromatic hydrocarbons (2010)
  • 著者名/発表者名: Kato, H., et al.
  • 学会等名: 13th International Society for Microbial Ecology Conference
  • 発表場所: Seattle, USA
• [学会発表] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS 102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2010)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y., et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌メタゲノムの変動様式とそのメカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 第26回日本微生物生態学会
  • 発表場所: つくば・筑波大学
• [学会発表] Gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株由来の極貧炭素源条件下で生育する変異株の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宇井博紀, ら
  • 学会等名: 第26回日本微生物生態学会
  • 発表場所: つくば・筑波大学
• [学会発表] IncP-9プラスミドNAH7の接合伝達を制御する受容菌のリン酸基転移系 (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上, ら
  • 学会等名: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gammma-HCH分解細菌Sphingobium joponicum UT26株におけるgamma-HCH分解酵素遺伝子欠落株の変異様式の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 夏井, ら
  • 学会等名: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] GenomeMatcherの新機能ContigAhgner:第二世代シーケンサーによって得られたコンティグを参照ゲノムに沿って表示する機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪, ら
  • 学会等名: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] 芳香族化合物による土壌撹乱に対する微生物反応のメタゲノム的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 加藤, ら
  • 学会等名: 微生物生態学会第25回大会
  • 発表場所: 広島大学
  • 年月日: 2009-11-21
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制メカニズムの解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 鈴木, ら
  • 学会等名: 日本生化学会第81回大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Agrobacterium tumefaciens C58株由来の新規ハロアルカンデハロゲナーゼDatAの解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 石塚真祐子, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616の愛媛土壌特異的発現遺伝子の鹿島台土壌における発現誘導性の検討 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本泰弘, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurを介した一酸化窒素(NO)に対する適応機構 (2009)
  • 著者名/発表者名: 湯原悟志, ら
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] GenomeMatcher :比較ゲノムソフトウエアとその付属機能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 自己伝達性プラスミドの接合伝達過程における転写誘導 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利, ら
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] GenomeMatcher : 比較ゲノムソフトウエアとその付属機能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与する受容菌側因子の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHモデル汚染土壌由来のHCH分解菌の単離と解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 遠藤諒, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 芳香族化合物による土壌の汚染化に対する土壌細菌集団の応答 (2009)
  • 著者名/発表者名: 遠藤諒, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Sphingomonas sp.MM-1株のgamma-HCH分解関連プラスミドの構造解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のカタボライト調節における抑制基質認識メカニズムの解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 鈴木信太郎, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 比較ゲノムソフトウエアGenomeMatcherとその付属機能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Pseudoalteromomas atlantica AR06株の産生するアルギン酸リアーゼAlyAの解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 松嶋良次, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] IncP-7群プラスミドの分配機構による宿主特異性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil (2008)
  • 著者名/発表者名: 永田, et al.
  • 学会等名: ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2008-11-15
• [学会発表] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingomonas sp.MM-1 (2008)
  • 著者名/発表者名: M.Tabata, et al.
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids (2008)
  • 著者名/発表者名: M.Miyakoshi, et al.
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Characterization of the traD operon in Incp-9 plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • 著者名/発表者名: R.Miyazaki, et al.
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 日本生物工学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1 (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Tabata, et.al.
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2008
  • 発表場所: Gdansk, Poland
• [学会発表] Analysis of alginate lyase and its gene from Pseudoalteromonas atlantica AR06 (2008)
  • 著者名/発表者名: R. Matsushima, et.al.
  • 学会等名: 5th World Fisheries Congress
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html
• [備考]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html
• [備考]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html
• [備考]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJp.html