| 研究課題/領域番号 |
20580309
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
応用動物科学
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| 研究機関 | 神戸大学 |
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研究代表者 |
向井 文雄 神戸大, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (50093323)
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| 研究期間 (年度) |
2008
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| 研究課題ステータス |
完了 (2009年度)
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| 配分額 *注記 |
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2009年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2008年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 分子メンテナンスシステム / 一塩基多型 / SNPs / 黒毛和種 / AFLP / 個体識別 / 親子鑑別 |
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| 研究概要 |
和牛、特に黒毛和種は世界で最も高品質の牛肉を生産する我が国の固有種である。一方、この集団は近交の高まりや多様性の減少など、集団構造の問題を抱えている。これら集団の維持管理と改良推進を同時に成し遂げるためには、DNAマーカーを利用した新たな維持改良システムの構築が有効であると考えられる。そこで、本研究は和牛集団に対しSNPsを中心としたDNAマーカーシステムを開発することを目的とした(分子メンテナンスシステム)。
本分子メンテナンスシステムの基礎となるSNPsマーカーとして、遺伝子頻度が0.5程度を示すSNPsマーカーをAFLP法の利用により探索した。黒毛和種20頭を用いたAFLP法を行い、バンドを持つ個体が10から18頭である多型バンドを回収後、シーケンスにより変異の同定を行った。データベースを基にプライマーを作成し、PCR-RFLP法により黒毛和種100頭の遺伝子型判定を行った。推定された各マーカーの遺伝子型頻度、遺伝子頻度をもとに個体識別確率、父権否定確率を算出した。
256組の選択的プライマーを用いてAFLP法を行ったところ、合計115本の候補バンドが検出された。それらに対し変異の同定およびマーカーの作成を行ったところ、40個のマーカーが開発できた。黒毛和種100頭を用いて遺伝子型判定を行ったところ、各マーカーにおけるマイナーアリルの頻度は0.18から0,48であり、全マーカーを用いた場合の個体識別確率、父権否定確率はそれぞれ8.29937×10^<-23>、0.99915となった。
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