| 研究課題/領域番号 |
20650006
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
計算機システム・ネットワーク
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
丸山 勉 筑波大学, 大学院・システム情報工学研究科, 教授 (00292532)
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| 研究期間 (年度) |
2008 – 2009
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| 研究課題ステータス |
完了 (2009年度)
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| 配分額 *注記 |
3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2009年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
2008年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
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| キーワード | リコンフィギュラブル / グリッド / FPGA / 並列処理 |
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| 研究概要 |
前年度の研究成果であるFPGAを用いたタンパク質配列のホモロジー検索問題に関して、国際学会での発表を行った。具体的には、プロファイルHMMによる検索を行うHMMERの高速化に関し、様々な規模のFPGAを用いた場合の高速計算手法の検討、その実装、性能評価を行い、それぞれの場合における計算時間と必要とされるFPGA規模、メモリ量の関係を明らかにした。HMMERをFPGAグリッド上で高速に実行するために、前年度に引き続き、現在我々が所有するFPGAとは異なるハードウェア資源バランスを持つFPGAを搭載したFPGAボードとそのホストコンピュータを購入した。これにより、FPGAグリッドの全ノード数を4とした。HMMERを例題として、異なるハードウェア資源バランスを持つFPGAボード向き回路データを効率的に生成するメタ記法について検討、改良を重ね、リコンフィギュラブルグリッドコンピューティングシステムの基礎技術の研究を進めた。HMMERにおいては、どのような規模のFPGAにおいても共通に利用可能な小規模処理ユニットを構築し、それらを用いて探索空間を異なる方向にスキャンすることで、様々な規模のFPGAにおいて効率的な処理が実現可能となる。このため、処理ユニットをハードウェア記述言語で記述し、それらを用いた空間の探索をメタ記法で記述するという方針を採った。これらの研究成果を基に、構築したリコンフィギュラブルグリッドコンピューティング環境下で、HMMER問題の性能評価を行った。この研究成果に関して、国際学会への投稿の準備を進めた(今年末開催の国際学会に投稿予定)。
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