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転写制御の符号論的理解

研究課題

研究課題/領域番号 20651053
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 ゲノム情報科学
研究機関京都大学

研究代表者

市瀬 夏洋  京都大学, 情報学研究科, 助教 (70302750)

研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
2010年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2009年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2008年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
キーワード生体生命情報学 / ゲノム / 転写制御
研究概要

本研究は、転写制御を符号論的に解釈した場合に出現する偽発現の概念を提案するものである。偽発現とは遺伝子がシス制御因子のパターンのみに従って発現すると仮定した場合に、純粋に理論上のみで発生する現象である。本年度は前年度に引き続きシス制御因子パターンと遺伝子発現パターンを含むモデル化を行い、シス制御因子のパターン干渉について検討した。前年度までに、プロモーター配列から保存部分配列を検出するようなモチーフ抽出の手法を開発し、比較ゲノムの情報、および既知のモチーフ情報との統合を行うことによって、シス制御因子の推定に関する高精度化を行った。本年度はさらに既知のデータベースとの比較を行い、他の手法に比べても十分な性能を有することを検証した。また、様々な組織の細胞から得られた発現データをもとに、組織特異的モチーフおよび各組織に共通するモチーフの検出も行った。結果、既知の組織特異的モチーフとの相関もみられ、生物学的に十分有意な情報が得られていることが分かった。他方、組織特異的および組織に共通するモチーフは、それを有する遺伝子間の発現量に非常にバイアスがみられ、必ずしも偽発現が起こり得るあるいは起こり得ない証拠を得るまでには至らなかった。しかしながら、本研究で開発したモチーフ抽出の手法は顕著な優位性がみられ、今後のシス制御因子研究の発展に向けて十分貢献しうると期待できる。またモチーフ抽出ソフトウェアは、ウェブアプリケーションとして公開している。

報告書

(3件)
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2010 2008 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks2008

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh, K. Aihara
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology 255(4)

      ページ: 378-386

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Memory management of pairwise alignment using garbage collection2010

    • 著者名/発表者名
      市瀬夏洋、矢田哲士、後藤修
    • 学会等名
      The 2010 annual conference of the Japanese society for bioinformatics
    • 発表場所
      九州
    • 年月日
      2010-12-13
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] DNA Gray Code on Regular Polyhedra2008

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh
    • 学会等名
      2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-12-15
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] バイオインフォマティクス(第2章 確率と統計)2010

    • 著者名/発表者名
      後藤修訳
    • 総ページ数
      383
    • 出版者
      シュプリンガージャパン
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~ichinose/hegma/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~ichinose/hegma/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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