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堆肥から分離した新規な難培養性好熱細菌における異種細菌間相互作用の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20658018
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 植物栄養学・土壌学
研究機関鹿児島大学

研究代表者

境 雅夫  鹿児島大学, 農学部, 教授 (20225775)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2009年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2008年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
キーワード堆肥 / 中等度好熱細菌 / リアルタイムPCR / 系統分類
研究概要

環境中には培養が容易ではない細菌種が多数存在する。その要因の一つとして,細菌間の相互依存性がある。そこで,堆肥中に生息する細菌相互作用下でのみ増殖する新規な細菌種を分離し,その特性を明らかにすることによって,堆肥製造時に機能する微生物の制御を目的として研究を行った。これまで,堆肥から分離した新規な細菌Sは,異種細菌との共存培養下で増殖する増殖最適温度60℃の中等度好熱細菌であり,多様な多糖類を分解する能力を有しているため,堆肥製造時に重要な役割をもつことを見出した。
本研究では,この新規な細菌種の生態を明らかにするため,堆肥中におけるPCR-DGGE法による群集構造解析法およびリアルタイム定量PCR法を検討した。DGGE解析により堆肥中の細菌Sの分布を調査するため,細菌S特異的プライマーをいくつか作製した。これらのプライマーセットを検討した結果,DGGE用の細菌S特異的プライマーとしてF3/R1を決定した。このプライマーセットを用いて,数種類の堆肥についてDGGE解析を行ったところ,細菌Sの存在を確認することが可能であり,多くの堆肥中には細菌Sと近縁の細菌種が分布していることが明らかとなった。次に,リアルタイムPCR法に使用する細菌S特異的プライマーを検討した結果,プライマーセットF3/R2を用いることで,堆肥中における細菌Sの増殖量を定量することが可能となった。このリアルタイムPCR法を用いて,細菌Sが分解可能な多糖類を加えた堆肥中での細菌Sの増殖を調べた結果,そのDNA量が約10倍に増加していたことから,細菌Sがこの多糖を資化増殖していることが推測された。

報告書

(2件)
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2009 2008

すべて 学会発表 (6件)

  • [学会発表] リアルタイムPCR法による堆肥中における難培養性細菌の定量とその生態2009

    • 著者名/発表者名
      浦園浩司・出口奈吾・境雅夫
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2009-11-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 植物根圏の細菌群集構造解析におけるPNA-PCRクランプ法の適用2009

    • 著者名/発表者名
      境雅夫・浦園浩司
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2009-09-15
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] コンポスト中の新規な難培養性好熱細菌の増殖特性に関する研究2009

    • 著者名/発表者名
      浦園浩司, 山下奈緒子, 出口奈吾, 境雅夫
    • 学会等名
      日本士壌微物学会
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2009-06-12
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] コンポスト中における好熱性細菌間の相互作用とその生態2008

    • 著者名/発表者名
      出口奈吾, 境 雅夫
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2008-11-25
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] コンポスト中における好熱性細菌間共存系の分離とその特性2008

    • 著者名/発表者名
      出口奈吾, 境 雅夫
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会
    • 発表場所
      静岡大学
    • 年月日
      2008-06-13
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 堆肥から分離した新規細菌種の増殖特性と系統分類2008

    • 著者名/発表者名
      出口奈吾, 境 雅夫
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会支部大会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 年月日
      2008-04-21
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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