超高次元複雑ヘテロデータ解析に基づく柔軟かつ頑健な非線形統計的モデリングの研究

• 研究課題/領域番号: 20680016
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 井元 清哉 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10345027)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 20,540千円 (直接経費: 15,800千円、間接経費: 4,740千円); 2010年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2009年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2008年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
• キーワード: 高次元データ解析 / 異種データ統合 / ベイズ統計 / ロバスト / 超高次元データ / ヘテロデータ / 情報統合 / ベイズモデル / 階層モデル

研究概要

多様な形式で与えられる高次元観測データから、有効に情報を抽出するための頑健でかつ柔軟な統計的データ解析手法の開発を行った。その結果、事前に定義された特徴量集合が与えられた際に、その特徴量集合が大規模観測データに対して有意に異なる分布をしているか否かを判定する一連の統計解析手法を開発した。また、大規模遺伝子ネットワークを推定するための頑健な推定方法を提案し、がんの多様性解析に応用した。

研究成果

• [雑誌論文] Comprehensive pharmacogenomic pathway screening by data assimilation (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Hasegawa, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, S.Imoto, S.Miyano
  • 雑誌名: LNCS (Springer-Verlag) in press.
• [雑誌論文] Comprehensive pharmacogenomic pathway screening by data assimilation (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Hasegawa, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, S.Imoto, S.Miyano
  • 雑誌名: Proc.7th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications(査読付き国際会議論文) 巻: (印刷中)(掲載確定)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimal search on clustered structural constraint for learning Bayesian network structure (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kojima, E.Perrier, S.Imoto, S.Miyano
  • 雑誌名: Journal of Machine Learning Research 11 ページ: 285-310
• [雑誌論文] Inferring dynamic gene networks under varying conditions for transcriptomic network comparison. (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Shimamura, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, S.Miyano
  • 雑誌名: Bioinformatics 26(8) ページ: 1064-1072
• [雑誌論文] Gene set-based module discovery decodes cis-regulatory codes governing diverse gene expression across human multiple tissues (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Niida, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, S.Miyano
  • 雑誌名: PLoS One 5(6)
• [雑誌論文] Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles (2010)
  • 著者名/発表者名: Niida, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, A.Fujita, T.Shimamura, S.Miyano
  • 雑誌名: Bioinformatics ページ: 3090-3097
• [雑誌論文] Discovering functional gene pathways associated with cancer heterogeneity via sparse supervised learning (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Kawano, T.Shimamura, A.Niida, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, R.Yoshida, C.Print, S.Miyano
  • 雑誌名: IEEE Bioinformatics and Biomedicine ページ: 253-258
• [雑誌論文] Gene set-based module discovery decodes cis-regulatory codes governing diverse gene expression across human multiple tissues (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Niida, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, S.Miyano
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 5(電子ジャーナル)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Niida, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, A.Fujita, T.Shimamura, S.Miyano
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 26 ページ: 3090-3097
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inferring dynamic gene networks under varying conditions for transcriptomic network comparison (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Shimamura, S.Imoto, R.Yamaguchi, M.Nagasaki, S.Miyano
  • 雑誌名: Bioinformatics 26 ページ: 1064-1072
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene set-based module discovery in the breast cancer transcriptome (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Niida, A.D.Smith, S.Imoto, S.Tsutsumi, H.Aburatani, M.Q.Zhang, T.kiyama
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 10 ページ: 71-71
• [雑誌論文] Unraveling dynamic activities of autoacine pathways that control drug-response transcriptome networks (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Tamada, H.raki, S.Imoto, M.Nagasaki, A.Doi, Y.Nakinishi, Y.Tomiyasu, K.Yasuda, B.Dunmore, D.Sanders, S.Humphries, C.Print, D.S.Charnock-Jones, K.Tashiro, S.Kuhara, S.Miyano
  • 雑誌名: Pacific Symposium on Biocomputing 14 ページ: 251-263
• [雑誌論文] A novel meta-analysis approach of cancer transcriptomes reveals prevailing transcriptional networks in cancer cells (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Niida, S.Imoto, M.Nagasaki, R.Yamaguchi, S.Miyano
  • 雑誌名: Genome Informatics 22 ページ: 121-131
• [雑誌論文] Gene set-based module discovery in the breast cancer transcriptome (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Niida, A.D. Smith, S. Imoto, S. Tsutsumi, H. Aburatani, M. Q. Zhang and T. Akiyama
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 10(電子ジャーナルのため頁なし) ページ: 71-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unraveling dynamic activities of autoacine pathways that control drug-response transcriptome networks (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Tamada^*, H. Araki^*, S. Imoto^* et.al. (16人中3番目, *Equqally confiibution)
  • 雑誌名: Pacific Symposium on Biocomputing 14 ページ: 251-262
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation (2008)
  • 著者名/発表者名: R.Yoshida, M.Nagasaki, R.Yamaguchi, S.Imoto, S.Miyano, T.Higuchi
  • 雑誌名: Bioinformatics 24(22) ページ: 2592-2601
• [雑誌論文] Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation (2008)
  • 著者名/発表者名: R. Yoshida, M. Nagasaki, R. Yamaguchi, S. Imoto, S. Miyano, T. Higuchi
  • 雑誌名: Bioinformatics 24 ページ: 2562-2601
  • 査読あり
• [学会発表] Statistical Modeling of Dynamic Gene Networks in Cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: Seiya Imoto
  • 学会等名: Winter School in Mathematical and Computational Biology
  • 発表場所: オーストラリア、クイーンズランド大学
  • 年月日: 2010-07-08
• [学会発表] Statistical Modeling of Dynamic Gene Networks in Cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Imoto
  • 学会等名: Winter School in Mathematical and Computational Biology (招待講演)
  • 発表場所: University of Queensland, Australia
• [学会発表] Transcriptomic Network Comparison Unravels Key Differences in Gene Regulatory Networks Characterizing Cell Conditions (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Imoto
  • 学会等名: Probability and Statistics with Applications in Systems Biology (招待講演)
  • 発表場所: Taiwan
• [学会発表] Statistical Inference of Gene Networks for Computational Drug Target Pathway Discovery (2009)
  • 著者名/発表者名: Seiya Imoto
  • 学会等名: 2009 WINTER SCHOOL IN MATHEMATICAL AND COMPUTATIONAL BIOLOGY
  • 発表場所: オーストラリア、クイ-ンズランド大学、ブリスベン
  • 年月日: 2009-07-09
• [学会発表] Computational Biomarker Identification by Analyzing Time-Course Microarray Gene Expression Data (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Imoto
  • 学会等名: International Symposium of Case Studies involving Statistics and Operations Research for Decision Making : Solving Human Problems in Business, Society, and Scientific Areas, Institute of Mathematical Statistics (招待講演)
  • 発表場所: Japan
• [学会発表] Statistical inference of gene networks for computational drug-target pathway discovery (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Imoto
  • 学会等名: Winter School in Mathematical and Computational Biology (招待講演)
  • 発表場所: University of Queensland, Australia
• [学会発表] Unraveling dynamics of biological networks towards computational drug target discovery (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Imoto
  • 学会等名: Statistical Computation and Visualization 2008
  • 発表場所: Academia Sinica, Taiwan
  • 年月日: 2008-12-03
• [学会発表] Unraveling dynamics of biological networks towards computational drug target discovery (2008)
  • 著者名/発表者名: S.Imoto
  • 学会等名: Statistical Computation and Visualization 2008 (招待講演)
  • 発表場所: Academia Sinica, Taiwan
• [図書] Computational Drug Target Pathway Discovery : A Bayesian Network Approach. (Handbook of Computational Statistics : Statistical Bioinformatics)(in H.Lu, B.Schokop, H.Zhao (Eds.)) (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Imoto, Y.Tamada, H.Araki, S.Miyano
  • 出版者: Springer-Varlag. in press.
• [備考] ホームページ等