糖鎖機能解明のためのウェブリソースの構築

• 研究課題/領域番号: 20680017
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 創価大学
• 研究代表者: 木下 聖子 創価大学, 工学部生命情報工学科, 準教授 (50440235)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 25,610千円 (直接経費: 19,700千円、間接経費: 5,910千円); 2010年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円); 2009年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円); 2008年度: 10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / 糖鎖インフォマティクス / ウェブリソース / 機械学習 / 糖鎖 / 糖鎖関連データベース / 解析システム

研究概要

本プロジェクトは糖鎖の実験者が容易に利用できるウェブリソースを構築することを目的とした。特に、アルゴリズム開発及び機械学習の手法をウェブツールとして提供し、データもウェブ上で管理できるようにした。本プロジェクトの期間中、DrawRINGSと呼ぶ糖鎖構造の描画・検索ツール、Glycan Minerと呼ぶ糖鎖の特徴を抽出する機械学習を用いたツール、Glycan Pathway Predictorと呼ぶN型糖鎖の合成経路を予測するツール、Kernel Toolと呼ばれる、機械学習を用いて糖鎖構造の分類を行うツール、そしてProfile PSTMMと呼ぶ糖鎖のプロファイルを抽出する確率モデルのツールを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Extracting Glycan Motifs using a Biochemically-Weighted Kernel (2011)
  • 著者名/発表者名: Jiang, H., Aoki-Kinoshita, K.F. and Ching, W.
  • 雑誌名: Bioinformation 巻: Vol. 7 No. 8 ページ: 405-412
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3280441/
  • 査読あり
• [雑誌論文] A weighted q-gram method for glycan structure classification (2010)
  • 著者名/発表者名: Li, L., Ching, W.K., Yamaguchi, T., Aoki-Kinoshita, K.F.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol. 11, Suppl 1, No. S33 号: S1
  • DOI: 10.1186/1471-2105-11-s1-s33
  • 査読あり
• [雑誌論文] The RINGS resource for glycome informatics analysis and data mining on the Web (2010)
  • 著者名/発表者名: Akune, Y., Hosoda, M., Kaiya, S., Shinmachi, D., Aoki-Kinoshita, K.F.
  • 雑誌名: OMICS 巻: Vol. 14, No. 4 ページ: 2010-2010
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20726803
  • 査読あり
• [雑誌論文] The RINGS resource for glycome informatics analysis and data mining on the web (2010)
  • 著者名/発表者名: Yukie Akune
  • 雑誌名: OMICS 巻: 14 ページ: 475-486
  • 査読あり
• [学会発表] RINGS : a web resource of data mining and analytical tools for glycomics research (2012)
  • 著者名/発表者名: 木下聖子
  • 学会等名: The 15^<th> Annual San Diego Glycobiology Symposium
  • 発表場所: サンジエゴ(米国)
  • 年月日: 2012-03-16
• [学会発表] RINGS: a web resource of data mining and analytical tools for glycomics research (2012)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The 15th Annual San Diego Glycobiology Symposium
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
• [学会発表] Methods and applications of glycome informatics (2011)
  • 著者名/発表者名: 木下聖子
  • 学会等名: The 71^<st> Okazaki Conference
  • 発表場所: 岡崎市(日本)
  • 年月日: 2011-10-14
• [学会発表] "Development of a tool for profile analysis of glycan recognition patterns" 4P-0456 (2011)
  • 著者名/発表者名: Hosoda, M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The Japanese Biochemical Society Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] "RINGS:A web resource for glycome infomatics" 4P-0458 (2011)
  • 著者名/発表者名: Fujita, A, Mori, T, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The Japanese Biochemical Society Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] "Glycan biomarker prediction using Glycan Kernel Tool" 4P-0454 (2011)
  • 著者名/発表者名: Akune, Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The Japanese Biochemical Society Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] Mining meaningful glycan structures from CFG resources (2011)
  • 著者名/発表者名: 木下聖子
  • 学会等名: CFG Participating Investigators Meeting
  • 発表場所: ワシントンDC(米国)
  • 年月日: 2011-07-29
• [学会発表] Development of a Multiple Glycan Alignment Tool (2011)
  • 著者名/発表者名: Hosoda, M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: Annual Meeting for the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] Methods and applications of glycome informatics (2011)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The 71st Okazaki Conference on New Perspectives on Molecular Science of Glycoconjugates
  • 発表場所: Okazaki, Japan
• [学会発表] RINGS: a web resource for glycome informatics analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Fujita A, Mori T, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The 71st Okazaki Conference on "New perspectives on molecular science of glycoconjugates"
  • 発表場所: Okazaki, Japan
• [学会発表] Mining meaningful glycan structures from CFG resources (2011)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: CFG Participating Investigators Meeting, NIH campus
  • 発表場所: Bethesda, MD, USA
• [学会発表] Identifying key glycan components in influenza virus infection using glycan structure mining techniques (2011)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF, Ichimiya T, Takase-Yoden S, Nishihara S
  • 学会等名: 2nd Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics
  • 発表場所: Potsdam, Germany
• [学会発表] "Development of a web resource for glycan structure analysis" P-085 (2011)
  • 著者名/発表者名: Mori T, Fujita A, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 30th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Nagaoka, Japan
• [学会発表] "Development of a tool for prediction of glycan recognition patterns" P-087 (2011)
  • 著者名/発表者名: Hosoda M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 30th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Nagaoka, Japan
• [学会発表] "A tool for glycan biomarker prediction using kernel" P-088 (2011)
  • 著者名/発表者名: Akune Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 30th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Nagaoka, Japan
• [学会発表] "Improved usability of RINGS for glycome informatics research" S01 (2010)
  • 著者名/発表者名: Mori T, Uchida T, Yasuoka H, Fujita A, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
• [学会発表] "Development of a new kernel tool for glycan biomarker prediction" P039 (2010)
  • 著者名/発表者名: Akune Y, Jiang H, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
• [学会発表] "Multiple Tree Alignment for Glycan Profile Analysis of Glycan Binding Proteins" P023 (2010)
  • 著者名/発表者名: Hosoda M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
• [学会発表] "Development of a New Glycan Score Matrix" P031 (2009)
  • 著者名/発表者名: Akune Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] "Improvements to Profile PSTMM for Glycan Recognition Profile Prediction" P101 (2009)
  • 著者名/発表者名: Kaiya S, Hosoda M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] "A Web Resource for Glycan Function Analysis: RINGS", P-075 (2009)
  • 著者名/発表者名: Hosoda M, Katoda T, Shinmachi D, Kaiya S, Akune Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 29th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Takayama, Japan
• [学会発表] 糖鎖構造解析のためのリソース:RINGS (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿久根幸恵、木下聖子
  • 学会等名: 文科省統合データベースプロジェクト「データベースが拓くこれからのライフサイエンス」、第58回FCCAセミナー、日本糖質学会
  • 発表場所: 東京、愛知、岐阜
• [学会発表] The RINGS resource for glycome analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Kiyoko F. Aoki-Kinoshita
  • 学会等名: Society for Glycobiology
  • 発表場所: 米国テキサス州フォートワース市
  • 年月日: 2008-11-13
• [備考]
  • URL: http://www.rings.t.soka.ac.jp
• [備考]
  • URL: http://www.rings.t.soka.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://rings.t.soka.ac.jp/